Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 70,040 (bp)   Positions: 299
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
HXB31/IpcvMcwi (2019) 
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
Aqr
Aqr
Aqr
Aqr
Aqr
Aqr
Aqr
Aqr
Aqr
Aqr
Aqr
Aqr
Aqr
Aqr
Aqr
Aqr
Aqr
Aqr
Aqr
Aqr
Aqr
Aqr
Aqr
Aqr
Aqr
Aqr
Aqr
Aqr
Aqr
Aqr
G
A
C
C
G
30
C
G
C
C
T
C
T
T
C
C
A
G
T
T
T
T
A
C
A
T
G
T
4
T
C
T
C
4
C
C
G
A
-
C
T
C
A
2
C
C
T
-
-
C
G
C
A
A
A
A
C
T
C
6
A
C
T
T
A
3
C
A
C
A
C
T
T
T
G
A
A
G
C
T
T
C
T
G
T
G
A
C
A
G
-
G
G
T
G
T
T
T
G
-
A
A
A
G
A
C
A
T
C
T
A
T
G
A
A
T
T
C
2
C
T
T
2
C
C
C
C
C
T
C
A
G
G
G
C
T
G
A
G
6
G
G
T
T
C
G
T
C
T
C
2
A
C
A
A
A
-
G
G
G
4
C
A
A
T
G
G
C
A
T
T
C
-
A
T
119
A
T
C
A
T
G
T
3
T
-
A
G
A
C
G
T
A
4
-
G
C
A
C
C
T
T
G
T
-
G
G
C
G
G
C
A
A
T
A
A
C
T
G
T
C
C
T
T
A
2
G
G
C
T
-
A
-
A
-
C
C
20
A
T
C
G
-
-
-
G
T
C
G
C
A
-
C
T
A
G
C
-
T
C
14
A
T
C
T
-
C
C
C
G
C
G
A
C
A
C
T
T
3
A
T
A
T
-
-
A
C
T
-
C
C
-
T
T
C
A
-
-
C
  100,875,056
  100,878,788
  100,879,075
  100,879,221
  100,879,342
  100,880,182
  100,882,649
  100,882,691
  100,883,512
  100,883,535
  100,883,657
  100,883,713
  100,884,103
  100,884,365
  100,884,898
  100,885,086
  100,885,498
  100,885,500
  100,885,646
  100,886,688
  100,887,450
  100,887,550
  100,888,214
  100,888,549
  100,888,940
  100,889,585
  100,889,690
  100,889,773
  100,890,109
  100,890,395
  100,890,509
  100,890,542
  100,890,624
  100,890,801
  100,891,059
  100,891,092
  100,891,664
  100,892,515
  100,893,512
  100,893,555
  100,894,344
  100,894,557
  100,894,558
  100,895,683
  100,895,693
  100,895,836
  100,895,944
  100,895,982
  100,896,004
  100,896,270
  100,896,291
  100,896,636
  100,896,659
  100,896,700
  100,896,855
  100,896,956
  100,897,076
  100,897,321
  100,897,421
  100,897,596
  100,897,604
  100,897,631
  100,897,633
  100,897,651
  100,897,672
  100,897,897
  100,898,040
  100,898,045
  100,898,086
  100,898,094
  100,898,103
  100,898,114
  100,898,125
  100,898,139
  100,898,261
  100,898,285
  100,898,287
  100,898,413
  100,898,450
  100,898,463
  100,898,491
  100,898,533
  100,898,538
  100,898,541
  100,898,592
  100,898,626
  100,898,694
  100,898,718
  100,898,811
  100,898,814
  100,898,843
  100,898,948
  100,898,999
  100,899,020
  100,899,286
  100,899,395
  100,899,413
  100,899,455
  100,899,661
  100,899,684
  100,899,699
  100,899,719
  100,899,811
  100,899,888
  100,900,387
  100,900,541
  100,900,855
  100,901,074
  100,901,152
  100,901,938
  100,902,359
  100,902,410
  100,902,466
  100,902,831
  100,902,973
  100,902,976
  100,902,990
  100,903,139
  100,903,325
  100,903,716
  100,903,961
  100,904,383
  100,904,937
  100,904,943
  100,905,102
  100,905,179
  100,905,209
  100,907,676
  100,907,954
  100,908,068
  100,908,112
  100,908,116
  100,908,369
  100,908,973
  100,909,259
  100,910,171
  100,910,788
  100,911,299
  100,911,409
  100,911,418
  100,911,504
  100,912,466
  100,912,690
  100,912,760
  100,913,114
  100,913,153
  100,913,266
  100,913,284
  100,913,428
  100,913,768
  100,914,569
  100,914,677
  100,915,352
  100,915,411
  100,915,539
  100,916,168
  100,916,283
  100,916,305
  100,916,311
  100,916,319
  100,916,332
  100,916,844
  100,917,142
  100,917,235
  100,917,885
  100,918,606
  100,918,727
  100,918,967
  100,919,100
  100,919,261
  100,919,502
  100,919,605
  100,919,632
  100,919,654
  100,919,830
  100,920,346
  100,920,787
  100,921,079
  100,921,092
  100,921,378
  100,921,707
  100,921,783
  100,921,869
  100,921,915
  100,921,919
  100,922,099
  100,922,246
  100,922,270
  100,922,487
  100,922,773
  100,923,010
  100,923,048
  100,923,212
  100,923,292
  100,923,729
  100,923,742
  100,923,754
  100,924,320
  100,924,345
  100,924,715
  100,924,803
  100,924,824
  100,925,067
  100,925,409
  100,925,437
  100,925,471
  100,925,490
  100,925,570
  100,925,821
  100,925,938
  100,925,944
  100,925,953
  100,926,052
  100,926,189
  100,926,276
  100,926,285
  100,926,477
  100,926,532
  100,926,855
  100,926,868
  100,926,927
  100,927,121
  100,927,383
  100,927,473
  100,927,553
  100,927,640
  100,927,755
  100,927,906
  100,927,963
  100,928,232
  100,928,476
  100,928,573
  100,928,579
  100,928,668
  100,928,679
  100,928,726
  100,928,802
  100,928,923
  100,928,966
  100,928,971
  100,929,174
  100,929,602
  100,929,726
  100,929,735
  100,929,744
  100,929,771
  100,929,980
  100,930,522
  100,930,906
  100,931,119
  100,931,537
  100,931,664
  100,931,766
  100,931,926
  100,931,937
  100,931,967
  100,932,053
  100,932,218
  100,932,233
  100,932,463
  100,932,474
  100,932,687
  100,932,701
  100,932,712
  100,932,764
  100,932,890
  100,934,266
  100,935,830
  100,936,259
  100,936,905
  100,937,402
  100,937,574
  100,937,575
  100,938,143
  100,938,540
  100,938,665
  100,938,687
  100,939,114
  100,939,124
  100,939,493
  100,939,674
  100,939,906
  100,939,917
  100,939,927
  100,939,942
  100,939,944
  100,940,126
  100,940,297
  100,940,390
  100,941,132
  100,941,872
  100,942,327
  100,942,668
  100,942,746
  100,943,129
  100,943,254
  100,943,347
  100,944,565
  100,944,981
T
G
A
T
A
30/-
G
A
T
T
C
T
C
C
T
T
-
C
-
C
C
C
T
T
T
A
A
G
-
C
T
C
T
-
T
T
C
G
8
T
C
T
G
-
G
T
-
2
2
T
A
T
C
G
G
G
T
C
A
-
G
-/T
-/C
C/-
G/-
-
A
C
T
-
A
C
C
C
A
G
G
A
T
A
G
T
C
A
C
A
G
T
C
A
A
A
A
C
A
C
-
C
A
4
-/G
-/G
G
A
T
G
C
C
T
G
C
G
A
G
T
C
C
T
-
A
C
-
-
A
T
T
T
T
C
T
G
A
A
A
T
-
T
G
G/-
?
A
C
G
C
T
A
G
T
C
T
-
T
T
G
T
G
2
A/-
-/A
A/-
-
T
G
G
A
C
A
T
G
C
C
T
A
T
G
-
G
C
A
G
C
A
C
-
-/G
3
G
C
C
A
A
C
G
-
C
A
A
G
A
T
A
C
A
C
A
A
A
-
A
A
T
G
G
C
C
T
T
C
A
C
T
T
C
G
C
-
-
A
T
G
8
G
A
G
2
T
T
-
T
A
T
A
3
9
15
T
C
A
A
G
T
-/2
T
C
G
A
T
T
C
T
-
G
G
T
-/C
G
T
A
T
T
T
C
T
T
T
A
G
C
-
C/-
G
T
A/-
10
C
T
T
C
3
T
A
A
C
C
G
G
A
2
G