Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 150,825 (bp)   Positions: 445
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
WKY/NCrl (2019) 
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
Kynu
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
T
A
C
G
G
T
C
T
A
T
A
T
G
C
T
T
C
G
A
G
C
C
T
A
C
C
G
A
T
A
A
-
-
A
C
C
C
T
T
G
G
T
G
G
C
T
A
A
G
T
T
-
G
T
C
A
G
-
G
C
C
C
C
8
A
G
T
2
T
-
G
A
G
G
A
T
G
T
A
G
A
A
C
C
C
A
C
12
T
C
C
A
C
C
T
C
A
C
C
A
A
C
C
G
T
A
A
T
T
C
-
-
A
T
T
A
C
A
A
A
T
A
A
C
T
C
C
C
G
T
T
T
T
G
G
G
G
-
A
A
A
T
T
C
A
C
A
T
C
G
A
T
G
T
C
C
C
C
C
C
C
C
6
6
G
G
A
2
2
2
G
G
8
G
A
C
2
A
A
-
A
A
T
C
-
C
T
G
C
G
G
A
C
G
C
17
A
C
T
C
T
C
A
G
G
C
C
-
C
T
G
C
G
G
C
G
T
G
G
C
C
A
A
-
C
C
A
T
G
A
T
A
G
T
T
T
G
C
T
-
A
G
4
-
C
G
T
T
A
A
G
G
T
T
C
G
G
G
T
A
T
C
C
T
G
T
T
C
T
C
C
G
A
-
C
C
A
A
A
C
-
-
T
G
G
C
C
-
A
C
A
T
T
G
A
C
G
G
C
A
G
A
C
C
4
A
T
T
T
C
-
T
T
C
T
T
G
T
-
C
T
T
C
A
A
-
T
T
G
T
T
C
A
T
T
G
T
T
T
T
T
C
C
T
G
C
G
C
T
T
C
-
A
T
3
C
C
A
G
A
G
G
T
G
T
G
T
G
G
C
G
C
A
C
A
T
3
C
G
G
G
G
G
C
A
T
C
A
C
C
C
G
G
T
T
C
T
C
G
T
T
34
-
G
C
T
G
-
G
C
G
C
G
C
-
G
C
A
C
C
T
T
C
T
C
T
C
7
C
A
G
C
T
T
G
G
G
A
T
A
A
G
T
C
A
  27,779,250
  27,779,649
  27,780,220
  27,780,599
  27,781,566
  27,781,602
  27,782,030
  27,783,465
  27,783,666
  27,783,809
  27,783,909
  27,783,921
  27,784,146
  27,784,327
  27,784,329
  27,784,718
  27,784,720
  27,784,738
  27,784,745
  27,784,768
  27,784,878
  27,784,982
  27,785,011
  27,785,040
  27,785,092
  27,785,118
  27,785,164
  27,785,211
  27,785,246
  27,785,290
  27,785,366
  27,785,395
  27,785,419
  27,785,449
  27,785,463
  27,785,544
  27,785,550
  27,785,562
  27,785,572
  27,785,574
  27,785,580
  27,785,581
  27,785,742
  27,785,782
  27,785,855
  27,785,927
  27,786,001
  27,786,179
  27,786,309
  27,786,385
  27,786,484
  27,786,978
  27,787,027
  27,787,029
  27,787,031
  27,787,237
  27,787,286
  27,787,315
  27,787,508
  27,787,601
  27,787,804
  27,788,036
  27,788,553
  27,789,069
  27,789,138
  27,789,396
  27,789,400
  27,789,495
  27,789,679
  27,789,771
  27,789,814
  27,790,053
  27,790,087
  27,790,095
  27,790,499
  27,790,795
  27,790,815
  27,790,826
  27,792,196
  27,793,378
  27,793,903
  27,795,367
  27,796,346
  27,796,849
  27,797,005
  27,797,435
  27,798,164
  27,798,366
  27,798,681
  27,798,700
  27,798,769
  27,798,861
  27,801,886
  27,802,977
  27,803,875
  27,804,213
  27,804,443
  27,804,993
  27,805,326
  27,807,221
  27,808,103
  27,808,122
  27,808,460
  27,809,568
  27,809,579
  27,810,142
  27,810,255
  27,810,728
  27,810,768
  27,810,802
  27,810,948
  27,811,993
  27,812,243
  27,812,330
  27,813,551
  27,813,563
  27,813,774
  27,814,552
  27,815,037
  27,815,146
  27,815,378
  27,815,383
  27,815,708
  27,815,710
  27,815,885
  27,815,925
  27,815,953
  27,816,006
  27,816,014
  27,816,038
  27,816,369
  27,816,565
  27,816,612
  27,816,755
  27,816,813
  27,817,020
  27,817,093
  27,817,103
  27,817,546
  27,817,722
  27,818,245
  27,818,306
  27,818,587
  27,818,915
  27,819,237
  27,819,355
  27,820,134
  27,820,444
  27,821,470
  27,821,588
  27,822,078
  27,822,310
  27,822,389
  27,822,572
  27,822,955
  27,823,026
  27,823,060
  27,823,078
  27,823,080
  27,823,082
  27,823,084
  27,824,192
  27,824,416
  27,824,503
  27,824,613
  27,824,881
  27,825,089
  27,826,599
  27,826,691
  27,826,701
  27,826,804
  27,826,808
  27,827,371
  27,827,372
  27,827,376
  27,827,392
  27,827,439
  27,827,717
  27,827,894
  27,828,360
  27,828,385
  27,828,750
  27,828,761
  27,828,823
  27,829,076
  27,829,358
  27,829,542
  27,829,567
  27,830,215
  27,836,846
  27,836,953
  27,837,668
  27,838,597
  27,841,298
  27,841,300
  27,849,853
  27,851,627
  27,852,062
  27,852,176
  27,852,177
  27,852,618
  27,852,657
  27,853,068
  27,853,162
  27,853,302
  27,853,501
  27,853,635
  27,853,700
  27,854,086
  27,854,438
  27,854,457
  27,854,552
  27,854,766
  27,854,895
  27,855,830
  27,856,036
  27,858,027
  27,858,240
  27,858,244
  27,858,576
  27,858,646
  27,858,880
  27,858,890
  27,859,393
  27,859,560
  27,860,088
  27,861,285
  27,861,426
  27,861,430
  27,861,512
  27,861,813
  27,862,389
  27,862,504
  27,862,596
  27,862,604
  27,863,312
  27,863,364
  27,863,588
  27,863,842
  27,863,883
  27,863,962
  27,864,158
  27,864,195
  27,864,281
  27,864,455
  27,864,537
  27,864,906
  27,865,474
  27,865,674
  27,865,685
  27,865,714
  27,865,898
  27,865,931
  27,866,049
  27,866,052
  27,866,411
  27,866,876
  27,866,940
  27,867,067
  27,867,459
  27,867,574
  27,867,665
  27,867,778
  27,867,829
  27,868,009
  27,868,044
  27,868,190
  27,868,219
  27,868,533
  27,868,759
  27,869,160
  27,869,296
  27,869,659
  27,869,717
  27,870,089
  27,870,644
  27,870,884
  27,871,784
  27,872,122
  27,872,135
  27,872,146
  27,872,443
  27,872,691
  27,872,716
  27,872,806
  27,873,936
  27,873,947
  27,873,972
  27,874,250
  27,874,345
  27,874,359
  27,874,631
  27,874,693
  27,874,740
  27,874,909
  27,875,033
  27,875,075
  27,875,556
  27,876,631
  27,877,055
  27,877,365
  27,877,524
  27,877,574
  27,877,658
  27,878,493
  27,879,293
  27,879,489
  27,883,227
  27,883,293
  27,884,061
  27,884,163
  27,884,202
  27,884,203
  27,884,229
  27,884,268
  27,884,534
  27,884,913
  27,885,535
  27,885,826
  27,886,954
  27,887,084
  27,887,417
  27,888,149
  27,888,183
  27,888,252
  27,889,051
  27,889,418
  27,890,643
  27,892,262
  27,892,324
  27,892,337
  27,892,614
  27,892,958
  27,893,062
  27,893,069
  27,893,070
  27,893,093
  27,893,988
  27,894,880
  27,895,294
  27,895,458
  27,896,634
  27,900,440
  27,901,800
  27,902,076
  27,902,829
  27,903,088
  27,904,292
  27,904,559
  27,904,571
  27,906,084
  27,906,241
  27,906,359
  27,906,521
  27,907,353
  27,907,590
  27,907,729
  27,907,979
  27,908,511
  27,908,615
  27,908,617
  27,908,693
  27,908,720
  27,908,723
  27,908,729
  27,908,757
  27,909,290
  27,909,749
  27,909,872
  27,909,952
  27,909,974
  27,910,333
  27,910,388
  27,910,391
  27,910,401
  27,910,449
  27,910,484
  27,911,776
  27,911,910
  27,912,387
  27,912,544
  27,912,729
  27,912,791
  27,913,046
  27,913,291
  27,913,440
  27,913,821
  27,913,831
  27,914,834
  27,914,933
  27,915,241
  27,915,339
  27,915,359
  27,915,490
  27,915,572
  27,915,841
  27,915,853
  27,916,288
  27,916,370
  27,916,414
  27,916,517
  27,916,576
  27,916,656
  27,916,752
  27,916,763
  27,916,804
  27,917,491
  27,917,644
  27,917,786
  27,918,784
  27,919,171
  27,919,249
  27,919,328
  27,919,412
  27,919,488
  27,919,519
  27,919,745
  27,919,864
  27,919,876
  27,919,918
  27,919,923
  27,919,949
  27,920,084
  27,920,903
  27,920,918
  27,921,416
  27,921,479
  27,922,514
  27,922,629
  27,922,975
  27,923,534
  27,923,625
  27,923,653
  27,923,807
  27,924,751
  27,924,798
  27,925,251
  27,925,688
  27,925,876
  27,926,322
  27,927,171
  27,927,659
  27,928,098
  27,928,288
  27,929,013
C
G
T
A
A
A
T
C
G
C
G
C
A
T
C
G
T
A
T
A
T
G
C
T
T
A
T
G
C
T/C
G
4
6
G
T
A
G
C
C
A
C
C
A
A
T
C
-
G
A
C
C
4
G/A
T/A
C/A
-
A
2
A
T
A
T
A
-
-
T
-
-
C
4
A
T
A
A
G
G
A
C
G
A
G
G
T
G
T
C
T
-
G
T
T
G
T
A
C
T
C
G
A
G
G
T
T
A
A
G
G
C
C
T
14
A
G
C
-
C
T
T
C
G
A
G
G
G
C
T
T
T
C
C
A
G
C
A
C
T
A
102
C
T
G
G
C
T
-
T
G
C
T
A
C
A
T
C
G
G
?
C/G
G
G
G
T
-
-
G/C
C
G
2/-
2/-
2/-
-/A
A/-
-
A/-
-/G
G/-
-
G
T
T
T
G
C
G
A
T
C
A
T
T
C
G
T
T
A
-
-/G
T
A
A
A
T
G
A
A
T
T
3
T
A
A
T
T
A
T
A
C
A
A
T
T
C
C
2
T
A/-
G
A
A
C
C
G
T
C
C
G
T
-/T
C
A
G
A
-
C
T
A
A
C
G
G
T
A
A
C
T
T
A
A
C
G
-
T
T
C
-
A
C
G
C
T
T
A
-
T
G
A
T
G
G
T
2
8
A
A
C
A
T
20
C
A
G
C
C
A
G
A
A
A
T
-
A
G
T
T
-
C
-
G
C
A
A
-
G
T
C
C
A
A
6
T
C
A
T
G
T
G
C
C
T
G
G
T
G
C
C
T
C
C
G
-
C
T
T
C
A
G
A
T
C
C/G
T
T
G
C
-
T
T
C
A
G
C
-
A
A
C
A
T/C
A
A
T
T
T
G
A
G
A
-
T
T
T
A
A
T
T
T
G
T
G
T
G
A
A
A
C
C
G
-
T
A
C
C
34/-
4
C
T
C
A
4
A
G
A
T
T
T
2
A
T
G
T
T
C
C
G
G
T
C
A
-
A
-
A
G
C
C
A
C
A
G
C
G
G
A
C
T
T