Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 173,242 (bp)   Positions: 568
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
BN/NHsdMcwi (2020) 
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
Ipo11
G
G
-
G
A
T
T
T
C
-
C
A
-
-
T
-
T
-
-
G
G
T
-
G
A
A
2
-
G
T
-
-
T
-
T
T
T
-
T
-
-
A
T
-
T
T
G
-
2
A
G
T
A
A
-
-
G
-
C
T
G
-
G
G
T
-
A
A
G
C
C
T
G
-
T
-
3
T
A
-
T
2
T
-
-
C
-
T
G
T
-
-
-
G
G
-
-
C
T
G
T
A
-
-
G
-
-
T
T
T
T
T
T
C
A
G
G
-
A
C
T
G
T
-
T
A
G
-
C
T
-
G
G
-
-
G
G
C
T
T
-
C
-
A
G
-
-
T
T
T
T
-
-
-
-
A
-
T
A
-
T
G
T
A
T
-
A
A
A
-
T
-
-
T
A
T
T
G
G
-
-
T
-
G
C
G
-
-
G
-
G
-
-
T
T
C
T
T
T
-
-
C
T
2
T
G
A
-
A
T
-
A
-
C
-
G
-
T
-
T
-
A
G
-
-
-
G
-
G
G
G
-
T
G
-
-
-
2
-
-
-
T
A
-
-
G
A
-
T
C
-
-
T
-
T
G
A
A
A
A
G
-
T
G
-
-
T
A
-
G
C
-
T
T
-
-
C
3
-
-
-
A
A
-
G
C
-
C
-
A
-
C
-
A
T
-
T
A
T
C
G
C
A
-
2
-
T
-
-
T
A
G
G
-
A
A
G
A
-
A
T
-
A
T
G
A
G
G
A
A
T
C
G
A
-
A
A
T
C
-
-
A
C
C
-
T
T
-
T
G
G
A
-
-
-
C
-
-
-
-
A
A
2
-
-
-
A
A
-
G
-
G
T
-
A
A
-
A
C
-
T
-
-
T
2
A
G
G
A
A
-
-
-
-
G
A
A
G
A
T
G
A
-
A
G
-
-
A
G
-
-
A
A
T
-
A
-
-
A
A
G
-
T
T
A
-
A
-
T
-
C
A
C
T
T
C
-
-
A
T
-
A
A
-
-
A
-
G
C
C
A
G
-
-
T
T
A
-
-
A
A
G
G
A
-
-
A
-
-
-
T
T
A
T
-
A
T
C
C
-
-
-
-
A
-
-
C
T
A
-
G
G
T
G
A
G
C
-
-
-
T
A
C
T
T
-
-
A
-
-
A
-
-
T
2
-
-
-
-
T
2
-
-
-
G
A
-
A
T
A
G
T
C
-
A
A
-
-
-
-
-
T
-
-
-
-
-
T
A
-
-
A
-
G
T
-
C
T
T
T
2
-
-
T
A
G
C
A
  38,193,252
  38,288,108
  38,293,294
  38,294,158
  38,295,503
  38,296,092
  38,296,113
  38,296,256
  38,296,281
  38,296,374
  38,296,431
  38,296,466
  38,296,550
  38,296,578
  38,296,639
  38,296,737
  38,296,793
  38,296,855
  38,296,951
  38,297,067
  38,297,129
  38,297,153
  38,297,163
  38,297,217
  38,297,406
  38,297,489
  38,297,594
  38,297,736
  38,297,763
  38,297,909
  38,297,967
  38,298,110
  38,298,115
  38,298,140
  38,298,234
  38,298,334
  38,298,340
  38,298,364
  38,298,367
  38,298,439
  38,298,457
  38,298,484
  38,298,485
  38,298,514
  38,298,577
  38,298,675
  38,298,676
  38,298,683
  38,298,710
  38,298,819
  38,298,850
  38,298,873
  38,298,894
  38,298,966
  38,298,970
  38,299,198
  38,299,212
  38,299,308
  38,299,389
  38,299,487
  38,299,642
  38,299,692
  38,299,750
  38,299,871
  38,299,988
  38,299,992
  38,300,147
  38,300,182
  38,300,199
  38,300,592
  38,300,620
  38,300,658
  38,300,809
  38,300,823
  38,300,937
  38,300,945
  38,300,952
  38,301,049
  38,301,157
  38,301,194
  38,301,243
  38,301,354
  38,301,369
  38,301,375
  38,301,389
  38,301,455
  38,301,600
  38,301,687
  38,301,751
  38,301,828
  38,301,842
  38,301,863
  38,301,954
  38,302,131
  38,302,186
  38,302,483
  38,302,490
  38,302,547
  38,302,581
  38,302,697
  38,302,750
  38,302,786
  38,302,853
  38,302,904
  38,302,905
  38,302,950
  38,303,013
  38,303,037
  38,303,091
  38,303,334
  38,303,352
  38,303,372
  38,303,378
  38,303,642
  38,304,039
  38,304,138
  38,304,156
  38,304,208
  38,304,220
  38,304,235
  38,304,252
  38,304,359
  38,304,465
  38,304,512
  38,304,518
  38,304,778
  38,304,857
  38,304,929
  38,305,081
  38,305,388
  38,305,962
  38,306,301
  38,306,379
  38,306,435
  38,306,505
  38,306,639
  38,306,794
  38,306,810
  38,306,850
  38,306,880
  38,307,287
  38,307,329
  38,307,602
  38,307,666
  38,307,779
  38,307,945
  38,307,968
  38,308,090
  38,308,275
  38,308,299
  38,308,414
  38,308,457
  38,308,488
  38,308,502
  38,308,515
  38,308,539
  38,308,683
  38,309,038
  38,309,093
  38,309,136
  38,309,279
  38,309,358
  38,309,435
  38,309,457
  38,309,511
  38,309,550
  38,309,555
  38,309,605
  38,309,620
  38,309,828
  38,309,875
  38,309,879
  38,309,927
  38,310,040
  38,310,176
  38,310,407
  38,310,443
  38,310,444
  38,310,792
  38,311,297
  38,311,307
  38,312,345
  38,312,393
  38,312,562
  38,312,696
  38,313,044
  38,313,156
  38,313,197
  38,313,427
  38,313,451
  38,313,651
  38,313,706
  38,313,832
  38,313,923
  38,314,089
  38,314,212
  38,314,217
  38,314,229
  38,314,252
  38,314,303
  38,314,313
  38,314,326
  38,314,428
  38,314,541
  38,314,577
  38,314,586
  38,315,006
  38,315,070
  38,315,227
  38,315,417
  38,315,703
  38,315,724
  38,315,789
  38,315,866
  38,315,872
  38,315,993
  38,316,011
  38,316,092
  38,316,239
  38,316,333
  38,316,423
  38,316,456
  38,316,566
  38,316,587
  38,316,653
  38,316,672
  38,316,799
  38,316,978
  38,317,019
  38,317,039
  38,317,229
  38,317,272
  38,317,841
  38,317,884
  38,318,116
  38,318,167
  38,318,195
  38,318,221
  38,318,236
  38,318,258
  38,318,261
  38,318,293
  38,318,330
  38,318,589
  38,318,628
  38,318,755
  38,318,791
  38,318,970
  38,319,362
  38,319,433
  38,319,450
  38,319,525
  38,319,623
  38,319,766
  38,319,786
  38,319,820
  38,319,869
  38,319,955
  38,319,960
  38,319,967
  38,319,971
  38,319,981
  38,319,993
  38,319,997
  38,320,007
  38,320,039
  38,320,069
  38,320,073
  38,320,091
  38,320,100
  38,320,167
  38,320,216
  38,320,220
  38,320,291
  38,320,364
  38,320,497
  38,320,612
  38,320,660
  38,320,747
  38,320,779
  38,320,790
  38,320,903
  38,320,935
  38,320,967
  38,321,070
  38,321,152
  38,321,198
  38,321,227
  38,321,276
  38,321,317
  38,321,379
  38,321,465
  38,321,655
  38,321,737
  38,321,741
  38,321,780
  38,321,791
  38,321,843
  38,321,859
  38,321,950
  38,321,962
  38,321,968
  38,322,003
  38,322,059
  38,322,070
  38,322,078
  38,322,089
  38,322,126
  38,322,133
  38,322,153
  38,322,284
  38,322,641
  38,322,655
  38,322,658
  38,322,694
  38,322,728
  38,322,760
  38,322,767
  38,322,774
  38,323,002
  38,323,012
  38,323,172
  38,323,223
  38,323,233
  38,323,252
  38,323,305
  38,323,435
  38,323,705
  38,323,788
  38,323,904
  38,323,919
  38,323,924
  38,323,995
  38,324,032
  38,324,058
  38,324,146
  38,324,155
  38,324,259
  38,324,313
  38,324,331
  38,324,401
  38,324,487
  38,324,496
  38,324,554
  38,324,575
  38,324,617
  38,324,729
  38,324,758
  38,324,837
  38,324,865
  38,324,874
  38,324,875
  38,324,948
  38,324,965
  38,324,979
  38,325,172
  38,325,188
  38,325,228
  38,325,322
  38,325,360
  38,325,412
  38,325,448
  38,325,466
  38,325,541
  38,325,556
  38,325,621
  38,325,698
  38,325,704
  38,325,748
  38,325,816
  38,325,915
  38,325,927
  38,326,148
  38,326,177
  38,326,230
  38,326,233
  38,326,251
  38,326,431
  38,326,501
  38,326,582
  38,326,606
  38,326,628
  38,326,700
  38,326,744
  38,326,781
  38,326,785
  38,326,790
  38,326,797
  38,327,237
  38,327,252
  38,327,373
  38,327,386
  38,327,398
  38,327,440
  38,327,448
  38,327,461
  38,327,474
  38,327,497
  38,327,498
  38,327,505
  38,327,515
  38,327,516
  38,327,523
  38,327,535
  38,327,574
  38,327,597
  38,327,662
  38,327,693
  38,327,694
  38,327,720
  38,327,755
  38,327,872
  38,327,906
  38,327,907
  38,327,925
  38,328,111
  38,328,119
  38,328,149
  38,328,155
  38,328,197
  38,328,283
  38,328,297
  38,328,492
  38,328,516
  38,328,525
  38,328,586
  38,328,786
  38,328,841
  38,328,868
  38,328,887
  38,329,310
  38,329,325
  38,329,385
  38,329,528
  38,329,534
  38,329,537
  38,329,585
  38,329,662
  38,329,675
  38,329,676
  38,329,681
  38,329,684
  38,329,707
  38,329,782
  38,329,862
  38,329,966
  38,330,338
  38,330,463
  38,331,086
  38,331,173
  38,331,201
  38,331,318
  38,331,349
  38,331,540
  38,331,612
  38,331,633
  38,331,649
  38,331,656
  38,331,700
  38,332,061
  38,332,172
  38,332,472
  38,332,565
  38,332,852
  38,332,927
  38,332,978
  38,333,168
  38,333,178
  38,333,290
  38,333,523
  38,333,567
  38,333,715
  38,333,879
  38,334,020
  38,334,295
  38,334,431
  38,334,457
  38,334,480
  38,334,498
  38,334,555
  38,334,582
  38,334,762
  38,335,054
  38,335,149
  38,335,240
  38,335,265
  38,335,311
  38,335,371
  38,335,448
  38,335,586
  38,335,610
  38,335,641
  38,335,754
  38,335,809
  38,335,991
  38,336,017
  38,336,087
  38,336,118
  38,336,271
  38,336,307
  38,336,337
  38,336,383
  38,336,481
  38,336,511
  38,336,574
  38,336,853
  38,337,366
  38,337,485
  38,337,820
  38,337,891
  38,337,977
  38,338,022
  38,338,208
  38,338,223
  38,338,234
  38,338,263
  38,338,480
  38,338,561
  38,338,587
  38,338,849
  38,338,894
  38,338,989
  38,339,026
  38,339,214
  38,339,225
  38,339,238
  38,339,262
  38,339,284
  38,339,358
  38,339,368
  38,339,401
  38,339,464
  38,339,496
  38,339,505
  38,339,679
  38,340,039
  38,340,156
  38,340,416
  38,340,447
  38,340,525
  38,340,882
  38,341,054
  38,341,079
  38,341,217
  38,341,396
  38,341,422
  38,341,586
  38,341,884
  38,341,977
  38,341,999
  38,342,032
  38,342,128
  38,342,176
  38,342,245
  38,342,336
  38,342,367
  38,342,382
  38,342,432
  38,342,457
  38,342,470
  38,342,562
  38,342,603
  38,342,618
  38,342,620
  38,342,671
  38,342,696
  38,342,714
  38,342,827
C/-
-
A
-
-
-
-
-
-
A
-
-
G
G
-
C
-
T
G
-
-
A
A
-
-
-
-
G
-
-
C
-/T
T/C
G
A
A
-
C
A
A
A
T
A
T
-
G
T
C
-
T
-
-
-
-
C
A
-
G
-
-
-
G
-
-
G
G
-
-
-
-
-
-
-
G
A
G
-
-
-
T
-
-
-
A
G
-
G
-
-
-
T
A
A
-
-
G
T
-
-
-
A/-
-
A
T
T
G
G
-
-
-
A
-
-
-
-
-
-
G
C
-
-
T/-
-
G
-
-
-
T
-
-
A
-
T
A
G
-
-
-
-
-
C
-
T
-
-
T
A
A
A
-
A
G
T
A
T
C
G
G
-
G
-
-
A
-
A
G
-
-
-
G
-
T
G
-
-
A
G
T
-
T
T
-
A
-
-
-
A
T
-
A
-
T
T
-/A
-
-
-
A
-
C
C
-
G
-
-
-
-
A
-
-
A
-
A
-
A
-
T
-
A
-
G
-
-
G
G
A
-
G
-
-
-
G
-
-
A
G
T
-
T
A
T
-
C
A
A
-
-
T
-
-
A
A
-
A
-
-
T
T
T
-
-
A
-
-
A
T
-
-
T
T
-
T
-
-
T
T
A
-
G
C
T
-
-
C
-
T/-
G
A
A
C
T
-
A
-
-
C
-
-
-
T/-
C/-
-/G
T
A
-
C
G
T
T
A
-
-
T
G
T
-
-
T
A/G
C
A
A
-
-
-
-
-
-/T
T
-
A
-
-/A
T
A
C
-
-
-
A
A
-
-
A
C
-
-
A
-
-
A
G
C
T
A
-
A
G
C
G
-
-
-
A
A
C
-
-
G
-
A
-
A
G
-
T
C
-
-
A
-
A
A
-
-
T
-
-
-
-
G
A
T
G
-
-
-
A
G
-
A
G
A
T
T
G
C
-
T
T
A
-
T
A
C
T
C
T
T
-
-
T
A
A
T
G
-
A
G
C
-
T
-
-
-
A
G
A
T
A
G
C
-
G
A
T
A
-
-
A
-
-
G
A
A
-
-
G
G
C
-
-
-
C
A
A
-
T
G
A
-
A
T
-
G
T
A
-
-
C
A
G
A
-
G
G
-
-
-
A
-
-
-
-
-
T
-
T
T
T
-
-
A
A
-
T
A
T
A
G
G
C
T
-
-
G
A
C
T
A/-
-
A
A
C
-
-
A
T
-
-
-
-
-
C
-
T
A
A
T
2
G
A
T
2
G
T
A
-
-
A
G
T
A
-
-
T
-
-
A
-
-
G
C
G
-
-
-
-