Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 115,804 (bp)   Positions: 587
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
LEXF1C/Stm (2019) 
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
Itgb5
C
T
G
-
-
-
A
A
A
C
T
C
C
12
A
G
G
G
A
T
C
T
C
C
A
T
-
A
2
C
C
-
C
A
T
G
-
A
C
A
A
C
A
T
T
C
-
T
-
T
3
T
T
C
G
T
C
T
C
T
C
G
A
G
C
T
G
G
A
C
9
T
T
G
T
-
2
-
T
G
C
A
A
-
G
A
G
T
G
-
-
C
C
A
T
G
A
C
T
G
T
G
C
A
A
C
T
-
T
-
T
C
G
A
C
G
T
T
G
A
G
C
T
A
A
A
G
C
G
G
G
G
G
A
T
T
6
C
G
A
-
C
T
C
T
A
G
T
A
A
A
C
G
G
G
G
C
3
-
G
C
G
T
G
G
-
T
G
G
C
T
A
C
C
T
T
A
C
A
G
A
C
T
T
A
G
113
A
T
A
T
T
A
A
T
A
C
G
C
G
A
A
A
G
A
T
G
A
G
C
T
-
C
G
C
G
G
A
C
G
84
C
C
G
C
-
C
C
T
C
C
C
A
2
G
T
C
-
A
C
T
T
-
G
A
A
C
C
G
-
-
-
A
-
A
A
T
G
T
C
C
T
G
T
A
C
G
A
C
G
C
T
A
A
A
A
T
C
A
6
T
G
A
G
A
A
A
A
A
-
C
C
T
G
G
C
T
T
C
-
T
T
C
C
C
T
G
T
A
G
C
G
C
G
C
A
G
-
T
-
C
-
-
A
C
C
A
-
-
T
C
G
A
T
C
C
C
G
A
C
T
-
A
8
A
A
A
G
A
A
A
T
C
T
T
T
A
A
T
G
G
3
G
4
A
A
G
-
T
A
G
-
C
T
T
G
2
3
T
G
T
A
A
G
-
G
G
G
G
C
A
G
T
T
G
-
2
C
T
A
T
C
C
18
3
C
G
C
C
-
A
G
C
A
C
A
2
-
-
-
A
-
T
G
C
T
A
A
G
C
G
G
A
7
A
4
A
A
G
G
G
A
C
T
T
T
2
3
G
C
G
T
T
G
A
C
C
G
C
C
C
G
T
C
T
G
T
C
A
A
C
4
T
C
C
5
A
23
G
C
C
T
G
T
G
A
C
T
C
A
G
C
C
G
G
T
G
A
A
A
G
G
G
C
C
G
G
G
C
C
A
C
A
8
C
G
G
G
G
A
2
-
C
C
G
-
-
C
C
G
T
C
A
C
C
C
-
G
A
T
C
G
G
G
C
A
C
G
G
T
A
A
T
T
A
G
-
A
G
C
C
C
T
T
G
G
C
T
C
T
T
6
10
T
C
-
T
T
C
C
A
T
C
G
C
C
A
  66,830,082
  66,830,442
  66,831,013
  66,831,294
  66,831,295
  66,831,296
  66,831,660
  66,832,268
  66,832,269
  66,832,390
  66,832,409
  66,832,434
  66,832,695
  66,833,013
  66,833,117
  66,833,137
  66,833,141
  66,833,145
  66,833,371
  66,833,400
  66,833,792
  66,834,105
  66,834,204
  66,834,205
  66,834,266
  66,834,448
  66,834,812
  66,835,140
  66,835,249
  66,835,252
  66,835,253
  66,835,490
  66,835,759
  66,835,794
  66,836,151
  66,836,506
  66,837,083
  66,837,278
  66,837,481
  66,837,488
  66,837,495
  66,838,895
  66,839,367
  66,839,938
  66,840,286
  66,840,479
  66,840,542
  66,840,592
  66,840,767
  66,841,000
  66,841,069
  66,841,095
  66,841,137
  66,841,266
  66,841,757
  66,842,351
  66,842,428
  66,842,443
  66,842,448
  66,842,502
  66,842,526
  66,842,698
  66,842,767
  66,842,920
  66,842,932
  66,842,996
  66,843,044
  66,843,351
  66,843,411
  66,843,415
  66,843,440
  66,843,476
  66,843,497
  66,843,568
  66,843,587
  66,843,592
  66,843,593
  66,843,606
  66,843,635
  66,843,694
  66,843,727
  66,843,789
  66,843,907
  66,844,120
  66,844,161
  66,844,229
  66,844,455
  66,844,521
  66,844,628
  66,844,638
  66,844,641
  66,844,650
  66,844,826
  66,844,867
  66,844,907
  66,845,081
  66,845,136
  66,845,399
  66,845,443
  66,845,586
  66,845,654
  66,845,666
  66,845,858
  66,846,066
  66,846,123
  66,846,168
  66,846,428
  66,846,456
  66,846,494
  66,846,649
  66,846,841
  66,846,873
  66,847,220
  66,847,251
  66,847,554
  66,847,687
  66,847,957
  66,847,965
  66,848,109
  66,848,125
  66,848,323
  66,848,325
  66,848,337
  66,848,387
  66,848,426
  66,848,436
  66,848,667
  66,848,750
  66,848,944
  66,848,951
  66,848,989
  66,849,057
  66,849,099
  66,849,251
  66,849,318
  66,849,388
  66,849,413
  66,849,434
  66,849,497
  66,849,622
  66,849,649
  66,849,734
  66,849,743
  66,849,808
  66,849,842
  66,849,935
  66,849,974
  66,850,014
  66,850,178
  66,850,643
  66,850,786
  66,850,806
  66,851,244
  66,851,284
  66,851,301
  66,851,359
  66,851,528
  66,851,593
  66,851,616
  66,851,652
  66,851,677
  66,851,692
  66,851,788
  66,851,868
  66,852,674
  66,852,681
  66,852,828
  66,853,055
  66,853,196
  66,853,560
  66,853,934
  66,854,048
  66,854,111
  66,854,166
  66,854,337
  66,854,388
  66,854,433
  66,854,434
  66,854,667
  66,854,771
  66,855,432
  66,855,959
  66,855,997
  66,857,020
  66,857,063
  66,857,571
  66,857,588
  66,857,730
  66,857,867
  66,857,918
  66,857,938
  66,857,953
  66,858,268
  66,858,439
  66,858,656
  66,858,678
  66,858,912
  66,859,036
  66,859,038
  66,859,144
  66,859,307
  66,859,314
  66,859,349
  66,859,719
  66,859,746
  66,859,833
  66,859,935
  66,859,990
  66,860,189
  66,860,390
  66,860,406
  66,860,483
  66,861,092
  66,861,345
  66,862,001
  66,862,066
  66,862,246
  66,862,274
  66,862,543
  66,862,748
  66,862,752
  66,862,815
  66,862,880
  66,862,894
  66,863,201
  66,863,259
  66,863,359
  66,863,604
  66,863,632
  66,863,654
  66,863,752
  66,864,043
  66,864,171
  66,864,392
  66,864,395
  66,865,475
  66,867,899
  66,868,990
  66,870,452
  66,875,845
  66,876,306
  66,876,777
  66,879,691
  66,879,722
  66,879,726
  66,879,745
  66,880,003
  66,880,157
  66,880,307
  66,881,425
  66,881,428
  66,881,432
  66,881,646
  66,882,101
  66,882,322
  66,882,518
  66,882,676
  66,882,947
  66,882,998
  66,883,519
  66,884,084
  66,884,263
  66,885,170
  66,885,237
  66,885,321
  66,885,411
  66,885,436
  66,885,879
  66,885,969
  66,886,053
  66,886,479
  66,886,491
  66,886,566
  66,886,867
  66,887,140
  66,887,239
  66,887,296
  66,887,468
  66,887,819
  66,887,857
  66,887,860
  66,887,960
  66,888,263
  66,888,646
  66,888,767
  66,889,333
  66,889,334
  66,889,335
  66,889,392
  66,889,437
  66,889,876
  66,889,880
  66,889,883
  66,890,098
  66,890,121
  66,890,253
  66,890,379
  66,890,425
  66,890,579
  66,890,610
  66,890,621
  66,890,782
  66,890,801
  66,891,081
  66,891,084
  66,891,254
  66,891,441
  66,891,467
  66,891,475
  66,891,493
  66,891,522
  66,891,566
  66,891,599
  66,891,613
  66,891,621
  66,891,622
  66,891,623
  66,891,639
  66,891,655
  66,891,683
  66,891,685
  66,891,694
  66,891,695
  66,891,723
  66,891,725
  66,891,726
  66,891,729
  66,891,774
  66,891,785
  66,891,794
  66,891,803
  66,891,950
  66,891,956
  66,892,011
  66,892,023
  66,892,025
  66,892,074
  66,892,107
  66,892,288
  66,892,317
  66,892,340
  66,892,372
  66,892,447
  66,892,474
  66,892,515
  66,892,571
  66,892,733
  66,892,778
  66,892,839
  66,893,716
  66,893,723
  66,894,153
  66,894,228
  66,894,242
  66,894,503
  66,894,685
  66,895,356
  66,895,756
  66,896,334
  66,896,339
  66,897,047
  66,897,106
  66,897,209
  66,897,384
  66,897,468
  66,897,921
  66,898,519
  66,898,827
  66,899,141
  66,899,237
  66,899,269
  66,899,749
  66,899,756
  66,899,893
  66,900,137
  66,900,305
  66,900,530
  66,901,625
  66,901,637
  66,902,292
  66,902,430
  66,903,153
  66,903,379
  66,903,468
  66,903,470
  66,903,472
  66,903,474
  66,903,482
  66,903,973
  66,904,185
  66,904,469
  66,904,684
  66,904,685
  66,905,191
  66,905,522
  66,905,776
  66,905,777
  66,905,779
  66,905,889
  66,905,940
  66,906,387
  66,906,546
  66,906,782
  66,907,375
  66,907,398
  66,907,417
  66,907,444
  66,907,601
  66,907,603
  66,907,656
  66,907,666
  66,907,774
  66,907,851
  66,907,928
  66,908,123
  66,908,388
  66,908,582
  66,908,589
  66,908,591
  66,908,593
  66,908,594
  66,908,598
  66,908,745
  66,908,933
  66,908,995
  66,910,086
  66,910,344
  66,910,351
  66,911,008
  66,911,147
  66,911,196
  66,911,601
  66,911,641
  66,912,027
  66,912,445
  66,912,480
  66,912,559
  66,912,567
  66,912,595
  66,912,603
  66,912,647
  66,912,652
  66,912,882
  66,912,975
  66,912,984
  66,912,999
  66,913,026
  66,913,110
  66,913,832
  66,913,858
  66,913,955
  66,914,432
  66,914,542
  66,914,559
  66,914,560
  66,914,751
  66,914,983
  66,915,007
  66,917,059
  66,917,092
  66,917,254
  66,917,662
  66,917,822
  66,917,859
  66,918,299
  66,918,327
  66,918,668
  66,918,678
  66,918,710
  66,919,047
  66,919,159
  66,921,282
  66,921,341
  66,921,945
  66,921,957
  66,921,960
  66,922,422
  66,922,683
  66,922,918
  66,922,923
  66,922,957
  66,923,017
  66,923,018
  66,923,019
  66,923,030
  66,923,169
  66,923,293
  66,923,397
  66,923,411
  66,923,412
  66,923,431
  66,923,492
  66,923,827
  66,923,855
  66,923,934
  66,924,080
  66,924,083
  66,924,201
  66,924,416
  66,924,421
  66,924,440
  66,924,711
  66,924,895
  66,925,091
  66,925,167
  66,925,201
  66,925,244
  66,925,427
  66,925,503
  66,925,569
  66,926,040
  66,926,299
  66,926,440
  66,926,467
  66,926,654
  66,927,493
  66,927,587
  66,927,950
  66,928,015
  66,928,063
  66,928,141
  66,928,147
  66,928,148
  66,928,336
  66,928,538
  66,928,675
  66,928,696
  66,928,766
  66,929,127
  66,929,129
  66,929,137
  66,929,305
  66,929,406
  66,929,516
  66,929,744
  66,929,828
  66,929,997
  66,930,146
  66,930,208
  66,930,290
  66,930,331
  66,930,457
  66,930,483
  66,930,536
  66,931,374
  66,931,479
  66,932,612
  66,933,214
  66,934,549
  66,935,118
  66,935,265
  66,935,536
  66,935,961
  66,936,625
  66,939,131
  66,940,045
  66,940,614
  66,940,696
  66,941,052
  66,941,118
  66,941,394
  66,941,458
  66,941,744
  66,941,880
  66,941,978
  66,942,053
  66,942,054
  66,942,057
  66,942,073
  66,942,253
  66,942,495
  66,942,698
  66,942,764
  66,942,773
  66,942,776
  66,943,031
  66,943,037
  66,943,045
  66,943,077
  66,943,098
  66,943,099
  66,943,174
  66,943,244
  66,943,254
  66,943,704
  66,943,769
  66,944,072
T
C
A
4
C
6
G
G
G
A
G
T
T
-
?
-/A
-/A
A/-
C
C
T
C
A
A
G
C
3
C
-
-
T
T
T
G
A
A
G
G
T/A
G
G
T
G
C
C
A
C
C
G
C
-
C
A
T
T
-
T
C
T
C
T
A
G
A
T
C
A
T
G
T
-
G
-
A
A
2
-
T/C
G
A
T
G
G
A
A
G
A
C
A
5
4
T
T
C
G
A
G
A
C
A
A
C
T
G
G
T
C
9
C
18
G
A
A
G
T
T
G
G
A
T
A
T/A
C
G
T/4
G
C/T
T
A
A
A
A
-
G
C
C
-
A
A
G
A
T
A
A
C
C
A
C
G
G
G
G
A
A
A
A
T
-
2
T
T
A
C
A
C
4
A
A
A
T
C
G
A
-
C/-
C
C
T
G
A
G
T
G
-
C
A
-
T
C
G
C
C
G
G
C
G
T
A
T
A
G
C
G
C
G
C
A
G
T
A
C
2
T
A
T
A
A
C
G
A
-
T/-
T
C
A
2
T
T
C
A
T
-/T
G
-
T
-
G
T
G
T
G
C
9
A
C
G
T
T
C
14
7
10
T
3
T
G
C
A
C
-/T
T
C
A
C
T
A
A
G
T
C
T
A
G
G
G
C
C
A
G
-
-/A
A
G
A
G
T/-
-/T
T/-
G
7
T
T
C
A
A
T
C
C
T
C
C
C
A
A
G
C
T
C
-
A
T
A
T
A
T
G
A
2
C
5
T
3
5
T
T
G
T
10
16
C
T
T/-
G/-
C/-
-/T
-/T
-/G
A
G
T
C
G
G
-
C/T
G/-
G
T
C
T
G
C
A
G
C
C
G
G
G
A
A
-
A
-
C
G
A
G
C
G
C
T
A
A
C
A
-
-
C
A
C
G
G
A/-
A
A
A/-
A
A
T
?
A
C
C
A
8
-
T
C
G
C
A
T
-
-
T
A
A
G
2
T
T
T
G
A
G
-
3
3
3
T
2
C
A
T
-/A
G
G
A
T
-
A
G
-
G
-
G/-
G/-
A/-
-/A
-/A
T/-
T
-/C
-/C
C
-
-
A
T
A
G
C
A
T
T
T
A
T
T
T
A
C
A
C/-
A
C
T
C
-
T
-
C
T
-
-
G
23/-
A
T
T
C
A
C
-
G
T
A
T
C
C
T
A
C
A
A
A
-
C
G
C
T
A
G
T
A
A
C
T
T
T
A
A/C
-
A
A
T
A
A
G
-
2
T
T
A
2
2
T
T
C
A
A
G
T
T
T
4
A
G
C
A
A
A
C
A
G
T
A
C
C
G
C
-
C
G
T
26
G
A
T
G
G
C
G
C
A
T
G
T
C
C
-
10/-
A/-
A
6
-
C
T
T
G
C
G
A
G
A
C