Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 279,503 (bp)   Positions: 597
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
HXB20/IpcvMcwi (2020) 
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
LOC120101718
LOC120101718
LOC120101718
LOC120101718
LOC120101718
LOC120101718
LOC120101718
LOC120101718
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
Kif16b
A
G
A
G
A
C
A
T
A
T
G
2
C
-
-
T
T
T
T
G
A
A
T
A
C
T
C
G
A
G
C
T
A
G
G
A
G
T
G
T
G
T
T
2
A
G
T
A
-
T
T
A
G
A
C
A
A
A
T
T
A
G
G
A
T
C
G
T
-
A
T
A
G
G
A
G
G
3
A
A
A
C
A
G
C
G
A
G
A
C
A
T
T
C
-
C
C
A
A
T
C
G
C
A
C
C
T
C
C
G
T
G
T
-
A
-
A
A
C
C
A
4
G
C
A
C
T
A
C
A
A
-
A
T
T
C
A
T
C
A
T
A
G
T
G
T
C
C
A
A
G
-
G
T
T
A
T
A
A
T
G
A
A
G
T
3
T
A
C
T
A
G
A
A
A
C
A
G
G
C
C
C
-
A
A
A
G
-
C
T
T
T
C
C
G
G
G
G
T
C
G
G
T
A
C
T
A
C
T
A
G
G
A
T
T
C
C
G
T
T
T
-
A
T
A
T
T
T
T
C
T
A
C
A
T
C
A
C
T
T
C
A
68
C
T
G
A
G
-
-
C
A
A
C
A
T
G
G
G
G
A
G
T
G
C
A
C
A
T
T
G
A
T
A
T
A
-
A
G
C
C
-
A
-
T
G
A
A
G
A
T
T
G
T
T
A
G
A
T
A
A
C
A
A
A
A
A
T
C
A
-
T
A
G
T
A
C
T
-
T
G
11
G
-
T
T
G
G
G
G
G
G
G
G
G
A
T
A
G
C
G
A
C
C
C
T
A
-
G
28
A
G
T
T
-
A
C
A
G
A
G
G
C
T
T
C
C
A
-
T
-
-
A
T
T
C
T
G
T
T
A
T
G
-
T
G
A
C
A
A
A
T
T
T
T
G
C
A
A
T
T
G
A
G
C
10
-
G
G
G
T
A
T
T
A
C
6
C
A
A
G
G
A
A
A
C
G
A
A
A
T
-
A
-
T
A
C
T
G
G
A
T
A
G
A
A
-
C
G
-
C
A
A
C
G
C
A
A
A
A
A
T
G
T
G
G
A
A
T
C
T
A
A
A
A
A
A
C
T
A
A
G
A
C
T
G
A
G
A
T
T
T
C
C
A
C
G
A
T
A
C
A
-
C
G
A
G
G
C
-
A
T
G
T
-
A
C
C
C
-
G
A
G
-
G
A
T
C
C
T
T
G
G
C
-
T
T
G
-
T
G
A
G
C
G
-
C
G
C
A
T
C
G
T
3
-
T
C
11
A
G
T
G
G
G
G
G
G
3
G
T
T
G
A
A
C
A
G
8
4
G
T
G
G
-
6
C
C
A
C
A
-
C
C
C
T
T
  129,975,894
  129,979,233
  129,979,449
  129,980,282
  129,980,760
  129,980,947
  129,981,675
  129,981,992
  129,982,596
  129,982,698
  129,982,964
  129,983,553
  129,983,586
  129,983,911
  129,983,912
  129,984,195
  129,984,934
  129,984,998
  129,985,456
  129,985,468
  129,986,108
  129,986,660
  129,986,726
  129,986,953
  129,987,231
  129,987,571
  129,987,690
  129,988,613
  129,989,077
  129,989,127
  129,989,216
  129,991,121
  129,991,178
  129,991,454
  129,991,798
  129,992,293
  129,992,301
  129,992,675
  129,992,677
  129,992,957
  129,992,965
  129,993,028
  129,993,030
  129,993,034
  129,993,923
  129,994,685
  129,994,868
  129,994,910
  129,995,253
  129,995,514
  129,995,730
  129,995,861
  129,996,330
  129,996,335
  129,996,423
  129,996,837
  129,997,278
  129,997,280
  129,997,390
  129,997,488
  129,997,501
  129,997,504
  129,997,631
  129,997,728
  129,997,814
  129,998,119
  129,998,143
  129,998,469
  129,999,773
  130,000,280
  130,000,305
  130,000,452
  130,000,897
  130,000,903
  130,000,969
  130,001,122
  130,001,447
  130,001,811
  130,001,889
  130,002,359
  130,002,506
  130,002,728
  130,003,660
  130,004,469
  130,005,412
  130,005,453
  130,006,737
  130,009,454
  130,010,875
  130,010,946
  130,011,187
  130,011,461
  130,011,709
  130,011,946
  130,012,688
  130,012,860
  130,013,262
  130,013,286
  130,013,361
  130,013,465
  130,013,996
  130,014,274
  130,014,345
  130,016,095
  130,016,311
  130,016,428
  130,017,776
  130,018,512
  130,018,694
  130,019,929
  130,020,328
  130,020,653
  130,020,948
  130,021,572
  130,022,470
  130,023,267
  130,023,275
  130,023,395
  130,023,648
  130,024,310
  130,024,311
  130,024,869
  130,025,104
  130,026,184
  130,026,268
  130,026,415
  130,026,642
  130,027,328
  130,028,144
  130,028,250
  130,028,641
  130,028,643
  130,029,377
  130,030,248
  130,030,293
  130,030,685
  130,031,386
  130,032,360
  130,032,449
  130,032,498
  130,033,022
  130,033,055
  130,033,681
  130,034,085
  130,034,237
  130,034,327
  130,034,455
  130,034,519
  130,034,822
  130,035,059
  130,036,705
  130,038,669
  130,038,747
  130,038,794
  130,038,985
  130,039,074
  130,039,521
  130,039,722
  130,039,752
  130,039,759
  130,039,767
  130,039,769
  130,039,781
  130,039,784
  130,039,796
  130,040,256
  130,040,755
  130,041,725
  130,042,165
  130,042,311
  130,042,884
  130,045,328
  130,045,403
  130,046,545
  130,046,679
  130,048,838
  130,049,071
  130,049,538
  130,050,872
  130,051,321
  130,051,525
  130,051,770
  130,052,287
  130,053,730
  130,054,191
  130,054,577
  130,056,445
  130,056,816
  130,057,169
  130,058,334
  130,058,908
  130,059,596
  130,061,253
  130,062,015
  130,062,043
  130,062,209
  130,062,222
  130,062,473
  130,062,535
  130,063,263
  130,064,153
  130,064,889
  130,065,056
  130,066,377
  130,066,670
  130,067,080
  130,067,348
  130,067,479
  130,067,983
  130,068,519
  130,069,220
  130,070,968
  130,071,321
  130,071,569
  130,073,050
  130,073,076
  130,073,381
  130,073,958
  130,074,453
  130,076,315
  130,077,092
  130,078,005
  130,078,287
  130,079,157
  130,079,209
  130,079,787
  130,080,567
  130,081,381
  130,081,543
  130,082,444
  130,082,508
  130,082,998
  130,083,366
  130,084,043
  130,085,158
  130,085,415
  130,086,380
  130,087,006
  130,087,335
  130,087,728
  130,089,013
  130,089,172
  130,090,179
  130,090,979
  130,091,977
  130,093,372
  130,093,522
  130,093,585
  130,093,689
  130,093,691
  130,094,025
  130,094,359
  130,094,827
  130,095,590
  130,095,613
  130,095,625
  130,096,473
  130,097,104
  130,097,289
  130,097,442
  130,097,819
  130,099,266
  130,099,451
  130,099,705
  130,100,042
  130,100,276
  130,100,295
  130,100,681
  130,102,099
  130,102,175
  130,103,679
  130,104,319
  130,105,434
  130,107,255
  130,107,312
  130,107,729
  130,107,919
  130,110,736
  130,110,756
  130,111,171
  130,113,393
  130,113,958
  130,114,718
  130,115,068
  130,115,643
  130,116,064
  130,116,497
  130,116,965
  130,117,464
  130,120,742
  130,120,997
  130,120,998
  130,122,450
  130,123,437
  130,124,964
  130,126,088
  130,126,154
  130,126,244
  130,126,300
  130,126,308
  130,126,315
  130,127,955
  130,128,094
  130,128,096
  130,128,098
  130,128,100
  130,128,116
  130,128,356
  130,129,069
  130,129,297
  130,129,322
  130,129,551
  130,129,920
  130,130,109
  130,130,723
  130,131,245
  130,131,557
  130,131,560
  130,131,687
  130,131,693
  130,131,882
  130,132,304
  130,133,033
  130,133,253
  130,133,813
  130,134,560
  130,135,630
  130,135,632
  130,135,634
  130,135,636
  130,135,638
  130,135,640
  130,135,642
  130,135,644
  130,135,646
  130,136,122
  130,136,716
  130,137,921
  130,138,387
  130,139,107
  130,139,116
  130,139,166
  130,139,167
  130,139,359
  130,139,489
  130,139,826
  130,140,123
  130,140,535
  130,140,541
  130,140,816
  130,141,052
  130,141,094
  130,141,297
  130,141,854
  130,142,423
  130,142,747
  130,150,402
  130,150,753
  130,150,812
  130,151,409
  130,152,250
  130,153,952
  130,154,429
  130,154,511
  130,154,710
  130,154,793
  130,155,387
  130,156,264
  130,156,517
  130,156,962
  130,158,136
  130,158,299
  130,158,816
  130,158,873
  130,158,913
  130,159,095
  130,159,140
  130,159,881
  130,160,347
  130,160,749
  130,161,833
  130,162,880
  130,163,093
  130,163,122
  130,163,357
  130,163,432
  130,164,309
  130,164,415
  130,165,110
  130,165,437
  130,165,734
  130,166,376
  130,167,501
  130,167,527
  130,167,968
  130,168,326
  130,168,752
  130,169,061
  130,169,279
  130,169,358
  130,169,395
  130,170,175
  130,170,267
  130,170,820
  130,171,201
  130,171,415
  130,172,702
  130,172,816
  130,172,948
  130,173,724
  130,173,740
  130,173,978
  130,174,220
  130,174,577
  130,174,799
  130,175,057
  130,175,610
  130,175,958
  130,177,339
  130,177,398
  130,177,543
  130,177,852
  130,178,142
  130,178,227
  130,178,331
  130,178,393
  130,178,865
  130,179,025
  130,179,315
  130,179,523
  130,180,658
  130,181,070
  130,181,284
  130,181,722
  130,181,792
  130,182,332
  130,182,377
  130,183,628
  130,183,977
  130,184,819
  130,184,847
  130,185,133
  130,185,338
  130,185,891
  130,186,108
  130,186,456
  130,187,790
  130,188,105
  130,188,530
  130,188,991
  130,189,286
  130,189,287
  130,189,320
  130,189,414
  130,189,540
  130,192,347
  130,192,518
  130,192,684
  130,193,623
  130,194,075
  130,194,421
  130,195,379
  130,195,686
  130,195,964
  130,196,320
  130,197,508
  130,197,787
  130,198,256
  130,198,523
  130,198,674
  130,199,128
  130,201,042
  130,201,044
  130,201,046
  130,201,048
  130,201,050
  130,201,052
  130,201,218
  130,203,322
  130,203,616
  130,204,548
  130,205,427
  130,206,184
  130,206,613
  130,207,506
  130,207,687
  130,208,419
  130,209,437
  130,209,760
  130,209,927
  130,210,846
  130,210,861
  130,211,133
  130,211,654
  130,212,595
  130,212,788
  130,212,850
  130,214,068
  130,214,597
  130,214,659
  130,215,233
  130,216,428
  130,216,469
  130,216,497
  130,216,501
  130,216,655
  130,217,091
  130,217,166
  130,217,657
  130,218,260
  130,219,291
  130,219,624
  130,219,652
  130,219,831
  130,219,855
  130,219,909
  130,220,256
  130,220,432
  130,220,513
  130,220,717
  130,221,248
  130,221,344
  130,222,537
  130,222,553
  130,222,796
  130,224,513
  130,225,494
  130,227,233
  130,227,752
  130,227,823
  130,228,775
  130,229,512
  130,229,715
  130,229,722
  130,230,029
  130,230,221
  130,230,246
  130,230,350
  130,232,051
  130,232,332
  130,232,497
  130,232,980
  130,233,934
  130,234,106
  130,234,119
  130,234,126
  130,234,150
  130,234,162
  130,234,241
  130,234,900
  130,235,354
  130,235,934
  130,236,424
  130,236,425
  130,236,427
  130,236,434
  130,236,459
  130,237,266
  130,237,960
  130,238,174
  130,238,253
  130,238,518
  130,238,896
  130,239,191
  130,239,283
  130,239,884
  130,240,187
  130,240,217
  130,240,324
  130,240,851
  130,241,194
  130,242,161
  130,242,405
  130,242,407
  130,242,652
  130,243,220
  130,243,863
  130,244,506
  130,244,677
  130,244,724
  130,244,913
  130,245,377
  130,245,609
  130,245,843
  130,247,094
  130,248,345
  130,249,448
  130,249,772
  130,249,852
  130,250,095
  130,250,158
  130,251,043
  130,252,643
  130,253,029
  130,253,477
  130,253,728
  130,254,036
C
A
G
C
G
T
C
C
G
C
A
-
G
-/3
-/2
A
C
C
C
A
G
G
C
G
A
C
T
A
G
A
T
C
G
A
A
G
A
C
A
G
A
A
C/4
-
G
A
G
G
3
A
G
G
C
G
T
G
T
T
C
C
T
C
T
G
C
T
T
C
2
G
C
G
C
T
G
A
C
-
G
-
C
T
T
A
A
-
G
A
C
T
C
-
C
T
A
T
T
G
G
C
T
A
T
T
T
T
A
T
T
A
C
C
C
A
G
C
T
G
A
T
G
-
C
T
G
T
C
G
T
G/-
G
-/3
G
C
A
T
G
C
T
G
C
C
A
C
C
A
T
A/G
G
G
A
19
A
C
G
G
C
A/G
A/G
T/A
G/T
A/T
A/G
G/A
T/G
-
C
C
T
C
G
A
G
G
G
T
-
-/C
A
T
T
G
4
-
G
-
A
A
T
C
G
A
-
T
T
A
A
A
C
-/A
A
A
A
G
T
A
G
T
G
G
C
C
G
-
C
T
T
A
C
C
C
24
T
C
C
C
C
A
A
T
G
C
T
G
C
T
G
G
C
G
T
C
68/-
T
C
A
G
A
-/14
-/27
T
T
-
T
C
C
T/-
T
A
A
G
C
C
T
A
G
A
G
A
C
A
G
C
G/-
C/-
G
A
G
A
T
T
A
G
2
C
C
C
G
T
G
A
A
A
-
C
G
C
C
T/-
A/G
C
-
T
T
T
T
T
C
T
G
T
G
T
A
A
G
T
A
6
-
A
-
A
2
G
-
-/C
C/-
-/C
-/C
C/-
-/C
-/C
C/-
-/C
C
C
G
A
C/A
G/T
A/G
C/T
T
C/-
C
T
A
A
-
G
A
C
C
A
T
A
G
A
-
A
A
A
C
C
T
T
G
A
G
A
A
G
C
C
T
C
A
G
C
G
C
A
2
C
T
T
A
G
G
G
C
C
C
A
A
-
-/G
G
C
C
A
C
A
G
-
A
A
A
T
A
T
C
C
G
A
-
T
G
-
A
A
G
G
G
T
T
G
G
G
C
A
G
7
C
G
-
C
C
A
G
A
G
A
G
G
8
G
T
T
A
G
-
G
C
T
G
G
T
G
-
C
A
C
A
A
T
C
C
-
C
T
T
T
T
A/T
A/T
T
-
T
G
A
G
T
C
C
C
A
G
C
C
C
T
T
G
A
A
G
C
G
T
G
T
T
A
G
A
A
A
27
G
C
A
C
2
C
G
T
T
T
C
G
C
3
A
G
A
T
T
C
C
A
A
-
4
C
G
C
10
C
A
G
A
A
T
C
T
A
T
G
A
-
C
C
-
2
C
T
11/-
T
C
C
A
A
A
T
A
A/-
-
A
C
G
A
-
G
T
G
T
-
-
A
C
A
A
5
-
A
T
G
G
G
16
T
T
T
C
A