Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 166,923 (bp)   Positions: 549
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
LE/Stm (2019) 
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
Cyp7b1
T
G
A
T
A
T
-
T
-
A
T
T
A
C
T
C
A
A
A
A
G
C
A
C
C
A
A
A
A
G
C
G
G
T
C
C
C
A
C
C
8
A
G
G
A
C
T
A
C
C
A
A
-
T
T
A
C
T
T
G
C
C
T
G
A
C
C
C
C
C
C
C
-
-
G
T
C
T
T
T
C
A
T
C
T
T
T
T
T
4
T
4
C
T
C
C
T
A
C
G
T
A
G
A
G
A
A
G
A
C
A
T
G
T
C
C
T
T
A
T
C
2
G
A
G
A
G
2
-
T
A
G
G
C
G
C
A
A
C
C
G
A
T
A
G
G
C
C
C
A
G
G
-
T
T
T
A
T
G
T
G
T
G
T
A
T
A
-
C
A
G
T
C
T
G
C
G
A
A
T
A
G
-
C
T
T
T
A
T
T
C
T
T
A
G
G
G
C
G
T
C
A
T
G
T
G
G
T
G
G
C
G
G
T
A
A
G
-
C
T
A
T
A
G
G
T
C
G
C
G
-
T
-
G
A
C
-
G
G
C
T
A
A
C
T
T
T
T
A
C
C
A
G
G
A
9
T
A
A
G
A
G
T
C
C
-
A
A
C
A
-
C
G
G
A
T
T
T
A
C
C
A
T
T
A
T
C
A
A
T
A
A
A
G
T
T
T
A
C
C
A
T
C
A
G
C
-
G
C
A
C
C
G
-
G
G
-
C
T
G
T
T
A
T
C
C
T
A
A
A
-
T
T
G
C
C
A
T
G
A
-
G
-
C
G
G
T
C
C
C
A
A
A
C
A
6
G
-
G
A
T
G
G
C
G
T
T
T
5
G
A
T
T
T
T
G
A
T
T
G
6
3
A
C
G
C
G
G
C
T
T
A
G
T
A
A
G
C
A
G
A
T
A
G
A
T
C
T
T
C
G
G
A
T
C
T
C
T
G
C
T
A
C
G
G
C
T
T
G
C
A
A
A
T
T
T
-
G
A
G
A
A
G
2
C
C
C
T
G
T
T
-
G
G
T
-
T
T
T
C
A
G
G
-
T
T
-
G
A
A
G
A
A
C
C
A
A
A
A
A
C
T
G
T
T
C
C
T
A
T
T
A
A
A
C
T
C
A
T
A
G
A
A
G
-
A
T
G
-
C
T
A
C
G
G
C
T
-
T
T
T
A
T
A
A
C
C
T
A
T
G
G
G
G
G
6
T
10
C
A
C
A
C
A
C
C
-
C
C
  100,503,389
  100,508,449
  100,510,917
  100,511,037
  100,512,342
  100,512,601
  100,514,584
  100,514,780
  100,514,785
  100,514,859
  100,515,850
  100,516,501
  100,516,834
  100,517,161
  100,517,176
  100,517,638
  100,519,001
  100,519,436
  100,519,619
  100,519,670
  100,520,223
  100,520,979
  100,521,222
  100,521,948
  100,522,023
  100,522,266
  100,522,277
  100,522,331
  100,522,788
  100,522,846
  100,523,492
  100,524,140
  100,524,170
  100,524,285
  100,524,343
  100,524,909
  100,525,010
  100,525,043
  100,525,105
  100,525,492
  100,525,519
  100,525,592
  100,525,738
  100,525,826
  100,525,983
  100,526,201
  100,526,213
  100,526,239
  100,526,252
  100,526,267
  100,526,490
  100,526,515
  100,526,578
  100,526,613
  100,526,614
  100,527,374
  100,527,964
  100,528,140
  100,528,193
  100,528,548
  100,528,702
  100,528,710
  100,528,724
  100,529,095
  100,529,289
  100,529,506
  100,529,575
  100,529,579
  100,529,583
  100,529,587
  100,529,591
  100,529,595
  100,529,598
  100,529,600
  100,529,684
  100,529,691
  100,529,820
  100,529,995
  100,529,997
  100,530,001
  100,530,212
  100,530,230
  100,530,400
  100,530,432
  100,530,592
  100,530,823
  100,530,836
  100,531,166
  100,531,349
  100,531,442
  100,532,042
  100,532,456
  100,532,529
  100,532,759
  100,532,901
  100,532,998
  100,533,688
  100,534,441
  100,534,787
  100,534,892
  100,535,364
  100,535,408
  100,537,655
  100,537,994
  100,538,527
  100,539,306
  100,539,319
  100,539,834
  100,540,153
  100,540,450
  100,540,681
  100,541,077
  100,541,091
  100,541,223
  100,541,448
  100,541,680
  100,542,049
  100,542,225
  100,542,280
  100,542,281
  100,542,285
  100,542,300
  100,542,911
  100,542,923
  100,542,974
  100,543,214
  100,543,310
  100,543,523
  100,543,567
  100,543,748
  100,543,756
  100,543,955
  100,544,098
  100,544,310
  100,544,519
  100,544,690
  100,544,737
  100,545,025
  100,545,063
  100,545,150
  100,545,192
  100,545,430
  100,545,521
  100,545,671
  100,545,727
  100,545,729
  100,545,791
  100,545,792
  100,546,021
  100,546,653
  100,548,001
  100,548,066
  100,548,198
  100,548,344
  100,548,461
  100,548,499
  100,548,507
  100,548,563
  100,548,616
  100,548,703
  100,550,495
  100,551,153
  100,551,374
  100,551,645
  100,551,751
  100,552,880
  100,553,575
  100,554,319
  100,555,320
  100,555,321
  100,555,392
  100,555,882
  100,555,888
  100,555,988
  100,555,999
  100,556,273
  100,556,436
  100,556,485
  100,556,645
  100,557,059
  100,557,267
  100,557,678
  100,557,879
  100,557,923
  100,558,025
  100,558,284
  100,558,370
  100,558,372
  100,558,778
  100,558,847
  100,559,764
  100,559,769
  100,559,771
  100,559,821
  100,560,251
  100,560,478
  100,560,864
  100,560,906
  100,561,172
  100,561,179
  100,561,262
  100,561,264
  100,561,365
  100,561,445
  100,561,564
  100,561,617
  100,561,684
  100,561,857
  100,562,001
  100,562,260
  100,562,325
  100,562,352
  100,562,408
  100,562,409
  100,562,499
  100,562,641
  100,562,655
  100,562,730
  100,562,941
  100,562,958
  100,563,052
  100,563,157
  100,563,384
  100,563,403
  100,563,428
  100,563,535
  100,563,623
  100,564,041
  100,564,163
  100,564,771
  100,564,931
  100,564,949
  100,564,991
  100,565,140
  100,565,411
  100,566,149
  100,567,169
  100,567,519
  100,568,694
  100,568,979
  100,569,320
  100,569,863
  100,570,431
  100,571,551
  100,571,598
  100,571,600
  100,571,602
  100,571,614
  100,571,831
  100,571,879
  100,572,320
  100,572,950
  100,573,791
  100,574,014
  100,574,024
  100,574,419
  100,575,008
  100,575,037
  100,575,168
  100,575,187
  100,575,653
  100,575,727
  100,575,737
  100,575,910
  100,575,912
  100,575,947
  100,576,037
  100,576,072
  100,576,080
  100,576,306
  100,576,332
  100,576,626
  100,576,675
  100,576,919
  100,577,139
  100,577,493
  100,577,505
  100,577,513
  100,577,548
  100,577,897
  100,578,269
  100,578,628
  100,578,639
  100,579,151
  100,579,589
  100,579,698
  100,579,827
  100,580,173
  100,580,919
  100,581,080
  100,581,156
  100,581,187
  100,581,188
  100,581,233
  100,581,585
  100,581,718
  100,581,859
  100,582,152
  100,582,196
  100,582,651
  100,582,790
  100,583,541
  100,583,690
  100,584,593
  100,584,625
  100,584,840
  100,585,277
  100,585,432
  100,585,566
  100,585,790
  100,587,522
  100,587,847
  100,588,422
  100,588,424
  100,588,859
  100,589,257
  100,590,425
  100,591,193
  100,591,289
  100,593,253
  100,593,850
  100,594,109
  100,594,795
  100,595,831
  100,595,845
  100,596,562
  100,597,418
  100,597,537
  100,597,589
  100,597,642
  100,597,805
  100,597,936
  100,597,946
  100,598,200
  100,598,803
  100,599,443
  100,599,445
  100,599,596
  100,599,793
  100,599,919
  100,599,989
  100,600,141
  100,600,150
  100,600,181
  100,600,293
  100,600,332
  100,600,386
  100,600,669
  100,601,000
  100,601,165
  100,601,179
  100,601,276
  100,602,132
  100,602,341
  100,602,818
  100,602,897
  100,603,087
  100,603,564
  100,603,661
  100,603,697
  100,603,700
  100,603,991
  100,604,024
  100,604,041
  100,604,061
  100,604,604
  100,604,781
  100,605,062
  100,605,325
  100,605,741
  100,605,817
  100,605,926
  100,606,318
  100,606,361
  100,606,390
  100,606,517
  100,606,547
  100,606,592
  100,606,665
  100,606,799
  100,606,886
  100,606,954
  100,606,975
  100,607,146
  100,607,147
  100,607,378
  100,607,385
  100,607,410
  100,607,518
  100,607,791
  100,608,848
  100,608,916
  100,609,037
  100,609,160
  100,609,355
  100,609,381
  100,609,636
  100,610,167
  100,610,217
  100,610,251
  100,610,290
  100,610,506
  100,610,614
  100,610,698
  100,610,735
  100,610,908
  100,611,266
  100,611,287
  100,611,501
  100,611,741
  100,612,685
  100,612,864
  100,613,014
  100,613,031
  100,613,576
  100,613,850
  100,613,887
  100,613,985
  100,614,488
  100,614,601
  100,614,654
  100,614,975
  100,615,151
  100,615,355
  100,615,443
  100,616,193
  100,616,787
  100,616,885
  100,617,733
  100,618,447
  100,619,354
  100,620,102
  100,620,361
  100,620,485
  100,622,457
  100,622,460
  100,622,872
  100,624,049
  100,624,821
  100,624,982
  100,625,550
  100,625,859
  100,627,752
  100,628,315
  100,631,975
  100,632,179
  100,632,402
  100,632,913
  100,633,052
  100,633,737
  100,633,767
  100,635,292
  100,635,359
  100,635,807
  100,636,936
  100,638,228
  100,639,168
  100,639,593
  100,640,120
  100,640,150
  100,640,226
  100,640,715
  100,641,257
  100,641,279
  100,641,393
  100,641,625
  100,642,213
  100,643,871
  100,643,942
  100,645,362
  100,645,459
  100,646,100
  100,646,499
  100,646,691
  100,646,730
  100,646,939
  100,647,019
  100,647,072
  100,647,303
  100,647,420
  100,647,568
  100,647,810
  100,648,155
  100,648,728
  100,648,921
  100,648,973
  100,649,218
  100,649,772
  100,650,730
  100,650,796
  100,650,814
  100,651,090
  100,651,515
  100,651,666
  100,651,864
  100,652,602
  100,653,293
  100,653,576
  100,653,704
  100,653,707
  100,654,413
  100,655,134
  100,655,605
  100,655,855
  100,656,176
  100,656,247
  100,656,532
  100,656,998
  100,657,110
  100,657,517
  100,657,861
  100,659,093
  100,659,241
  100,659,581
  100,660,011
  100,660,035
  100,660,281
  100,660,403
  100,660,431
  100,660,712
  100,661,088
  100,661,969
  100,662,965
  100,663,059
  100,663,434
  100,664,548
  100,665,041
  100,665,189
  100,665,966
  100,666,237
  100,666,951
  100,666,955
  100,666,959
  100,666,963
  100,666,967
  100,667,444
  100,667,447
  100,667,514
  100,667,516
  100,667,517
  100,667,518
  100,667,519
  100,667,520
  100,667,521
  100,667,522
  100,667,526
  100,667,615
  100,667,617
  100,669,398
C
A
T
C
G
C
4
A
T
G
A
C
G
T
C
A
G
G
T
C
C
T
G
T
-
C
T
G
G
C
T
A
A
C
T
T
A
G
T
T
-
G
T
A
G
T
C
G
T
T
G
G
T
C
C
C
T
C
A
A
T/-
G/-
-/C
T
G
A
-
-
-
-
-
-
T
31
T
A
T
C/-
C/-
C/-
T
C
C
T
C
C
G
C
C
-
C
-
G
-
T
A
A
G
-/T
T
G
T
T
G
A
T
-
A
G
T
G
C
C
C
G
T
C
C
G
C
A
-
T
A/T
G/T
A/G
G/A
2/-
-/9
C
G
A
A
T
A
T
G
G
G
T
-/A
G
G
T
T
A
T
T
T
T
A
C
C
A
C
C
G
C
A
G
A
C
A
C
G
C
G
A
T
G
A
C
G
A
A
A
A
G
G
G
G
A
A
T
A
C
-
G
C
G
G/-
C
C
G
C
A
C
G
T
C
G
G
-
C
G
A
T
C
A
A
T
C
A
C
G
T
A
C
T
C
G
C
G
T
A
A
A
T/C
A
T
T
A
2
A
-
T
T
A
A
G
-
G
G
T
C
C
C
T/C
T
T
T
G
T
A
C
-
C
G
T
A
G
A
C
G/-
G/-
2
G
G
T
G
2
G
T
C
G
-
C
C
G
T
T
G
C
C
T
C
G
G
G
G
-
T
T
A
C
C
C
T
-
T
C
C
T
C
C
T
A
A
T
G
A
T
C
G
A
-
C
T
C
C
A
C
G
C
A
G
-
G
-
T
18
C
C
A
T
T
G
G
A
G
27
A
C
T
A
A
C
T
T
T
G
G
T
G
G
-
A
A
-/A
-/G
-/G
A
A
A
A
A
G
C
-
A
T
C
C
C
A
A
G
C
C
T
-
-
G
A
A
G
A
T
T
A
-
G
A
C
G
T
A
A
G
A
G
C
G
A
G
C
T
C
C
T
A
T
G
A
T
G
T
C
C
A
G
G
T
A
A
A/-
G
C
A
G
C
T
G
-
-
A
4
A
G
-
G
G
T
-
T
T
T
C
C
C
G
?
T
A
C
A
C
-
C
T
G
T
A
4
C
G
A
A
G
T
A
G
G
T
T
G
G
C
-
G
T
C
C
A
C
G
T
-
T
C
C
C
C
G
A
-
A
G
C
G
A
T
T
A
A
G
G
A
2
T
C
T
A
T
T
T
C
A
C
C
G
-/G
C
G
G
T
T
C
C
C
-/C
-/C
-/C
C/-
C
-
G/-
-
T/-
T/-
-/T
T/-
-/T
-/T
T/-
-/T
-/G
C/-
G