Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 78,748 (bp)   Positions: 332
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
HXB31/IpcvMcwi (2019) 
Cyp4f39
Cyp4f39
Cyp4f39
Cyp4f39
Cyp4f39
Cyp4f39
Cyp4f39
Cyp4f39
Cyp4f39
Cyp4f39
Cyp4f39
Cyp4f39
Cyp4f39
Cyp4f39
Cyp4f39
Cyp4f39
Cyp4f39
Cyp4f39
Cyp4f39
Cyp4f39
Cyp4f39
Cyp4f39
Cyp4f39
Cyp4f39
Cyp4f39
Cyp4f39
Cyp4f39
Cyp4f39
Cyp4f39
Cyp4f39
Cyp4f39
Cyp4f39
Cyp4f39
Cyp4f39
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
7
G
C
T
-
20
3
A
G
C
-
T
G
G
G
-
T
12
C
A
T
A
C
C
C
A
A
T
A
T
-
4
A
G
T
A
A
C
C
T
G
T
G
T
A
A
-
T
6
42
G
G
2
T
T
T
T
A
12
C
A
A
G
T
A
G
A
A
A
C
T
C
T
C
T
G
C
A
T
12
-
C
G
-
-
T
C
C
G
C
G
T
4
A
G
C
G
C
G
A
T
T
A
C
A
A
G
A
T
G
T
T
C
C
C
C
A
G
C
T
-
A
A
A
T
-
G
A
G
C
G
G
T
C
A
C
A
A
G
C
C
71
T
G
A
-
C
G
-
C
G
A
T
A
T
C
G
T
A
G
C
A
G
A
T
T
G
T
T
T
C
T
T
A
C
C
A
C
A
G
11
G
73
G
-
T
G
T
A
-
C
-
C
-
-
-
-
A
G
T
C
T
6
G
T
C
A
C
G
-
-
-
6
C
-
C
A
G
G
G
C
T
T
G
C
G
T
A
C
G
T
G
A
A
-
C
-
G
-
C
C
C
C
T
C
C
T
C
C
C
C
C
C
G
C
G
A
G
A
A
A
A
A
A
A
-
A
T
T
G
G
C
T
T
G
A
T
G
C
A
C
A
T
A
T
A
T
C
A
A
A
C
C
-
A
5
G
T
C
T
-
2
A
A
A
C
A
T
3
G
T
T
T
-
T
A
A
A
G
A
A
T
T
C
G
-
T
T
T
A
C
C
  11,432,879
  11,432,990
  11,433,174
  11,433,550
  11,433,564
  11,434,354
  11,434,584
  11,434,786
  11,435,157
  11,435,626
  11,436,608
  11,437,359
  11,437,887
  11,437,979
  11,438,295
  11,438,483
  11,438,777
  11,439,255
  11,439,258
  11,439,371
  11,439,468
  11,439,638
  11,439,885
  11,440,144
  11,440,156
  11,440,163
  11,440,169
  11,440,184
  11,440,199
  11,440,210
  11,440,214
  11,440,236
  11,440,255
  11,444,486
  11,444,789
  11,444,801
  11,445,382
  11,445,589
  11,445,596
  11,445,681
  11,445,730
  11,445,906
  11,445,928
  11,446,497
  11,446,710
  11,447,099
  11,447,806
  11,447,837
  11,448,354
  11,448,585
  11,448,626
  11,449,532
  11,450,773
  11,451,328
  11,451,699
  11,451,715
  11,451,748
  11,451,778
  11,451,896
  11,451,897
  11,451,903
  11,451,907
  11,452,007
  11,452,097
  11,452,267
  11,452,409
  11,452,410
  11,452,415
  11,453,149
  11,453,159
  11,453,385
  11,453,925
  11,454,104
  11,454,501
  11,455,134
  11,455,449
  11,455,581
  11,455,593
  11,455,953
  11,456,178
  11,456,325
  11,456,366
  11,456,389
  11,456,459
  11,456,491
  11,456,492
  11,456,498
  11,456,950
  11,457,009
  11,457,061
  11,457,105
  11,457,134
  11,457,247
  11,457,340
  11,457,902
  11,458,311
  11,458,618
  11,458,651
  11,458,705
  11,459,088
  11,459,140
  11,459,175
  11,459,554
  11,459,800
  11,459,845
  11,459,961
  11,460,296
  11,460,324
  11,460,831
  11,461,163
  11,461,297
  11,461,710
  11,462,129
  11,462,393
  11,462,399
  11,462,412
  11,462,417
  11,462,504
  11,462,563
  11,462,807
  11,462,923
  11,463,124
  11,463,556
  11,464,336
  11,464,791
  11,464,876
  11,465,103
  11,465,923
  11,466,359
  11,466,450
  11,466,704
  11,466,820
  11,467,653
  11,467,925
  11,467,962
  11,468,100
  11,468,248
  11,468,411
  11,469,126
  11,469,165
  11,469,187
  11,469,202
  11,469,278
  11,469,598
  11,469,711
  11,469,768
  11,470,068
  11,470,131
  11,470,215
  11,470,403
  11,470,411
  11,471,082
  11,471,085
  11,471,110
  11,471,135
  11,471,344
  11,471,720
  11,472,044
  11,472,307
  11,472,312
  11,472,321
  11,472,381
  11,472,552
  11,472,583
  11,472,628
  11,472,962
  11,473,004
  11,473,006
  11,473,115
  11,473,123
  11,473,125
  11,473,318
  11,473,319
  11,473,512
  11,473,528
  11,473,529
  11,473,789
  11,473,845
  11,474,551
  11,474,729
  11,474,887
  11,474,910
  11,474,922
  11,474,925
  11,475,100
  11,475,193
  11,475,282
  11,475,684
  11,475,820
  11,475,951
  11,476,064
  11,476,856
  11,476,947
  11,477,090
  11,477,224
  11,477,230
  11,477,270
  11,477,433
  11,477,757
  11,477,816
  11,477,845
  11,477,861
  11,477,878
  11,478,146
  11,478,169
  11,478,264
  11,478,308
  11,478,686
  11,478,702
  11,478,751
  11,478,763
  11,478,879
  11,479,018
  11,479,080
  11,479,282
  11,479,330
  11,479,374
  11,479,489
  11,479,773
  11,479,996
  11,480,173
  11,480,180
  11,480,255
  11,480,262
  11,480,303
  11,480,324
  11,480,393
  11,480,405
  11,480,420
  11,480,540
  11,480,596
  11,480,600
  11,480,622
  11,480,624
  11,480,794
  11,480,806
  11,480,844
  11,480,845
  11,480,847
  11,480,853
  11,480,872
  11,481,114
  11,481,181
  11,481,503
  11,481,561
  11,481,754
  11,481,829
  11,481,994
  11,482,002
  11,482,271
  11,482,383
  11,482,621
  11,482,837
  11,482,844
  11,483,038
  11,483,052
  11,483,827
  11,484,003
  11,484,248
  11,484,649
  11,484,651
  11,484,653
  11,484,655
  11,484,657
  11,485,455
  11,485,841
  11,486,113
  11,486,984
  11,487,103
  11,487,131
  11,487,362
  11,487,523
  11,487,591
  11,487,889
  11,488,378
  11,488,423
  11,488,572
  11,488,584
  11,488,616
  11,488,681
  11,488,714
  11,488,830
  11,488,934
  11,489,104
  11,489,295
  11,489,324
  11,489,339
  11,489,610
  11,489,689
  11,489,855
  11,490,312
  11,491,575
  11,491,619
  11,491,902
  11,491,934
  11,491,988
  11,491,992
  11,492,137
  11,492,151
  11,492,322
  11,492,570
  11,492,586
  11,492,898
  11,492,985
  11,493,662
  11,494,095
  11,494,671
  11,494,933
  11,494,936
  11,495,324
  11,495,472
  11,496,128
  11,496,687
  11,496,717
  11,498,139
  11,498,391
  11,498,394
  11,498,395
  11,498,951
  11,498,965
  11,498,977
  11,499,804
  11,499,810
  11,501,010
  11,501,126
  11,501,512
  11,502,534
  11,502,549
  11,502,552
  11,502,572
  11,502,573
  11,504,786
-
C
T
C
T
-
-
G
A
A
2
C
T
C
C
-/A
C
-
T/-
G/-
G
G
T
G
A/-
G
G
C/-
G
-/C
6
-
G
A
G
G
G
T
T
G
A
C
A
C
G
G/-
2
C
-
-
-/A
A
-
C
C
C
G
G
?
-/T
-/G
G/-
A
C
G
T/-
G/-
-
G
T
G
G
C
G
C
A
T
G
C
-
G
T
A
G
C
C
T
T
A
G
A
C
-
G
A
T
A
T
-/T
G
C
A
G
T
G
C
A
G
C
T
C
G
T
T
A
T
G
C
T
C
G
G
G
G
C
T
A
G
C
T
A
C
A
G
T
T
G
G
A
T
T
-
G
A
T
G
T
A
A
A
A
C
C
G
C
T
-
G
G
A
A
G
A
G
C
C
A
A
C
C
T
A
A
G
A
T
G
-
G
A
-
A/-
-
A/-
2
-
A
C
C
C
G
4
T
2
8
2
8
G
T
C
T/G
C
-
A
G
T
G
A
A
15
A
A
-
T
T
T
G
A
A
-
T
C
C
-
T
A
C
G
T
A
C
A
C
G
8
T
4
A
9
T
T
A
T
A
-
T
C
C/G
T
T
T
G
-
T
G
A
T
A
G
T
T
T
T
T
G
8
G
C
C
A
A
T/-
C
C
A
G
C
A
T
T
T
C
C
G
C
G
C
A
G
T
G
T
T
9
G
-
A/-
C
A
C
A
-
C
-
C
T
G
-
-
C
G
C
C
G
C
-/G
C
C
-/C
C/-
G
C/-
G
T
A
T
-/G
C
C
G/-
T/-
G