Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 181,158 (bp)   Positions: 435
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
SHR/OlalpcvMcwi (2019) 
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
LOC120102254
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
C
C
T
4
T
G
C
-
T
T
C
C
C
C
C
C
4
G
T
2
4
-
C
T
T
C
T
A
G
A
3
A
T
G
G
-
-
G
4
109
A
G
A
A
-
A
A
T
A
4
T
G
A
A
A
G
A
T
-
T
T
T
C
A
C
A
A
-
5
T
A
T
T
G
A
T
C
A
T
3
G
T
A
C
C
C
C
C
-
A
C
A
A
A
A
A
A
A
C
T
A
T
T
A
G
C
A
A
13
C
C
A
A
G
T
T
G
A
C
C
G
C
C
A
T
A
T
-
T
A
6
10
6
-
C
T
T
A
T
T
T
G
-
C
C
G
T
G
T
A
C
2
G
T
G
C
-
T
9
A
A
C
A
T
T
G
A
17
A
T
C
G
A
C
T
G
C
A
G
G
G
G
C
G
T
A
A
A
-
G
A
-
A
-
C
G
-
-
-
T
A
C
A
C
A
4
C
T
T
A
A
C
G
C
T
A
C
C
G
G
G
T
A
G
C
C
G
G
C
A
C
T
C
C
A
G
C
G
-
-
G
G
-
T
G
A
-
C
T
G
G
-
T
-
-
T
C
C
-
G
G
A
A
A
A
G
A
C
A
C
A
C
T
A
A
T
T
T
A
C
A
C
C
C
A
G
G
C
-
A
-
T
G
T
G
A
A
T
T
C
T
17
T
G
T
G
G
G
A
T
T
T
T
8
C
G
T
C
G
T
T
C
C
C
A
C
G
G
C
A
A
G
G
G
A
G
C
A
A
-
2
T
-
G
2
-
C
T
A
G
C
-
C
-
A
C
8
T
G
C
C
A
G
T
T
C
C
C
C
2
G
C
C
T
T
C
-
T
G
A
T
6
A
A
A
A
G
T
C
A
G
-
A
T
A
G
C
G
A
T
A
A
T
-
A
A
C
C
G
A
C
T
T
A
6
G
-
G
T
T
T
G
T
A
A
G
G
-
G
G
G
T
C
C
3
  63,266,274
  63,266,389
  63,266,695
  63,266,697
  63,266,779
  63,267,191
  63,267,924
  63,268,249
  63,268,638
  63,270,453
  63,271,274
  63,271,285
  63,272,938
  63,273,903
  63,273,905
  63,273,907
  63,273,978
  63,274,071
  63,275,595
  63,278,717
  63,280,201
  63,280,206
  63,281,252
  63,281,780
  63,282,076
  63,282,496
  63,283,330
  63,283,487
  63,283,639
  63,283,642
  63,283,649
  63,283,727
  63,283,761
  63,283,777
  63,283,810
  63,283,841
  63,283,842
  63,283,862
  63,283,924
  63,283,929
  63,284,076
  63,284,418
  63,284,435
  63,284,462
  63,284,464
  63,284,512
  63,284,545
  63,284,769
  63,284,815
  63,284,949
  63,285,009
  63,286,010
  63,286,104
  63,286,107
  63,286,110
  63,286,503
  63,286,856
  63,287,381
  63,288,124
  63,289,422
  63,289,423
  63,289,978
  63,290,081
  63,290,177
  63,290,362
  63,290,443
  63,291,212
  63,291,571
  63,291,572
  63,291,678
  63,291,822
  63,291,997
  63,292,127
  63,292,161
  63,292,205
  63,292,909
  63,292,953
  63,293,658
  63,294,018
  63,294,323
  63,294,510
  63,294,656
  63,294,984
  63,295,405
  63,295,434
  63,295,937
  63,295,978
  63,296,032
  63,296,285
  63,296,766
  63,296,783
  63,297,205
  63,297,229
  63,297,238
  63,297,409
  63,297,421
  63,297,427
  63,307,095
  63,307,506
  63,309,036
  63,312,421
  63,313,465
  63,313,661
  63,313,753
  63,313,855
  63,314,055
  63,314,407
  63,314,852
  63,314,942
  63,315,130
  63,315,162
  63,315,544
  63,315,847
  63,315,886
  63,316,623
  63,318,233
  63,318,234
  63,318,252
  63,318,296
  63,318,361
  63,318,969
  63,319,397
  63,319,399
  63,320,455
  63,321,234
  63,322,916
  63,323,258
  63,323,565
  63,323,859
  63,324,173
  63,329,930
  63,329,938
  63,329,950
  63,330,140
  63,330,254
  63,334,101
  63,335,084
  63,336,767
  63,338,670
  63,339,376
  63,339,963
  63,340,604
  63,340,666
  63,341,096
  63,341,605
  63,341,732
  63,341,946
  63,342,011
  63,342,329
  63,342,337
  63,342,651
  63,342,712
  63,342,714
  63,342,858
  63,343,035
  63,343,044
  63,343,138
  63,343,329
  63,343,652
  63,343,742
  63,343,756
  63,343,823
  63,343,979
  63,344,164
  63,344,359
  63,344,360
  63,344,403
  63,344,413
  63,344,602
  63,344,702
  63,344,857
  63,344,880
  63,345,064
  63,345,071
  63,345,314
  63,345,315
  63,345,422
  63,345,428
  63,345,787
  63,345,844
  63,346,054
  63,346,165
  63,346,222
  63,346,287
  63,346,319
  63,346,473
  63,346,480
  63,346,556
  63,346,674
  63,346,715
  63,347,294
  63,347,545
  63,348,283
  63,348,313
  63,349,052
  63,349,115
  63,349,249
  63,349,425
  63,349,428
  63,349,455
  63,353,554
  63,357,505
  63,358,094
  63,358,541
  63,359,202
  63,360,021
  63,360,417
  63,360,871
  63,360,887
  63,360,908
  63,361,012
  63,361,100
  63,362,316
  63,363,158
  63,363,355
  63,363,686
  63,365,002
  63,365,189
  63,365,774
  63,365,777
  63,365,780
  63,366,680
  63,366,803
  63,367,886
  63,370,139
  63,370,353
  63,370,572
  63,370,681
  63,370,729
  63,371,310
  63,371,330
  63,371,369
  63,371,376
  63,371,452
  63,372,648
  63,372,733
  63,373,395
  63,373,694
  63,374,769
  63,374,885
  63,375,738
  63,375,912
  63,375,982
  63,375,998
  63,376,424
  63,376,957
  63,377,783
  63,377,911
  63,378,607
  63,378,643
  63,379,263
  63,379,607
  63,379,799
  63,379,941
  63,380,137
  63,380,245
  63,381,102
  63,381,438
  63,381,931
  63,381,966
  63,382,007
  63,382,403
  63,382,555
  63,382,608
  63,383,120
  63,383,146
  63,383,938
  63,385,024
  63,385,225
  63,386,108
  63,386,254
  63,386,435
  63,386,742
  63,386,804
  63,386,843
  63,387,308
  63,387,380
  63,387,621
  63,388,593
  63,388,842
  63,389,089
  63,389,164
  63,389,172
  63,389,341
  63,389,842
  63,390,165
  63,390,506
  63,390,745
  63,390,841
  63,391,055
  63,391,419
  63,391,469
  63,391,557
  63,391,757
  63,392,089
  63,392,495
  63,392,706
  63,392,710
  63,392,719
  63,392,812
  63,392,864
  63,393,043
  63,393,100
  63,393,148
  63,393,456
  63,393,600
  63,393,831
  63,393,904
  63,394,133
  63,394,136
  63,394,145
  63,394,287
  63,394,288
  63,394,298
  63,394,337
  63,394,475
  63,394,517
  63,394,744
  63,395,066
  63,395,298
  63,395,304
  63,395,428
  63,395,451
  63,395,923
  63,396,022
  63,396,101
  63,396,282
  63,396,432
  63,397,518
  63,397,813
  63,398,671
  63,399,854
  63,400,551
  63,400,612
  63,400,699
  63,400,761
  63,401,382
  63,401,904
  63,401,906
  63,403,244
  63,403,522
  63,403,546
  63,403,584
  63,404,259
  63,406,303
  63,408,455
  63,408,505
  63,408,863
  63,409,124
  63,410,031
  63,410,390
  63,410,631
  63,412,015
  63,414,146
  63,415,001
  63,415,753
  63,416,555
  63,416,562
  63,416,581
  63,416,809
  63,416,865
  63,416,931
  63,417,529
  63,417,915
  63,417,931
  63,417,939
  63,417,951
  63,417,955
  63,417,959
  63,418,770
  63,418,837
  63,419,652
  63,419,691
  63,419,888
  63,421,836
  63,421,882
  63,422,700
  63,422,749
  63,423,357
  63,423,471
  63,424,296
  63,426,206
  63,426,614
  63,427,425
  63,427,919
  63,428,356
  63,428,430
  63,429,917
  63,430,172
  63,430,259
  63,430,330
  63,430,504
  63,430,666
  63,430,739
  63,430,769
  63,430,786
  63,430,791
  63,430,947
  63,430,988
  63,431,821
  63,432,747
  63,433,426
  63,434,162
  63,434,243
  63,435,338
  63,435,461
  63,435,632
  63,435,725
  63,436,048
  63,436,099
  63,436,123
  63,436,223
  63,436,230
  63,437,061
  63,437,491
  63,437,498
  63,437,500
  63,437,502
  63,437,918
  63,438,467
  63,438,468
  63,439,525
  63,439,845
  63,440,454
  63,441,077
  63,441,583
  63,443,608
  63,443,736
  63,444,146
  63,444,216
  63,444,872
  63,445,114
  63,445,449
  63,445,834
  63,445,982
A
T
G
-
A
A
A
T
C
G
A
T
T
G
G
G
-
A
C
-
-
3
T
C
A
T
C
-
A
G
-
G
A
A
T
G
4
T
-
-
-
C
T
C
3
T/G
T
G
G
-
C
C
-/G
-/G
G/-
A
G
-
3
C
G
-
T
G
T
G
-
6
-
C
T
C
C
A
C
C
T
-
C
-
A
A
G
T
G
G
T
T
C
G
A/-
-/C
C/-
C/-
C
C/-
C
T
-
G
C
C
C
C
T
A
G
G
-
T
T
G
G
A
C
C
A
G
T
T
A
T
C/T
G
C
G
C
6
C
C
-
-
-
4
T
C
C
-/G
C
C
C
T
G
T
T
A
A
A
C
G
A
-
A
C
A
T
2
C
-
G
G
T
G
C
C
A
C
-
G
C
T
A
G
T
C
A
G
T
A
A
A
C
A
A
G
T/C
G
G
4
A
G
T
G
5
G
T
G
2
2
C
G
T
G
T
G
-
-
G
A
T
G
T
A
T
C
C/-
T
T
A
A
A
C
G
T
T
T
A
A
T
G
T
G
G
T
G
A
G
A
T
2
A
A
3
C
A
G
5
A
-
A
A
A
C
A
13
C
T
T
2
T
C/14
G
G
G
C
T
G
A
G
T
G
T
A
-
G
C
C
A
G
T
G
A
T
T
G
T
T
T
A
G
3
G
A
G
A
G
G
C
C
T
G
-
C
A
C
-
A
-
G
C
C
-/G
-/G
-
T
A
C
T
T
G
A
T
T
T
T
T
A
A
T
T
G
A
A
-
-
A
T
-/T
T/-
-/A
-
G
G
A
2/-
T
T
C
G
C
T
A
T
42
-
T
8/-
-/C
-
T
T
G
A
C/-
C/-
T/-
-/T
-/T
T/-
-
A
T
T
C
-/C
T
A
-
A
G
C
-
T
G
G
G
A
C
T
G
A
T
G
G
T
A
T
A
T
C
-
G
C
2
-/T
G
-/G
T
A
G
T
-
C
G
-
T
T
-
G
C
G
A
G
G
T/-
T
A
T
A
A
A
A
A
T
-