Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 169,522 (bp)   Positions: 518
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
DA/OlaHsd (2019) 
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
Ppid-ps4
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
Acyp2
G
A
G
-
C
A
G
A
T
T
-
C
G
C
C
T
G
G
A
T
A
A
T
C
T
T
G
-
G
A
C
T
T
A
A
C
T
A
T
G
C
A
A
T
C
G
T
T
A
C
C
T
C
C
T
G
C
A
T
C
A
A
A
A
A
-
T
G
T
T
T
A
T
C
C
C
C
A
G
C
C
C
A
-
C
A
A
A
A
G
T
A
A
A
-
T
A
A
-
A
C
A
G
A
G
C
C
G
T
C
T
C
G
G
G
A
G
T
T
T
G
T
G
A
A
T
C
T
A
G
G
G
T
G
C
C
A
2
A
T
G
C
C
G
A
G
-
A
-
-
-
A
G
A
T
G
G
T
-
3
T
G
T
C
T
C
A
A
A
8
-
G
T
A
G
G
G
T
A
C
A
G
G
T
T
C
G
G
A
G
C
C
G
A
G
G
A
T
A
C
T
C
T
T
T
A
T
G
A
A
C
C
C
A
G
-
C
A
T
T
A
G
G
A
G
A
G
A
C
T
C
C
G
T
G
A
A
A
-
G
-
10
A
A
-
14
C
G
G
G
G
A
A
A
G
G
T
G
T
C
C
A
A
G
-
G
G
C
A
4
T
G
C
T
G
G
4
G
G
C
C
G
A
T
A
A
G
A
T
A
A
C
4
G
A
-
T
T
T
T
T
T
C
A
T
T
A
A
A
G
A
T
T
G
6
C
G
C
-
-
T
C
T
T
A
T
C
A
G
A
C
T
A
A
G
G
T
C
A
A
G
T
C
T
T
G
C
A
T
A
A
-
4
T
-
T
G
T
T
G
T
T
G
-
-
-
2
-
T
-
2
A
-
G
C
C
T
T
G
-
A
G
G
T
A
A
A
C
C
C
T
G
G
G
C
-
C
-
T
G
C
C
C
A
T
A
C
C
G
T
A
C
G
C
G
G
A
G
G
G
7
T
C
3
C
2
C
A
5
T
C
G
A
A
T
C
C
4
C
A
A
C
C
A
A
T
A
C
A
C
A
T
A
15
G
A
G
C
A
T
G
T
C
A
3
T
C
G
A
C
-
G
T
G
T
A
G
A
T
T
A
-
A
G
C
A
T
A
5
C
G
A
T
T
G
G
G
T
C
C
T
C
A
T
T
C
T
A
C
G
C
A
T
C
A
T
A
C
  104,203,510
  104,204,215
  104,205,315
  104,205,337
  104,206,587
  104,207,230
  104,207,673
  104,207,724
  104,207,753
  104,212,652
  104,212,854
  104,213,386
  104,213,393
  104,213,682
  104,213,721
  104,213,904
  104,214,591
  104,214,788
  104,214,931
  104,216,653
  104,216,855
  104,217,513
  104,217,525
  104,217,603
  104,223,907
  104,224,611
  104,226,219
  104,226,403
  104,226,655
  104,227,453
  104,228,605
  104,230,418
  104,231,657
  104,231,978
  104,232,683
  104,232,722
  104,232,742
  104,232,932
  104,233,722
  104,234,899
  104,235,404
  104,235,629
  104,235,976
  104,236,316
  104,236,768
  104,236,928
  104,237,965
  104,238,200
  104,238,229
  104,239,125
  104,240,281
  104,240,457
  104,240,498
  104,240,811
  104,240,972
  104,241,362
  104,242,775
  104,243,920
  104,244,404
  104,244,823
  104,245,383
  104,245,385
  104,245,387
  104,245,389
  104,245,391
  104,245,449
  104,246,737
  104,247,079
  104,247,990
  104,250,642
  104,250,848
  104,251,442
  104,251,491
  104,251,517
  104,251,568
  104,251,686
  104,252,011
  104,252,293
  104,253,771
  104,254,684
  104,254,823
  104,256,065
  104,256,485
  104,256,609
  104,257,657
  104,258,055
  104,258,373
  104,258,583
  104,259,559
  104,261,046
  104,262,127
  104,262,448
  104,262,622
  104,263,140
  104,263,373
  104,263,765
  104,264,018
  104,264,887
  104,265,497
  104,266,361
  104,266,868
  104,268,173
  104,268,912
  104,270,005
  104,270,016
  104,270,476
  104,270,624
  104,271,127
  104,271,679
  104,271,818
  104,271,943
  104,273,052
  104,273,831
  104,273,877
  104,274,229
  104,274,344
  104,274,394
  104,276,558
  104,280,754
  104,280,854
  104,281,249
  104,281,494
  104,281,594
  104,281,742
  104,281,780
  104,281,974
  104,282,553
  104,283,289
  104,283,718
  104,284,607
  104,284,973
  104,286,547
  104,286,945
  104,287,902
  104,288,467
  104,288,621
  104,289,254
  104,289,767
  104,291,103
  104,291,497
  104,291,673
  104,292,582
  104,292,781
  104,293,442
  104,293,765
  104,294,167
  104,295,277
  104,295,571
  104,295,699
  104,295,700
  104,295,730
  104,295,759
  104,296,038
  104,296,099
  104,296,146
  104,296,419
  104,296,536
  104,296,544
  104,296,556
  104,296,674
  104,296,851
  104,296,858
  104,297,080
  104,297,138
  104,297,206
  104,297,443
  104,298,004
  104,298,278
  104,298,799
  104,298,860
  104,299,748
  104,300,282
  104,300,483
  104,300,550
  104,300,786
  104,300,796
  104,300,868
  104,300,904
  104,300,942
  104,301,159
  104,301,354
  104,301,397
  104,301,778
  104,301,912
  104,302,207
  104,302,240
  104,302,375
  104,302,435
  104,302,491
  104,302,495
  104,302,536
  104,302,596
  104,302,716
  104,302,883
  104,302,894
  104,302,959
  104,303,055
  104,303,287
  104,303,524
  104,303,612
  104,303,731
  104,304,239
  104,304,600
  104,304,607
  104,304,661
  104,304,705
  104,304,802
  104,304,937
  104,305,130
  104,305,200
  104,305,201
  104,305,221
  104,305,309
  104,305,388
  104,305,405
  104,305,472
  104,305,547
  104,305,556
  104,305,609
  104,305,619
  104,305,637
  104,305,675
  104,305,765
  104,305,849
  104,305,945
  104,305,960
  104,306,201
  104,306,349
  104,306,374
  104,306,636
  104,306,841
  104,307,032
  104,307,312
  104,307,324
  104,307,418
  104,307,444
  104,307,448
  104,307,460
  104,307,528
  104,307,718
  104,307,784
  104,307,818
  104,308,113
  104,308,616
  104,308,835
  104,309,135
  104,309,293
  104,309,307
  104,309,381
  104,309,420
  104,309,525
  104,309,938
  104,311,417
  104,311,535
  104,311,625
  104,313,800
  104,314,180
  104,314,283
  104,315,284
  104,315,506
  104,316,133
  104,316,140
  104,316,389
  104,316,404
  104,317,015
  104,317,258
  104,317,346
  104,317,509
  104,317,637
  104,317,657
  104,317,790
  104,317,923
  104,317,947
  104,318,199
  104,319,059
  104,319,978
  104,320,245
  104,320,453
  104,321,448
  104,321,463
  104,321,465
  104,321,478
  104,321,484
  104,321,647
  104,321,720
  104,321,817
  104,321,856
  104,322,144
  104,322,489
  104,322,493
  104,322,495
  104,323,713
  104,323,759
  104,323,803
  104,324,114
  104,324,246
  104,324,253
  104,324,353
  104,324,355
  104,324,359
  104,324,361
  104,324,363
  104,324,422
  104,324,437
  104,324,727
  104,325,027
  104,325,299
  104,325,717
  104,325,862
  104,325,918
  104,325,951
  104,326,511
  104,327,698
  104,328,070
  104,328,134
  104,328,301
  104,328,448
  104,328,825
  104,328,843
  104,328,846
  104,328,853
  104,328,887
  104,328,896
  104,329,413
  104,329,665
  104,329,917
  104,330,409
  104,330,720
  104,331,200
  104,331,248
  104,331,348
  104,331,356
  104,331,508
  104,331,703
  104,331,861
  104,332,644
  104,332,946
  104,333,130
  104,333,207
  104,333,358
  104,333,984
  104,333,999
  104,334,009
  104,334,015
  104,334,097
  104,334,099
  104,334,105
  104,334,111
  104,334,114
  104,334,116
  104,334,119
  104,334,125
  104,334,127
  104,334,132
  104,334,137
  104,334,389
  104,334,391
  104,334,395
  104,334,397
  104,334,402
  104,334,409
  104,334,413
  104,334,416
  104,334,421
  104,334,425
  104,334,426
  104,334,431
  104,334,434
  104,334,435
  104,334,438
  104,334,464
  104,334,468
  104,334,470
  104,334,478
  104,334,479
  104,334,485
  104,334,488
  104,334,491
  104,334,494
  104,334,499
  104,334,507
  104,334,508
  104,334,510
  104,334,686
  104,334,867
  104,335,098
  104,335,104
  104,335,107
  104,335,116
  104,335,117
  104,335,125
  104,335,126
  104,335,131
  104,335,140
  104,335,141
  104,335,147
  104,335,152
  104,335,160
  104,335,167
  104,335,168
  104,335,170
  104,335,226
  104,335,437
  104,336,176
  104,336,617
  104,336,779
  104,336,975
  104,337,295
  104,337,984
  104,338,086
  104,338,117
  104,338,145
  104,339,675
  104,340,306
  104,342,046
  104,342,696
  104,343,087
  104,343,155
  104,343,159
  104,343,175
  104,343,178
  104,343,927
  104,343,936
  104,343,954
  104,343,961
  104,343,971
  104,345,509
  104,345,571
  104,345,761
  104,346,255
  104,346,364
  104,346,544
  104,346,690
  104,346,886
  104,347,164
  104,347,467
  104,347,490
  104,347,578
  104,348,061
  104,348,121
  104,348,134
  104,349,583
  104,349,622
  104,349,657
  104,351,359
  104,352,022
  104,352,025
  104,352,255
  104,352,702
  104,352,826
  104,352,990
  104,353,434
  104,353,609
  104,354,894
  104,354,915
  104,354,950
  104,355,082
  104,355,285
  104,355,487
  104,355,640
  104,356,438
  104,356,523
  104,356,804
  104,356,844
  104,357,015
  104,357,104
  104,357,491
  104,357,515
  104,357,552
  104,357,597
  104,357,638
  104,357,800
  104,357,833
  104,357,901
  104,357,953
  104,358,200
  104,358,543
  104,359,137
  104,359,280
  104,359,614
  104,359,650
  104,359,799
  104,359,881
  104,360,086
  104,360,089
  104,360,093
  104,360,402
  104,360,450
  104,360,537
  104,360,548
  104,360,600
  104,360,690
  104,360,931
  104,361,366
  104,361,415
  104,361,460
  104,361,744
  104,362,846
  104,362,959
  104,363,228
  104,363,467
  104,363,639
  104,363,731
  104,364,048
  104,364,176
  104,364,280
  104,364,597
  104,365,311
  104,365,514
  104,366,895
  104,367,128
  104,368,080
  104,368,277
  104,368,281
  104,368,345
  104,369,170
  104,370,923
  104,371,340
T
G
C
C
T
T
T
G
G
G
A
T
C
A
T
G
C
A
G
G
G
T
A
-
C
G
A
T
T
G
T
A
C
C
G
T
C
T
C
C
T
-
G
C
T
T/-
C
A
G
T
T
A
-
T
C
A
A
C
G
G
-/G
G/-
G/-
G/-
-/G
2
C
A
C
C
A
G
C/A
T
G
A
T
C
C
G
-
-
T
-/7
T
C
G
-
G
A
C
T
G
G
9
A
G
T
A
C
G
-/G
T
G
A
T
T
A
C
T
G
T
A
A
A
G
A
-
T/-
C
A
G
A
G
T
C
T
C
T
A
A
A
C
A
T
T
T
-
T
C
A
A
G
A
G
A
C
G
4
23
3
G
A
-
A
C
C
C
T
-
C
A
C
T
C
T
G
G
T
-
T
T
A
T
T
A
A
C
G
T
G
A
T
A
A
A
A
A
C/G
A
A
A
A
T
A
A
G
C
G
A
C
A
C
C
C
G
G
A
C
C
T
T
T
-
C
C
T
G
C
C
-
A
A
C
T
G
T
G
G
C
T
T
T
C
T
-
C
T
4
A
16
-
C
G
2
-
G/-
C
A
A
C
T
-/G
T
A
A
C
T
C
T
T
T
T
A
T
T
A
T
G
-
C
A
T
C
A
A
-
C
C
T
T
A
G
C
G
G
A
G
C
C
G
T
-
T
G
A
C
-/A
-/A
A/-
-/A
A/-
G/-
?
G
C
T
T
T
A
G
C
C
A
-
A
A
T
G
22
C
T
G
G
G
G
A
G
T
G
T
C
G
G
A
A
C
T
G
G
G/A
T/A
C/A
T/C
T/G
G/C
C/G
A/C
T/C
A/T
A/T
-/T
4/-
T/G
-/3
T/C
G/A
T/C
T/G
G/T
T/C
T/C
G/T
-/5
-/5
-/2
2/-
-/2
T/C
-/T
2/-
A/C
-/2
G/A
C/T
C/A
T/C
T/C
G/A
-/17
A/G
G/A
G/A
C
C
A/T
A/G
C/A
C/T
C/A
T/G
G/A
G/A
G/T
C/A
2
C/G
-/2
T/C
G/A
C/T
T
T
G
C
G
A
A
T
A
T
A
A
A
A
A
-
A/-
A/-
G/-
7/-
-
G
-
G
-
A
G
-
C
T
A
-
G
G
G
T
-
T
G
C
T
T
T
G
C
G
T
-
T
G
A
T/C
-
A
-
C
T
G
C
A
G
A
G
-
C
T
A
T
T
12
A
C
A
C
G
A
G
G
C
C
4
G
A
T
G
A
-
-
-
A
G
C
C
C
A
A
C
A
T
A
T
-
C
C
T
A
G
T
T
T
T
C
T
C
C
G
A