Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 239,378 (bp)   Positions: 545
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
M520/N (2020) 
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
Gramd1b
T
T
T
T
-
T
T
A
C
6
G
T
A
C
T
C
C
T
C
13
G
G
G
G
A
T
T
C
G
G
T
C
C
112
-
G
T
A
-
A
T
T
T
G
A
G
C
G
A
G
G
C
T
-
A
A
G
A
A
A
C
G
G
T
G
C
A
G
A
G
T
-
G
G
A
C
T
A
C
A
C
A
-
G
-
G
A
A
C
C
T
T
A
G
C
G
T
A
C
C
T
G
G
G
G
G
G
G
G
A
T
T
A
A
8
G
T
C
A
A
T
G
G
G
-
T
A
A
A
G
A
G
C
T
A
T
C
C
C
A
C
A
T
C
C
G
T
G
T
A
C
G
A
T
T
A
A
-
G
C
T
G
T
C
G
A
G
T
G
-
C
G
A
T
T
T
T
C
C
10
A
A
T
T
T
G
T
5
A
A
-
T
A
C
C
C
A
G
C
T
5
C
A
G
T
A
A
-
-
A
G
A
A
A
-
G
T
G
G
-
A
-
C
A
T
A
A
A
A
C
C
C
G
T
T
A
A
G
A
A
G
C
C
-
G
C
G
C
G
T
G
-
T
C
A
A
T
T
A
T
G
A
C
T
G
C
G
A
T
A
C
T
T
T
C
4
C
T
T
A
C
C
T
G
C
G
T
G
T
G
T
G
A
G
T
T
A
T
G
C
G
T
C
A
T
C
2
G
G
A
G
-
T
A
G
A
A
C
-
C
2
G
A
T
A
G
G
A
6
C
G
T
-
A
C
C
C
G
G
C
C
112
T
C
14
C
T
T
T
C
C
A
C
T
C
C
G
A
C
C
G
-
C
G
G
C
A
G
C
18
-
A
A
T
T
C
G
T
G
-
G
T
G
T
G
T
A
-
A
3
G
T
C
T
T
C
A
A
T
T
C
-
A
G
G
T
A
A
T
T
G
G
C
C
-
G
A
G
T
-
G
T
A
C
A
G
C
A
C
C
T
T
T
C
A
T
A
C
T
C
T
A
G
C
T
G
C
T
T
G
C
A
T
G
A
A
T
-
T
T
C
C
G
T
A
T
G
T
T
T
G
A
C
C
-
T
C
C
A
A
A
4
G
G
C
C
G
G
C
C
C
-
T
A
G
T
T
T
66
3
T
T
A
A
T
G
C
C
C
A
T
C
T
G
G
G
C
C
C
A
A
A
T
G
T
-
G
-
T
T
T
T
A
G
A
6
T
G
G
T
A
A
G
G
A
  40,656,436
  40,657,693
  40,661,941
  40,666,678
  40,666,685
  40,666,750
  40,666,919
  40,667,516
  40,667,886
  40,669,726
  40,669,730
  40,670,000
  40,671,688
  40,671,814
  40,672,754
  40,672,787
  40,672,788
  40,673,446
  40,674,240
  40,674,768
  40,675,498
  40,675,500
  40,675,502
  40,675,518
  40,675,917
  40,676,158
  40,677,181
  40,677,392
  40,677,751
  40,678,613
  40,679,041
  40,679,046
  40,680,188
  40,680,208
  40,680,648
  40,682,053
  40,682,369
  40,684,520
  40,685,353
  40,686,205
  40,686,666
  40,687,332
  40,687,419
  40,687,575
  40,687,582
  40,688,673
  40,691,662
  40,691,695
  40,691,955
  40,692,604
  40,694,786
  40,695,143
  40,696,079
  40,696,164
  40,696,321
  40,696,354
  40,696,438
  40,696,587
  40,697,084
  40,698,557
  40,698,738
  40,698,758
  40,698,845
  40,699,104
  40,699,223
  40,699,420
  40,699,842
  40,699,880
  40,699,975
  40,700,693
  40,701,696
  40,701,812
  40,701,933
  40,702,799
  40,702,830
  40,703,015
  40,703,547
  40,703,601
  40,705,428
  40,706,151
  40,706,848
  40,706,944
  40,707,095
  40,707,352
  40,707,948
  40,708,616
  40,708,726
  40,709,057
  40,709,732
  40,710,124
  40,710,771
  40,710,799
  40,711,170
  40,711,287
  40,711,386
  40,711,628
  40,711,704
  40,711,859
  40,712,071
  40,712,447
  40,712,964
  40,713,185
  40,713,187
  40,713,189
  40,713,191
  40,713,197
  40,713,199
  40,713,201
  40,713,203
  40,713,553
  40,717,233
  40,718,900
  40,722,449
  40,722,536
  40,722,541
  40,723,814
  40,724,597
  40,724,618
  40,725,801
  40,725,803
  40,726,221
  40,726,239
  40,726,260
  40,726,406
  40,726,520
  40,727,153
  40,727,202
  40,727,203
  40,727,204
  40,727,244
  40,727,790
  40,728,046
  40,728,361
  40,728,861
  40,728,932
  40,729,102
  40,729,122
  40,729,354
  40,729,415
  40,729,466
  40,729,502
  40,729,586
  40,729,598
  40,729,626
  40,730,284
  40,730,415
  40,730,512
  40,730,686
  40,731,135
  40,731,526
  40,731,879
  40,732,470
  40,732,478
  40,732,664
  40,732,875
  40,733,754
  40,733,859
  40,733,926
  40,734,063
  40,734,311
  40,734,325
  40,734,400
  40,734,633
  40,735,975
  40,737,036
  40,737,191
  40,738,951
  40,740,997
  40,741,026
  40,741,337
  40,741,360
  40,741,485
  40,741,538
  40,742,178
  40,742,370
  40,742,396
  40,742,870
  40,742,923
  40,742,925
  40,742,932
  40,742,986
  40,742,988
  40,743,072
  40,743,315
  40,743,531
  40,743,923
  40,744,141
  40,744,429
  40,745,002
  40,745,394
  40,746,120
  40,746,148
  40,746,179
  40,746,519
  40,746,780
  40,746,955
  40,747,028
  40,747,775
  40,748,537
  40,748,956
  40,749,384
  40,749,436
  40,749,527
  40,749,636
  40,749,961
  40,751,060
  40,751,774
  40,751,867
  40,751,953
  40,752,006
  40,752,133
  40,752,858
  40,752,975
  40,753,350
  40,756,027
  40,756,131
  40,756,976
  40,757,527
  40,757,972
  40,759,151
  40,759,341
  40,759,691
  40,759,922
  40,760,796
  40,761,300
  40,761,566
  40,761,925
  40,762,225
  40,762,740
  40,763,400
  40,763,402
  40,763,936
  40,763,952
  40,764,752
  40,765,784
  40,766,111
  40,766,427
  40,766,491
  40,766,962
  40,767,195
  40,767,385
  40,767,436
  40,767,446
  40,767,587
  40,767,938
  40,768,239
  40,768,843
  40,769,407
  40,769,411
  40,769,595
  40,769,641
  40,770,926
  40,771,174
  40,773,402
  40,773,477
  40,774,183
  40,774,265
  40,774,268
  40,775,118
  40,775,147
  40,775,408
  40,775,440
  40,775,830
  40,777,025
  40,777,081
  40,777,164
  40,778,090
  40,778,340
  40,778,435
  40,778,734
  40,778,748
  40,779,134
  40,779,313
  40,780,337
  40,780,365
  40,780,434
  40,780,569
  40,780,608
  40,781,015
  40,781,090
  40,781,512
  40,781,585
  40,781,775
  40,781,830
  40,781,834
  40,781,913
  40,782,271
  40,782,284
  40,782,295
  40,782,571
  40,782,889
  40,783,055
  40,783,265
  40,783,373
  40,783,576
  40,783,637
  40,783,936
  40,784,416
  40,784,731
  40,784,844
  40,784,978
  40,785,584
  40,785,611
  40,786,005
  40,786,149
  40,786,462
  40,786,791
  40,787,992
  40,788,240
  40,788,989
  40,789,634
  40,790,338
  40,790,439
  40,790,511
  40,790,671
  40,791,237
  40,791,492
  40,791,555
  40,791,636
  40,791,906
  40,791,999
  40,792,914
  40,793,896
  40,794,016
  40,794,310
  40,794,619
  40,794,796
  40,794,898
  40,795,094
  40,795,369
  40,795,437
  40,795,574
  40,796,306
  40,796,545
  40,797,249
  40,798,459
  40,798,642
  40,798,867
  40,799,286
  40,799,426
  40,799,544
  40,799,680
  40,799,822
  40,800,365
  40,800,720
  40,801,172
  40,801,230
  40,801,258
  40,801,264
  40,801,302
  40,801,304
  40,801,392
  40,801,626
  40,801,702
  40,801,823
  40,801,841
  40,801,933
  40,802,093
  40,802,255
  40,804,251
  40,804,309
  40,804,642
  40,804,969
  40,805,060
  40,805,104
  40,805,879
  40,805,917
  40,806,040
  40,806,332
  40,806,355
  40,807,282
  40,814,869
  40,814,870
  40,815,861
  40,815,958
  40,816,328
  40,816,543
  40,816,908
  40,817,045
  40,817,217
  40,817,361
  40,817,599
  40,817,831
  40,819,090
  40,819,091
  40,819,427
  40,820,839
  40,827,203
  40,828,267
  40,828,640
  40,828,643
  40,828,811
  40,829,075
  40,833,361
  40,833,702
  40,834,216
  40,835,851
  40,835,960
  40,836,606
  40,837,407
  40,837,408
  40,838,974
  40,840,154
  40,840,709
  40,841,347
  40,841,668
  40,841,766
  40,842,078
  40,842,311
  40,842,855
  40,843,067
  40,843,335
  40,843,346
  40,843,408
  40,843,805
  40,843,935
  40,844,101
  40,844,260
  40,844,320
  40,844,400
  40,844,439
  40,844,458
  40,844,489
  40,844,578
  40,844,579
  40,844,583
  40,844,617
  40,844,914
  40,845,355
  40,845,379
  40,845,841
  40,845,922
  40,846,465
  40,846,769
  40,846,792
  40,847,759
  40,848,107
  40,848,762
  40,849,219
  40,849,392
  40,849,409
  40,849,456
  40,849,457
  40,849,481
  40,849,499
  40,849,500
  40,849,557
  40,849,605
  40,849,613
  40,849,614
  40,849,751
  40,849,752
  40,849,860
  40,850,094
  40,850,241
  40,851,000
  40,851,384
  40,852,671
  40,854,361
  40,855,465
  40,855,891
  40,857,980
  40,858,946
  40,860,181
  40,860,336
  40,860,836
  40,860,890
  40,861,058
  40,861,781
  40,862,194
  40,862,332
  40,862,396
  40,862,425
  40,862,893
  40,862,935
  40,863,020
  40,863,410
  40,863,863
  40,863,902
  40,863,915
  40,863,917
  40,863,944
  40,863,975
  40,864,071
  40,866,855
  40,867,188
  40,867,640
  40,868,428
  40,868,774
  40,870,193
  40,870,948
  40,870,951
  40,870,952
  40,872,089
  40,873,479
  40,874,965
  40,875,437
  40,876,254
  40,876,574
  40,877,062
  40,877,064
  40,877,125
  40,877,236
  40,877,471
  40,877,481
  40,877,520
  40,877,580
  40,877,689
  40,877,699
  40,878,885
  40,879,530
  40,879,817
  40,880,220
  40,880,507
  40,880,551
  40,880,690
  40,881,435
  40,881,825
  40,882,081
  40,883,235
  40,883,296
  40,883,580
  40,883,842
  40,883,956
  40,884,066
  40,884,212
  40,884,355
  40,884,704
  40,884,713
  40,885,037
  40,885,107
  40,885,469
  40,886,411
  40,886,584
  40,887,078
  40,887,381
  40,887,569
  40,888,762
  40,889,386
  40,889,666
  40,890,489
  40,891,347
  40,891,350
  40,891,813
  40,892,676
C
C
-
C
8
C
C
G
T
-
A/-
C
G
T
G
T
T
G
T
-
C/-
-/C
-/C
A
G
A
C
T
A
T
C
T
A
-
G
-
C
G
T
G
C
C
C
A
G
A
T
A
G
A
-
T
C
T
G
G
A
C
G
T
A
A
A
C
A
A
G
A
G
A/-
G
C
A
A
G
T
G
C
T
G
T
C
G
-
2
C
G
G
T
T
G
C
G
T
T
A
A
G
T
G
A
A
?
A/-
-/A
-/A
-/A
A/-
A/-
G
G
C
T
C
-
A
C
T
-/T
-/T
C
A
A
T
4
-
C/-
-/C
C
A
G
A
T
C
G
C
A
G/T
A
G
T
C
C
A
T
-/A
C
A
-
G
T
A
G
C
C
G
G
T
C
T
C
A
C
A
A
G
C
A
T
C
G
A
G
C
G
C
C
G
-
-
-/T
-/T
C
C
C
A
C
-
G
T
8
C
G
T
A
T
G
T
T
C
-
T
C
C
C
T
C
5
C
G
A
G
G
C
3
A
C
T
A
T
G
T
G
G
C
G
T
G
C
T/-
T
T
A
C
G
G
G
T
G
C
A
-/A
-/A
A
A
G
T
A
A
C
A
3
C
T
-
C
C
C
G/T
C
A
T
T
C
A
T
T
G
G
T
T
C
C
C
G/T
-
T
C
C
G
T
G
A
A/T
T
A
A
A
A
A
C
A
C
T
G
C
G
-
A
T
A
G
T
G
C
G
-
A
C
G
T
T
C
T
A
-
G
T
7
T
-
A
T
G
G
A
A
G
-
T
A
C
2
G
T
T
A
T
-
T
T
-
C
A
-
T
C
A
A
T/-
-/T
G
T
A
G
T
A
G
T
A
A
A
T
A
C
T
G
T
-/T
-
A
C
C
C
G
T
A
G
A
G
T
C
C/-
?
A/-
C
G
-/T
G
-
T
C
T
C
G
T
G
T
-
A
T
A
G
A
C
C
C
G
A
G
C/T
A
G
G
2
A
-
T
G
15
A
A
T
A
G
C
T
G
T/-
T
A
C
C
G
C
G
G
T
C
T
C
C
A
T
C
T
A
C
C
A
T
G
C
-
T
G
C
C
C
C
T
T
T
G
G
C
A
-/C
C
C
A
G
T/TG
T
2
C
T
A
G
G
T
-
A
A
T
-/T
T
A
T
A
T
-/2
T/C
C
A
C
C
A
-
-
A/-
C
T
C
A
A
T
T
G
C
C
T
G
A
A
C
-/T
T
T
G
C
G
C
A
C
13
T
2
C
A
C
C
G
A
G
-
-
A
A
-
G
G
C
A
G