Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 232,634 (bp)   Positions: 538
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
FXLE18/Stm (2020) 
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
Ccdc85a
-
G
C
C
G
A
-
C
-
C
A
A
3
-
T
52
T
C
C
C
C
T
A
T
C
A
A
C
T
T
G
G
A
T
3
C
2
C
G
A
A
A
T
G
A
A
-
G
C
T
T
A
G
C
C
-
G
A
G
G
T
T
C
G
G
C
A
G
G
C
A
T
C
T
A
C
A
G
G
-
A
A
G
A
A
3
G
T
G
T
A
T
A
A
G
A
C
T
A
C
T
T
G
C
C
G
T
-
T
-
G
C
T
A
C
C
C
A
A
A
G
A
A
3
T
G
A
T
T
C
A
G
C
G
T
G
T
T
A
-
A
-
G
T
G
C
T
C
G
A
T
C
A
T
G
A
A
T
T
C
T
T
T
G
T
G
-
T
G
G
A
G
A
C
T
T
A
A
C
C
A
A
G
3
T
T
A
A
C
G
C
G
G
G
A
T
T
T
C
C
T
G
T
G
A
T
G
C
G
C
A
-
A
C
C
T
G
T
A
A
G
3
C
G
T
A
T
G
C
A
A
-
-
-
G
C
G
T
G
A
A
G
C
-
-
T
-
-
A
69
A
-
G
G
T
C
G
T
A
-
-
C
C
G
T
T
4
G
-
A
G
G
G
-
T
C
A
T
C
G
A
C
T
G
T
C
T
G
A
2
C
2
11
C
T
C
G
-
G
T
C
A
C
C
T
C
C
C
G
T
C
T
T
C
G
T
-
G
A
G
A
G
T
C
C
G
G
C
A
A
C
T
G
-
C
C
T
C
A
G
2
A
T
G
-
C
A
T
-
-
A
A
A
A
A
A
C
C
T
G
G
A
T
C
T
T
A
G
T
G
G
T
T
C
G
A
G
C
T
C
T
C
T
T
A
C
T
G
A
A
G
T
A
C
A
-
G
A
C
-
T
G
4
A
G
A
C
A
C
T
C
T
T
-
G
T
T
C
G
T
C
A
A
T
G
-
G
C
T
A
T
G
T
C
T
A
A
A
A
A
A
A
G
C
G
G
T
-
T
A
T
A
C
A
A
A
C
C
-
C
C
-
T
C
T
A
T
G
T
G
A
G
A
C
G
T
C
C
A
C
G
-
T
C
G
-
G
-
G
A
C
T
T
G
A
A
C
A
A
T
C
T
T
T
G
C
C
G
A
T
C
T
C
T
C
G
C
A
G
A
A
A
T
C
G
C
C
G
2
G
G
C
G
C
A
T
T
G
  102,126,650
  102,127,824
  102,128,108
  102,128,494
  102,134,812
  102,135,692
  102,136,294
  102,139,207
  102,139,264
  102,141,059
  102,141,104
  102,142,810
  102,143,588
  102,145,240
  102,146,136
  102,146,161
  102,146,177
  102,146,198
  102,146,209
  102,146,211
  102,146,280
  102,146,478
  102,146,779
  102,147,321
  102,148,317
  102,148,328
  102,149,944
  102,149,958
  102,150,315
  102,150,585
  102,152,211
  102,153,538
  102,155,419
  102,156,629
  102,157,201
  102,159,033
  102,159,148
  102,161,451
  102,161,483
  102,162,751
  102,162,765
  102,163,030
  102,163,231
  102,163,501
  102,164,689
  102,165,033
  102,167,049
  102,171,328
  102,171,428
  102,172,308
  102,172,878
  102,175,214
  102,177,451
  102,180,148
  102,180,166
  102,180,926
  102,181,367
  102,181,417
  102,181,424
  102,181,428
  102,181,530
  102,182,644
  102,182,728
  102,183,296
  102,183,761
  102,183,818
  102,185,307
  102,186,905
  102,187,090
  102,189,594
  102,190,428
  102,190,505
  102,190,556
  102,190,607
  102,191,113
  102,191,183
  102,191,188
  102,191,194
  102,191,263
  102,191,726
  102,191,978
  102,192,112
  102,192,203
  102,192,437
  102,192,592
  102,192,719
  102,192,721
  102,192,813
  102,192,878
  102,192,945
  102,193,088
  102,193,511
  102,193,574
  102,193,884
  102,193,922
  102,194,063
  102,194,080
  102,194,463
  102,194,528
  102,194,538
  102,194,549
  102,194,575
  102,194,802
  102,195,360
  102,195,616
  102,195,660
  102,195,733
  102,195,848
  102,195,860
  102,196,006
  102,196,602
  102,196,736
  102,196,864
  102,196,880
  102,197,023
  102,197,154
  102,197,222
  102,197,464
  102,197,965
  102,198,252
  102,198,304
  102,198,310
  102,198,411
  102,198,479
  102,198,678
  102,198,847
  102,198,956
  102,199,309
  102,199,405
  102,199,406
  102,199,458
  102,199,866
  102,199,984
  102,200,173
  102,200,179
  102,200,651
  102,201,566
  102,204,123
  102,204,206
  102,204,211
  102,204,898
  102,205,268
  102,205,855
  102,206,277
  102,206,461
  102,207,819
  102,207,986
  102,208,802
  102,209,622
  102,209,653
  102,209,664
  102,209,695
  102,209,977
  102,210,206
  102,210,407
  102,210,819
  102,211,697
  102,213,385
  102,213,389
  102,213,499
  102,213,614
  102,213,616
  102,213,622
  102,213,625
  102,213,626
  102,213,641
  102,214,007
  102,214,760
  102,215,013
  102,215,532
  102,216,146
  102,216,244
  102,219,351
  102,221,453
  102,221,483
  102,222,256
  102,223,291
  102,224,321
  102,224,431
  102,224,843
  102,224,968
  102,224,983
  102,225,946
  102,226,187
  102,226,565
  102,228,501
  102,230,995
  102,231,364
  102,232,184
  102,232,487
  102,233,015
  102,234,102
  102,234,488
  102,236,399
  102,237,641
  102,238,247
  102,238,975
  102,239,197
  102,239,375
  102,239,716
  102,240,046
  102,240,131
  102,240,358
  102,240,551
  102,240,788
  102,240,828
  102,241,118
  102,242,082
  102,242,455
  102,242,921
  102,243,673
  102,244,806
  102,245,407
  102,247,611
  102,248,057
  102,248,337
  102,248,384
  102,248,738
  102,251,853
  102,254,632
  102,255,038
  102,255,139
  102,255,225
  102,256,480
  102,257,342
  102,257,799
  102,258,788
  102,258,935
  102,259,365
  102,259,715
  102,259,857
  102,259,860
  102,260,731
  102,260,914
  102,261,251
  102,262,410
  102,262,740
  102,262,784
  102,262,872
  102,265,525
  102,266,460
  102,266,962
  102,268,351
  102,268,660
  102,268,669
  102,268,671
  102,268,679
  102,268,690
  102,268,935
  102,268,951
  102,269,102
  102,269,132
  102,269,214
  102,269,338
  102,269,948
  102,272,111
  102,276,864
  102,277,139
  102,277,230
  102,277,330
  102,277,433
  102,277,679
  102,277,751
  102,277,811
  102,277,813
  102,277,860
  102,278,592
  102,278,595
  102,279,438
  102,279,618
  102,279,724
  102,279,728
  102,279,732
  102,281,044
  102,285,249
  102,286,157
  102,287,033
  102,287,383
  102,290,297
  102,291,369
  102,291,657
  102,291,726
  102,291,768
  102,291,807
  102,292,222
  102,292,346
  102,292,696
  102,292,761
  102,293,197
  102,293,574
  102,295,066
  102,295,327
  102,295,347
  102,295,356
  102,295,592
  102,296,207
  102,296,492
  102,296,556
  102,297,347
  102,297,364
  102,297,395
  102,297,407
  102,298,549
  102,299,045
  102,299,049
  102,299,186
  102,299,468
  102,299,472
  102,300,212
  102,300,225
  102,300,321
  102,300,369
  102,300,479
  102,300,613
  102,300,647
  102,300,775
  102,300,818
  102,300,858
  102,301,099
  102,301,202
  102,301,328
  102,301,463
  102,301,547
  102,301,691
  102,302,083
  102,302,093
  102,302,140
  102,302,180
  102,302,219
  102,302,360
  102,302,381
  102,302,529
  102,302,882
  102,303,074
  102,303,102
  102,303,159
  102,303,205
  102,303,664
  102,303,963
  102,304,220
  102,304,873
  102,305,036
  102,305,048
  102,305,092
  102,305,105
  102,305,603
  102,305,639
  102,306,342
  102,306,868
  102,307,612
  102,307,942
  102,308,549
  102,308,673
  102,308,886
  102,309,007
  102,309,302
  102,309,343
  102,314,882
  102,315,055
  102,315,096
  102,315,104
  102,315,455
  102,315,915
  102,316,954
  102,317,424
  102,317,710
  102,318,578
  102,319,889
  102,319,967
  102,320,425
  102,320,708
  102,320,725
  102,321,040
  102,321,170
  102,321,748
  102,321,773
  102,321,843
  102,321,897
  102,321,956
  102,322,420
  102,322,892
  102,322,913
  102,323,024
  102,323,336
  102,323,832
  102,323,833
  102,324,149
  102,324,356
  102,324,498
  102,325,156
  102,325,422
  102,325,515
  102,325,944
  102,326,261
  102,326,654
  102,326,666
  102,327,342
  102,328,186
  102,329,241
  102,329,329
  102,329,603
  102,329,621
  102,329,697
  102,329,759
  102,329,783
  102,330,261
  102,330,616
  102,330,993
  102,331,381
  102,331,467
  102,331,881
  102,332,523
  102,333,211
  102,333,449
  102,333,643
  102,333,822
  102,333,985
  102,334,508
  102,334,857
  102,334,975
  102,335,429
  102,335,595
  102,335,977
  102,336,609
  102,337,032
  102,337,710
  102,337,871
  102,338,043
  102,338,342
  102,338,491
  102,339,084
  102,339,211
  102,339,337
  102,339,727
  102,340,136
  102,340,667
  102,340,765
  102,340,969
  102,341,202
  102,341,207
  102,341,396
  102,341,450
  102,341,527
  102,341,779
  102,341,881
  102,341,954
  102,341,972
  102,342,100
  102,342,194
  102,342,255
  102,342,457
  102,342,494
  102,342,507
  102,342,544
  102,342,606
  102,342,670
  102,342,780
  102,342,922
  102,343,137
  102,343,162
  102,343,383
  102,343,425
  102,343,704
  102,344,017
  102,344,607
  102,344,636
  102,344,645
  102,344,646
  102,344,677
  102,344,739
  102,344,827
  102,344,871
  102,344,930
  102,345,067
  102,345,240
  102,345,247
  102,345,541
  102,345,549
  102,345,837
  102,345,860
  102,345,871
  102,345,882
  102,346,288
  102,346,321
  102,346,376
  102,346,434
  102,346,435
  102,346,771
  102,347,036
  102,347,718
  102,348,106
  102,348,296
  102,348,474
  102,348,483
  102,348,490
  102,348,504
  102,348,737
  102,348,753
  102,348,950
  102,349,246
  102,349,784
  102,350,094
  102,350,248
  102,350,306
  102,350,331
  102,350,524
  102,350,557
  102,350,628
  102,350,796
  102,350,878
  102,351,152
  102,351,209
  102,351,213
  102,351,470
  102,351,776
  102,351,938
  102,351,970
  102,351,983
  102,353,213
  102,353,621
  102,353,623
  102,353,649
  102,353,829
  102,353,992
  102,354,611
  102,354,847
  102,355,052
  102,355,917
  102,355,974
  102,356,025
  102,356,027
  102,356,204
  102,356,244
  102,356,419
  102,356,556
  102,356,599
  102,356,698
  102,357,461
T
A
A
A
T
T
T
-
2
A
G
G
-
2
G
52/-
-/C
-/T
T/-
-/T
A
C
C
C
T
T
T
A
C
G
C
T
T
A
-
G
-
T
A
C
T
G
C
A
T
-
A
-
T
A
C
T
A
A
G
A
-/A
-/G
-/A
A/-
C
G
T
A
A
T
-
T
T
T
C
A
T
C
T
A
G
A
A
T
G
G
A
C
G
-
A/-
C
A
A
G
G
-
T
T
G
T
A
-
T
A
G
A
T
C/G
A
C
3
A
T
A
A
C
-
-
T
T
G
C
C
A
G
C
-
C
A
-
C
A
A
C
A
T
A
G
C
-
C
G
A
C
T
T
-
C
A
C
G
T
T
C
G
G
C
T
G
G
C/-
C/-
T
-/C
-/C
C/-
A/-
C/-
-/A
A
G
C
A
-
A
G
-
G
G
G
C
T
T
G
T
T
-
G
G
G
T
G/G
T
-
-
-
C
C
C
C
-
T
A
A
A
C
C
G
A
A
T
A
T
G
C
G
T
T
C
A
A
G
G
A
-
A
C
A
C
-
T
T
T
-
T
A
G
A
T
A
C
A
G
C
A
T
-/11
-/5
T/A
5
4
G
-
G
5
A
A
C
A
A
A
G
7
6
-
A
T
G
A
-
A/-
A
G
A/-
-/A
-/A
A
-
T
-
G
T
T
G
A
C
A
C
T
C
A
G
-
G
-
-
A/-
G
T
A
16
A
C
T
G
T
T
C
G
T
A
A
C
T
C
C
T
A
C
C
T
G
A
T
A
C
T
T
A
T
A
C
T
T
A
A
10
-
T
-
A
G
A
-
G
C
A
C
A
G
G
6
A
G
G
C
G
G
C
A
T
C
T
A
-
G
T
C
G
-
A
C
A
A
C
C
G
A
T
A
A
G
T
C
T
C
C
C
T
C
A
T
G
A
G
G
A
G
A
C
C
T
5
C
C
-
C
T
C
T
G
T
C
T
A
-
A
T
C
C
A
T
C
A
G
C
C
A
A
A
T
G
C
A
A/-
C
T
C
C
T
G
-
T
C
-
A
A
C
A
C
A
C
T
A
T
T
G
T
G
T
T
5
T
T
T
C
T/-
G
C
C
A
G
A
C
A
G
A
A
G
A
T
G
T
A
7
C
G
T
T
C
A
A
G
T
C
-
T
G
G
T
-/G
G
C
T
C
C
C
A
T
T
A
T
G
T
C
T
A
T
A
T
G
T
-/G
G/-
G
C
T
A
A
A
C
-
-/C
C/-
T
A
T
C
C
C
A