Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 58,764 (bp)   Positions: 373
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
HXB10/IpcvMcwi (2019) 
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
Klhl18
A
A
A
C
G
T
T
C
G
G
-
G
A
A
T
-
C
-
C
2
C
G
G
-
T
T
A
T
-
G
C
T
C
-
G
G
T
-
-
T
-
-
A
C
T
T
C
A
G
2
C
G
30
T
C
T
-
3
-
T
C
T
T
A
-
G
A
C
A
C
-
C
C
G
T
A
C
C
G
C
-
A
5
G
A
T
A
T
C
2
C
A
G
C
A
C
C
A
A
G
G
C
A
T
A
C
G
T
18
T
A
A
C
C
T
C
A
T
G
G
A
T
C
-
G
-
2
T
2
T
A
T
10
T
-
C
G
-
T
T
G
A
G
G
C
C
C
G
C
T
T
A
G
T
A
G
G
T
T
G
13
C
86
T
A
13
G
A
G
A
G
T
A
C
T
A
-
C
C
C
-
C
A
A
A
C
G
C
A
-
T
G
T
G
A
G
7
A
C
G
-
-
A
G
T
A
T
T
-
C
G
-
G
C
T
3
C
G
-
T
T
A
T
C
T
A
T
C
G
11
G
T
G
C
A
T
4
C
T
G
-
6
T
4
5
C
6
T
C
C
G
G
-
-
A
G
G
A
T
C
G
A
G
G
T
A
-
-
A
G
T
G
C
G
T
G
G
T
G
A
T
G
C
G
-
A
G
C
G
C
A
C
C
T
A
-
G
A
G
C
T
A
C
C
G
C
3
A
A
A
A
-
G
26
G
C
C
A
C
C
G
T
G
T
G
G
-
C
C
A
C
G
G
C
A
A
G
A
C
C
A
A
T
T
T
A
A
G
A
A
T
C
T
T
-
T
G
A
C
G
T
T
A
-
G
22
T
A
-
C
A
C
T
  110,402,024
  110,402,193
  110,402,286
  110,402,725
  110,404,292
  110,404,467
  110,404,478
  110,404,929
  110,405,041
  110,405,997
  110,408,113
  110,408,993
  110,409,963
  110,410,722
  110,416,512
  110,416,913
  110,417,249
  110,421,115
  110,421,395
  110,422,247
  110,422,264
  110,422,521
  110,422,610
  110,422,810
  110,423,205
  110,423,207
  110,423,500
  110,424,016
  110,424,141
  110,425,560
  110,426,228
  110,426,559
  110,428,224
  110,428,272
  110,428,336
  110,428,342
  110,428,346
  110,428,610
  110,428,628
  110,428,742
  110,428,814
  110,428,815
  110,428,816
  110,428,819
  110,428,824
  110,428,847
  110,428,854
  110,428,913
  110,428,918
  110,428,934
  110,428,959
  110,429,559
  110,429,561
  110,429,696
  110,429,901
  110,430,063
  110,430,304
  110,430,357
  110,430,524
  110,430,569
  110,430,571
  110,430,664
  110,430,779
  110,431,022
  110,431,208
  110,431,232
  110,431,385
  110,431,404
  110,431,564
  110,431,587
  110,431,633
  110,432,097
  110,432,312
  110,432,650
  110,433,128
  110,433,236
  110,433,296
  110,433,326
  110,433,355
  110,433,447
  110,433,477
  110,433,668
  110,433,694
  110,434,155
  110,434,658
  110,434,659
  110,434,692
  110,434,704
  110,434,865
  110,434,985
  110,435,069
  110,435,231
  110,435,234
  110,435,235
  110,435,249
  110,435,277
  110,435,413
  110,435,517
  110,435,530
  110,435,533
  110,435,658
  110,435,882
  110,435,884
  110,435,907
  110,435,923
  110,435,944
  110,436,046
  110,436,053
  110,436,166
  110,436,180
  110,436,190
  110,436,192
  110,436,471
  110,436,472
  110,436,872
  110,437,145
  110,437,170
  110,437,224
  110,437,304
  110,437,480
  110,437,766
  110,437,985
  110,438,046
  110,438,080
  110,438,334
  110,438,367
  110,438,463
  110,438,464
  110,438,487
  110,438,492
  110,438,512
  110,438,699
  110,438,826
  110,439,150
  110,439,207
  110,439,228
  110,439,468
  110,439,558
  110,439,561
  110,439,702
  110,439,809
  110,439,889
  110,439,970
  110,440,019
  110,440,198
  110,440,204
  110,440,210
  110,440,222
  110,440,339
  110,440,410
  110,440,440
  110,440,504
  110,440,545
  110,440,735
  110,440,900
  110,440,904
  110,440,936
  110,440,937
  110,440,982
  110,441,048
  110,441,146
  110,441,151
  110,441,161
  110,441,174
  110,441,200
  110,441,252
  110,441,300
  110,441,376
  110,441,428
  110,441,490
  110,441,528
  110,441,544
  110,441,558
  110,441,637
  110,441,658
  110,441,761
  110,442,040
  110,442,304
  110,442,338
  110,442,469
  110,442,475
  110,442,614
  110,442,634
  110,442,707
  110,442,957
  110,443,027
  110,443,031
  110,443,036
  110,443,119
  110,443,122
  110,443,155
  110,443,293
  110,443,354
  110,443,367
  110,443,515
  110,443,528
  110,443,666
  110,443,781
  110,443,900
  110,443,911
  110,444,157
  110,444,159
  110,444,330
  110,444,349
  110,444,668
  110,444,789
  110,444,834
  110,444,883
  110,444,886
  110,444,917
  110,444,938
  110,445,003
  110,445,120
  110,445,130
  110,445,154
  110,445,213
  110,445,245
  110,445,271
  110,445,302
  110,445,368
  110,445,406
  110,445,717
  110,445,738
  110,445,740
  110,445,884
  110,446,111
  110,446,125
  110,446,150
  110,446,159
  110,446,178
  110,446,204
  110,446,237
  110,446,332
  110,446,412
  110,446,447
  110,446,493
  110,446,508
  110,446,514
  110,446,525
  110,446,526
  110,446,588
  110,446,612
  110,446,751
  110,446,872
  110,446,882
  110,446,916
  110,447,002
  110,447,143
  110,447,151
  110,447,168
  110,447,311
  110,447,421
  110,447,450
  110,447,469
  110,447,650
  110,447,651
  110,447,653
  110,447,808
  110,447,839
  110,447,902
  110,447,907
  110,447,982
  110,448,010
  110,448,017
  110,448,060
  110,448,074
  110,448,127
  110,448,128
  110,448,464
  110,448,717
  110,448,732
  110,448,955
  110,448,980
  110,449,077
  110,449,087
  110,449,254
  110,449,413
  110,449,467
  110,449,473
  110,449,480
  110,449,733
  110,449,794
  110,449,804
  110,449,917
  110,450,215
  110,450,260
  110,450,286
  110,450,324
  110,450,353
  110,450,399
  110,450,485
  110,450,545
  110,450,586
  110,450,613
  110,450,730
  110,450,931
  110,450,944
  110,450,962
  110,450,992
  110,451,138
  110,451,168
  110,451,214
  110,451,317
  110,451,411
  110,451,497
  110,451,605
  110,451,624
  110,451,777
  110,451,905
  110,451,915
  110,451,925
  110,452,271
  110,452,317
  110,452,645
  110,452,970
  110,452,971
  110,453,298
  110,453,352
  110,453,479
  110,453,765
  110,453,781
  110,453,798
  110,453,816
  110,453,830
  110,453,843
  110,453,914
  110,453,926
  110,454,036
  110,454,209
  110,454,210
  110,454,339
  110,454,419
  110,454,668
  110,454,683
  110,454,689
  110,454,723
  110,454,726
  110,454,735
  110,454,777
  110,454,867
  110,454,868
  110,455,162
  110,455,245
  110,455,248
  110,455,264
  110,455,312
  110,455,333
  110,455,340
  110,455,341
  110,455,345
  110,455,691
  110,455,762
  110,455,881
  110,456,002
  110,456,060
  110,456,308
  110,456,490
  110,456,578
  110,456,615
  110,456,943
  110,456,994
  110,457,296
  110,457,299
  110,457,384
  110,457,499
  110,457,536
  110,457,897
  110,458,184
  110,458,227
  110,458,299
  110,458,728
  110,458,763
  110,459,153
G
G
G
G
A
C
C
T
A
C
4
A
G
G
C
17
T
2
A
-
C/-
A
A
A
C
C
G
C
2
T
G
A/-
A
C
A
A
C
154
6
C
5
4
G
-
-
C
G
G
T
-
T
-
-
G
A
A
C
-
21
C
-
A
C
G
7
A
C
A
G
G
T
A
T
A
C
C
T
T
C
-
C
T
-
A
G
G
G
A
G
-
A
A/C
G/A
C/A
G
A
A
T
G
A
A
T
G
C
G
T
T
C
-
C/-
G
-
T
A
C
T
G
G
A
A
G
A
T
C
A
A
-
C/-
-
C
T
C
-
C
G
T
A
9
G
G
A
G
A
A
G
G
G
C
A
C
C
G
A
A
G
A
T
G
C
A
-
-/T
-
-/A
-/C
-
T
G
A
G
A
C
G
T
G
G
4
T
G
T
A
T
G
G
G
T
A
T
G
2
C
A
G
A
G
A
-
G
T
A
2
25
G
A
C
G
C
C
2
T
T
T
C
-
C
-
G
A
A
-
C
G
A
G
A
G
G
A
C
-
A
C
A
A
G
C
-
T
C
A
4
-
C
-
-
G
-
C
T
T
T
C
C
A
G
T
T
C
G
?
T/-
G
C
C
C
C
3
61
G
A
C
-/A
T
A
-
T
A
C
A
T
C
T
-
A
4
T
T
G
A
T
T
T
T
C
G
2
C
G
A
T
C
G
T
T
A
T
-
T
G/-
G/-
-/G
A
-/A
-
T
T
T
T
T
A
A
C
T
C
A
A
24
G
T
G
T
A
A
T
G
G
A
G
T
T
G
G
G
G
C
C
G
T
G
G
C
T
C
G
25
C
A
G
T
T
G
C
G
2
A
-
C
G
2
T
C
T
A