Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 166,113 (bp)   Positions: 365
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
SS/JrHsdMcwi (2019) 
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
Itga1
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
T
C
6
G
A
G
A
C
A
G
C
G
G
A
C
T
A
C
G
G
G
C
C
T
G
C
5
2
A
C
G
A
A
5
-
-
A
A
G
G
T
24
G
G
G
G
G
A
T
T
A
C
C
G
T
A
A
G
A
T
C
C
C
G
T
A
T
C
C
C
T
C
G
C
G
A
T
A
A
A
A
C
T
-
2
C
C
C
C
C
C
C
C
C
C
C
C
C
T
A
-
T
T
A
A
T
G
G
T
T
G
G
C
T
G
T
G
T
-
T
C
G
T
G
A
T
G
G
G
C
G
T
T
C
C
C
G
G
T
T
G
A
T
C
T
G
-
G
T
C
T
G
A
A
G
G
A
C
3
C
A
A
C
G
A
G
C
G
G
C
C
C
G
G
G
C
A
T
C
A
-
3
T
A
A
-
C
6
G
A
T
-
G
A
A
C
T
-
T
A
T
G
A
G
A
A
A
G
T
C
C
A
-
C
A
C
C
-
T
A
-
A
-
C
T
T
A
A
T
T
T
G
C
-
G
C
A
A
T
-
-
C
T
-
A
C
G
C
C
A
-
A
T
A
C
C
C
C
T
C
G
A
T
T
13
G
C
T
G
A
-
T
C
A
G
-
G
G
C
T
G
T
A
T
T
C
C
C
-
T
G
A
G
A
A
T
-
A
C
G
T
G
G
A
T
G
G
A
A
A
C
A
A
T
T
A
G
T
G
T
-
T
4
-
-
A
G
G
G
C
G
C
T
-
A
C
C
G
C
T
C
G
G
C
G
A
3
-
G
G
-
T
T
A
A
T
A
C
C
G
G
C
-
C
A
  46,646,659
  46,646,996
  46,647,253
  46,647,298
  46,647,504
  46,647,506
  46,647,578
  46,647,661
  46,647,764
  46,647,783
  46,647,859
  46,647,898
  46,647,969
  46,647,995
  46,648,130
  46,648,223
  46,648,793
  46,648,963
  46,649,068
  46,649,202
  46,649,283
  46,649,493
  46,649,643
  46,649,908
  46,649,934
  46,650,286
  46,650,653
  46,650,698
  46,650,706
  46,650,743
  46,653,791
  46,654,890
  46,657,203
  46,658,064
  46,662,648
  46,662,710
  46,663,041
  46,663,089
  46,663,538
  46,664,021
  46,664,381
  46,664,547
  46,664,560
  46,664,562
  46,664,566
  46,664,568
  46,664,570
  46,665,341
  46,666,177
  46,666,599
  46,666,965
  46,667,068
  46,667,590
  46,669,818
  46,672,505
  46,673,243
  46,673,396
  46,673,471
  46,673,487
  46,673,490
  46,673,714
  46,674,609
  46,674,615
  46,677,164
  46,677,334
  46,680,341
  46,680,342
  46,680,431
  46,680,650
  46,680,854
  46,681,349
  46,682,142
  46,682,161
  46,682,176
  46,682,299
  46,682,517
  46,683,143
  46,684,010
  46,684,554
  46,684,662
  46,684,832
  46,685,415
  46,685,618
  46,686,048
  46,686,531
  46,686,532
  46,686,537
  46,687,914
  46,687,916
  46,687,918
  46,687,920
  46,687,924
  46,687,926
  46,687,928
  46,687,930
  46,687,932
  46,687,936
  46,688,066
  46,690,650
  46,690,783
  46,691,487
  46,691,539
  46,692,207
  46,695,635
  46,696,735
  46,697,052
  46,697,751
  46,697,753
  46,697,790
  46,697,792
  46,697,828
  46,699,037
  46,700,268
  46,700,396
  46,701,156
  46,701,163
  46,701,249
  46,701,299
  46,701,845
  46,701,855
  46,701,888
  46,702,014
  46,702,308
  46,702,472
  46,702,489
  46,702,567
  46,702,630
  46,702,842
  46,703,051
  46,703,296
  46,703,300
  46,703,569
  46,703,912
  46,704,097
  46,704,102
  46,704,198
  46,704,199
  46,704,346
  46,704,368
  46,704,382
  46,704,670
  46,704,901
  46,705,541
  46,705,565
  46,705,715
  46,705,889
  46,706,064
  46,706,904
  46,706,943
  46,706,946
  46,707,073
  46,707,153
  46,707,601
  46,708,518
  46,709,108
  46,709,224
  46,709,676
  46,710,431
  46,710,472
  46,710,546
  46,710,623
  46,711,208
  46,711,351
  46,711,382
  46,711,426
  46,711,691
  46,711,724
  46,711,779
  46,711,827
  46,711,831
  46,711,889
  46,711,961
  46,711,997
  46,712,054
  46,712,170
  46,712,245
  46,712,854
  46,712,959
  46,712,966
  46,713,200
  46,713,460
  46,713,461
  46,713,977
  46,714,279
  46,714,956
  46,715,184
  46,715,240
  46,715,653
  46,716,137
  46,716,169
  46,716,209
  46,716,327
  46,716,339
  46,716,493
  46,716,521
  46,716,541
  46,716,776
  46,716,858
  46,717,394
  46,717,436
  46,717,543
  46,718,042
  46,718,083
  46,718,087
  46,718,353
  46,718,868
  46,718,991
  46,719,148
  46,719,154
  46,719,292
  46,719,342
  46,719,344
  46,720,378
  46,720,964
  46,721,209
  46,724,255
  46,724,793
  46,725,484
  46,725,946
  46,726,041
  46,726,218
  46,726,409
  46,726,650
  46,726,654
  46,726,975
  46,727,624
  46,727,741
  46,728,256
  46,730,148
  46,730,150
  46,730,164
  46,730,222
  46,730,429
  46,730,646
  46,730,866
  46,731,229
  46,731,566
  46,732,499
  46,732,684
  46,732,785
  46,732,796
  46,732,804
  46,733,370
  46,733,630
  46,733,816
  46,734,019
  46,734,817
  46,734,965
  46,735,333
  46,735,548
  46,736,653
  46,737,090
  46,737,310
  46,737,390
  46,737,443
  46,737,460
  46,737,634
  46,737,660
  46,737,716
  46,737,761
  46,737,846
  46,739,002
  46,739,552
  46,739,871
  46,740,243
  46,740,408
  46,741,182
  46,741,838
  46,741,839
  46,741,935
  46,742,084
  46,742,101
  46,742,310
  46,743,057
  46,743,161
  46,743,586
  46,746,039
  46,746,327
  46,746,380
  46,747,892
  46,748,001
  46,748,223
  46,748,268
  46,749,560
  46,749,561
  46,749,694
  46,750,039
  46,751,015
  46,751,037
  46,752,446
  46,754,520
  46,755,789
  46,755,937
  46,755,940
  46,756,002
  46,756,399
  46,756,429
  46,756,482
  46,763,362
  46,763,453
  46,764,057
  46,764,095
  46,765,017
  46,765,174
  46,767,206
  46,767,777
  46,767,885
  46,768,331
  46,768,576
  46,768,937
  46,768,973
  46,769,008
  46,769,175
  46,769,470
  46,769,773
  46,770,984
  46,771,117
  46,771,263
  46,771,364
  46,774,880
  46,774,974
  46,774,975
  46,774,977
  46,776,193
  46,776,194
  46,776,862
  46,778,192
  46,779,116
  46,779,456
  46,780,764
  46,781,724
  46,781,775
  46,782,617
  46,782,710
  46,787,877
  46,787,880
  46,789,603
  46,791,190
  46,792,745
  46,792,873
  46,793,187
  46,793,391
  46,793,512
  46,793,757
  46,793,850
  46,794,656
  46,795,124
  46,796,057
  46,796,559
  46,796,862
  46,797,159
  46,797,457
  46,797,658
  46,799,023
  46,799,765
  46,800,476
  46,802,765
  46,802,937
  46,802,940
  46,803,023
  46,803,626
  46,803,722
  46,805,481
  46,811,270
  46,812,004
C
T
-
C/-
T
A
G
T
G
A
T
T
A
G
G
C
G
T
A
A
A
T
T
C
A
A
-
-
-
T
C
G
-
-
C
C
G
G
A
A
G
24/-
C/-
C/-
C/-
C/-
C/-
G
C
C
G
A
T
A
C
-
-
C
G
C
G
A
T
A
C
G
G
C/-
A
T
C
T
A
T
A
G
G
G
G
C
C
A
G
A
-
A/-
-/A
-/G
G/-
G/-
G/-
-/G
G/-
G/-
-/G
-/G
-/G
T
C
G
C
C
C
-
T
C
T/-
-/T
A
A
A
A
T
C
A
C
A
C
G
A
T
A
G
A
C
C
C
A
A
T
A
C
C
G
A
T
T
T
C
C
C
C
G
T
C
A
T
A
C
-
C
T
-
G
T
C
C
T
-
T
G
G
T
A
-
T
T
A
T
G
A
T
A
T
A
T
G
C
T
G
15
-
C
G
T
T
G
-
A
G
C
32
C
G
C
A
A
2
C
T
C
C
C
A
G
C
C
C
C
T
G
G
2
T
G
T
G
2
C
G
7
G
4
T
-
A
T
-
C/-
-/C
C
T
T
4
A
T
G
G
C
T
T
A
C
A
-
T
A
T
T
G
T
G/-
C
G
A
T
T
T
C
T
T
T
G
C
-
C
T
C
A
G
A
C
T
C
A
2
A
-
T
G
A
C
G
T/C
T/C
T
T
A
5
-
A
C
A
G
G
C
A
C
A
A
G
A
A
G
-/A
T
A
G
G
T
A
G
G
C
C
G
A
C
A
C
4
A
-
2
9
T
A
A
C
T
T
T
-
2
G
A
T
A
T
C
T
C
A
T
A
G
-
A
C
A
3
C
C
G
T
G
G
A
A
T
T
T
2
A
G