Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly Rnor_6.0
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 197,774 (bp)   Positions: 520
Conservation 
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
Genes ( - ) 
Rnor 6.0  
GK/FarMcwi (2019) 
.001
.001
.0
.002
.0
.0
.888
.083
.003
.0
.002
.327
.749
.96
.001
.014
.094
.0
.086
.0
.0
.006
.0
.0
.047
.241
.015
.004
.0
.004
.001
.48
.614
.012
.014
.0
--
--
--
--
--
.002
.076
.029
.936
.959
.0
.001
.0
.0
.0
.146
.001
.0
.187
.001
.12
.001
.192
.013
.014
.0
.068
.0
.005
1.0
.274
.001
.0
.096
.027
.554
.001
.005
.001
.002
.001
.0
.002
.034
.001
.06
.001
.002
.0
.002
.002
.004
.0
--
--
--
--
.001
.001
.0
.502
.002
.032
--
.008
--
.0
.0
.033
.009
.012
.007
.004
.0
.0
.0
.0
.0
.011
.002
.0
.0
.005
.0
.004
.004
.001
.162
.01
.006
.006
.009
.028
.118
.007
.006
.012
.003
.001
.031
.15
.013
.727
.032
.001
.004
.001
.002
.001
.002
.001
.007
.048
.675
--
.034
1.0
1.0
1.0
1.0
.572
.008
.985
.001
.089
.975
.012
.0
.0
.003
.001
.0
.015
.014
.005
.003
.001
.004
.0
.0
.001
.007
.007
.0
.018
.006
.005
.762
.733
.004
.004
.0
.0
.009
.0
--
--
--
--
--
--
--
.026
.0
.001
.007
.004
.003
.0
.002
.009
1.0
.006
.0
.002
.0
.0
.0
.055
.185
.0
.003
.0
.0
.0
.0
.0
.0
.0
.0
.009
.001
.0
.0
.144
.398
.628
.017
.0
.001
.0
.046
.005
.056
.052
.0
.003
.007
.874
.049
.008
.006
.001
.003
.001
.002
.039
.431
.007
.334
.024
.027
.002
.169
--
--
.019
.0
.0
.0
.005
.006
.0
.008
.0
.392
.477
.013
.014
.0
.01
.022
.001
.027
.006
.002
.007
.037
.049
.006
.001
.123
.108
.097
.091
.078
.05
.043
.0
.002
.001
.003
.001
.002
.0
.452
.002
.001
.032
.0
.002
.0
.182
.002
.0
.0
.017
.0
.019
.0
.0
.007
.028
.001
--
.079
.146
.004
.17
.032
.01
.001
.279
.854
.002
.005
.008
.022
.009
.0
.001
.002
.003
.0
.059
.003
.011
.005
.0
.005
.803
.002
.001
.006
.002
.0
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
.206
.092
.019
.338
.582
.052
.01
.089
.02
.039
.07
.027
.006
.0
.048
1.0
.966
.002
.006
.001
.006
.009
.001
.024
.046
.0
.001
.012
.413
.012
.861
.002
.0
.0
.001
.001
.004
.0
.001
.0
.101
.506
.0
.0
.0
.001
.0
.349
.0
.0
.011
.001
.0
.0
.0
.001
.001
.0
.0
.073
.0
.0
.0
.015
.154
.0
.002
.01
.056
.043
.057
.057
.035
--
--
--
--
--
.001
.0
.01
.671
.011
1.0
.386
.3
.002
.003
.169
.004
.003
.069
--
--
.087
.074
.004
.024
.042
.014
.104
.123
.018
.01
.095
.0
.002
.134
.0
.001
.0
.003
.402
.007
.2
.218
.247
--
--
--
.003
.006
.0
.0
.0
.0
.0
--
.0
.765
.049
.005
.0
.001
.0
.002
.102
.0
.0
.001
.003
.033
.073
.098
.095
.084
.071
.043
.048
.017
.001
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
Tll1
--
--
LOC108348393
LOC108348393
LOC108348393
LOC108348393
LOC108348393
LOC108348393
LOC108348393
LOC108348393
LOC108348393
LOC108348393
LOC108348393
LOC108348393
LOC108348393
LOC108348393
LOC108348393
LOC108348393
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
T
A
T
A
A
G
A
C
2
C
C
T
A
T
A
-
A
T
T
A
A
C
-
G
C
T
C
G
C
G
A
A
-
G
A
G
-
A
G
A
G
C
G
A
T
-
T
C
A
A
C
-
C
G
G
C
C
T
G
A
-
G
-
T
C
T
G
A
T
4
T
T
T
C
A
A
T
A
-
G
A
G
A
C
T
G
-
G
G
-
G
A
10
C
T
T
A
A
T
C
G
-
A
T
C
A
A
A
A
G
G
C
C
T
-
G
C
G
C
A
40
T
A
T
T
T
T
T
-
A
A
A
C
G
G
T
T
A
A
A
A
T
T
T
A
C
T
C
G
C
T
C
A
T
C
G
A
G
-
T
C
T
A
T
6
-
A
T
C
C
T
C
T
G
G
T
C
C
T
G
T
-
G
T
T
C
G
T
T
A
G
A
T
G
C
T
C
2
T
A
10
T
C
C
-
A
A
C
T
A
A
C
G
T
-
A
A
-
T
T
C
A
A
A
C
C
T
G
A
C
G
T
A
G
T
C
G
C
C
A
C
G
A
G
T
A
A
-
T
A
T
C
A
T
A
A
G
C
T
G
C
-
C
C
C
G
C
-
C
A
T
2
C
-
-
T
A
T
A
G
T
A
T
T
A
C
T
-
-
-
A
-
-
-
A
G
G
G
C
T
A
A
G
C
-
T
C
T
G
G
C
C
3
C
C
G
T
A
A
C
A
4
-
G
C
G
C
G
C
G
T
G
-
T
C
G
T
4
A
C
-
T
G
G
A
G
G
A
C
T
C
A
G
T
A
C
C
C
A
G
A
C
G
C
A
A
C
C
G
T
C
-
-
2
C
A
-
A
T
G
-
A
T
A
-
-
4
T
T
G
C
4
-
T
-
T
T
A
A
G
T
-
A
T
T
C
C
A
T
T
G
C
T
A
T
T
G
C
G
-
C
G
G
A
G
-
-
T
A
A
C
T
3
A
-
A
C
C
G
A
A
C
T
C
A
A
-
C
T
T
A
T
A
T
6
42
G
G
T
-
A
T
A
G
G
T
A
C
G
C
4
A
C
T
G
C
G
T
C
T
G
A
G
A
A
T
-
-
C
T
C
T
G
-
T
A
-
C
T
G
C
G
-
-
-
-
T
-
-
-
-
T
-
-
-
-
-
-
A
C
  27,400,598
  27,400,798
  27,402,993
  27,403,237
  27,403,632
  27,404,268
  27,405,039
  27,406,289
  27,406,303
  27,406,387
  27,406,706
  27,406,776
  27,407,023
  27,407,133
  27,409,490
  27,409,804
  27,410,780
  27,411,867
  27,412,051
  27,413,125
  27,413,573
  27,413,996
  27,414,154
  27,415,261
  27,415,947
  27,416,766
  27,417,269
  27,418,093
  27,418,892
  27,420,054
  27,420,088
  27,420,159
  27,420,178
  27,420,856
  27,421,360
  27,422,132
  27,422,232
  27,422,562
  27,422,566
  27,422,579
  27,422,601
  27,425,173
  27,425,749
  27,427,939
  27,427,970
  27,428,176
  27,428,506
  27,428,800
  27,428,879
  27,429,077
  27,429,703
  27,429,861
  27,430,294
  27,430,325
  27,432,617
  27,432,649
  27,432,933
  27,433,346
  27,433,413
  27,433,428
  27,433,431
  27,433,510
  27,433,795
  27,433,817
  27,433,987
  27,434,084
  27,434,186
  27,434,226
  27,434,288
  27,434,509
  27,434,595
  27,434,722
  27,434,735
  27,434,931
  27,434,978
  27,435,171
  27,436,177
  27,436,750
  27,436,836
  27,436,865
  27,436,889
  27,437,011
  27,437,171
  27,437,982
  27,438,253
  27,439,342
  27,439,388
  27,439,942
  27,440,829
  27,442,192
  27,442,335
  27,442,423
  27,442,506
  27,443,767
  27,443,818
  27,443,917
  27,445,882
  27,446,600
  27,446,856
  27,447,023
  27,447,180
  27,450,038
  27,450,732
  27,450,733
  27,451,163
  27,451,168
  27,453,359
  27,454,714
  27,456,222
  27,456,756
  27,456,760
  27,458,615
  27,458,745
  27,458,970
  27,459,520
  27,459,631
  27,459,723
  27,459,852
  27,459,991
  27,460,013
  27,460,063
  27,460,153
  27,460,167
  27,461,166
  27,461,454
  27,461,456
  27,461,458
  27,461,460
  27,461,464
  27,462,299
  27,462,547
  27,462,854
  27,462,893
  27,462,977
  27,463,095
  27,463,896
  27,464,055
  27,464,419
  27,466,809
  27,466,823
  27,466,961
  27,467,810
  27,467,850
  27,467,940
  27,468,178
  27,468,284
  27,468,498
  27,469,021
  27,469,295
  27,470,363
  27,471,345
  27,471,857
  27,472,407
  27,472,455
  27,472,499
  27,472,634
  27,472,746
  27,472,825
  27,473,131
  27,474,521
  27,474,808
  27,475,382
  27,475,800
  27,475,833
  27,476,556
  27,476,684
  27,477,079
  27,477,453
  27,477,877
  27,478,551
  27,478,672
  27,478,938
  27,479,126
  27,479,381
  27,479,687
  27,479,901
  27,480,178
  27,480,330
  27,480,468
  27,480,857
  27,480,858
  27,480,890
  27,480,892
  27,481,034
  27,481,069
  27,481,249
  27,481,341
  27,481,424
  27,481,503
  27,481,530
  27,481,693
  27,482,019
  27,482,146
  27,482,200
  27,482,301
  27,482,313
  27,482,321
  27,482,326
  27,482,616
  27,482,709
  27,483,084
  27,483,182
  27,483,375
  27,483,516
  27,483,682
  27,483,812
  27,483,844
  27,483,948
  27,484,342
  27,484,447
  27,484,578
  27,484,708
  27,484,739
  27,484,770
  27,484,982
  27,485,026
  27,485,143
  27,485,359
  27,486,749
  27,486,804
  27,487,211
  27,487,759
  27,487,837
  27,488,655
  27,488,887
  27,489,168
  27,489,786
  27,489,921
  27,489,965
  27,490,194
  27,490,401
  27,490,416
  27,490,486
  27,490,722
  27,490,777
  27,490,839
  27,490,972
  27,491,402
  27,491,682
  27,491,858
  27,492,045
  27,492,203
  27,492,216
  27,492,310
  27,493,363
  27,493,675
  27,493,808
  27,493,998
  27,494,070
  27,494,415
  27,494,547
  27,494,596
  27,494,682
  27,494,975
  27,495,203
  27,495,232
  27,495,324
  27,496,066
  27,496,700
  27,497,280
  27,497,546
  27,497,593
  27,498,148
  27,498,290
  27,498,296
  27,498,535
  27,498,539
  27,498,924
  27,499,448
  27,499,675
  27,499,838
  27,499,947
  27,500,240
  27,500,805
  27,500,806
  27,501,333
  27,501,812
  27,501,988
  27,502,066
  27,502,458
  27,502,471
  27,502,638
  27,502,811
  27,502,819
  27,502,891
  27,503,239
  27,503,796
  27,503,940
  27,503,943
  27,503,945
  27,503,946
  27,503,948
  27,503,952
  27,503,953
  27,504,156
  27,504,614
  27,504,743
  27,504,885
  27,505,672
  27,506,280
  27,507,965
  27,508,120
  27,508,304
  27,508,569
  27,509,160
  27,509,283
  27,509,368
  27,510,580
  27,512,064
  27,514,508
  27,516,127
  27,516,164
  27,516,475
  27,519,585
  27,520,065
  27,520,594
  27,520,792
  27,520,966
  27,521,356
  27,523,367
  27,523,682
  27,527,300
  27,527,316
  27,527,520
  27,527,643
  27,527,720
  27,527,844
  27,528,803
  27,529,097
  27,529,171
  27,530,100
  27,530,720
  27,531,139
  27,531,196
  27,532,412
  27,533,088
  27,533,114
  27,533,597
  27,533,990
  27,534,052
  27,534,549
  27,534,605
  27,535,002
  27,535,210
  27,536,540
  27,536,735
  27,536,741
  27,537,380
  27,537,504
  27,537,609
  27,537,762
  27,538,245
  27,538,790
  27,539,156
  27,539,229
  27,539,532
  27,539,555
  27,539,575
  27,540,076
  27,540,334
  27,540,351
  27,540,436
  27,540,666
  27,540,869
  27,541,838
  27,541,915
  27,542,006
  27,542,144
  27,543,544
  27,544,019
  27,544,550
  27,544,866
  27,544,974
  27,545,026
  27,545,144
  27,545,584
  27,545,799
  27,546,307
  27,546,940
  27,547,460
  27,549,947
  27,550,172
  27,550,453
  27,552,275
  27,554,742
  27,554,759
  27,554,788
  27,555,007
  27,555,517
  27,556,571
  27,556,727
  27,556,968
  27,557,234
  27,557,302
  27,557,517
  27,557,638
  27,557,795
  27,558,319
  27,558,388
  27,558,892
  27,558,959
  27,559,998
  27,560,744
  27,561,864
  27,561,961
  27,562,354
  27,562,552
  27,562,718
  27,562,866
  27,562,990
  27,563,131
  27,563,187
  27,563,189
  27,563,244
  27,563,245
  27,563,290
  27,563,397
  27,563,455
  27,563,862
  27,563,866
  27,563,873
  27,564,105
  27,564,107
  27,564,145
  27,564,350
  27,564,549
  27,564,580
  27,564,646
  27,564,713
  27,564,727
  27,564,862
  27,565,206
  27,565,531
  27,565,798
  27,565,819
  27,566,150
  27,566,171
  27,566,207
  27,566,487
  27,566,499
  27,566,601
  27,566,655
  27,566,919
  27,567,012
  27,567,158
  27,567,166
  27,567,183
  27,567,201
  27,567,928
  27,567,940
  27,567,985
  27,567,997
  27,568,108
  27,568,833
  27,569,527
  27,569,563
  27,570,420
  27,570,899
  27,571,267
  27,571,270
  27,571,314
  27,571,587
  27,571,673
  27,571,922
  27,572,075
  27,572,123
  27,572,229
  27,572,323
  27,572,476
  27,572,566
  27,573,111
  27,573,194
  27,573,308
  27,573,335
  27,573,345
  27,573,375
  27,574,024
  27,574,345
  27,575,459
  27,575,865
  27,577,070
  27,577,163
  27,578,164
  27,578,317
  27,578,319
  27,578,321
  27,578,491
  27,578,587
  27,578,680
  27,579,707
  27,587,690
  27,588,076
  27,589,403
  27,589,836
  27,589,980
  27,590,670
  27,591,020
  27,591,734
  27,592,079
  27,593,596
  27,594,853
  27,594,864
  27,594,867
  27,594,908
  27,594,925
  27,594,936
  27,595,010
  27,595,016
  27,595,071
  27,595,125
  27,595,188
  27,595,210
  27,595,225
  27,595,229
  27,595,235
  27,595,239
  27,595,252
  27,595,258
  27,595,272
  27,596,822
C
T
C
G
G
C
T
T
-
T
T
C
T
A
T
A
G
G
A
G
G
T
2
A
A
C
T
T
T
C
-
C
A
A
G
C
53
G
A
C
A
T
A
G
G
G
C
T
G
G
T
T
T
A
A
-
G
C
A
G
T
A
A
A
G
C
A
G
G
-
C
A
-
T
C
G
C
G
4
T
C
A
C
T
C
A
A
A
A
14
C
A/G
-
G
C
C
C
T
C
T
A
7
T
G
G
-
T
G
-
C
T
T
T
C
2
T
G
T
T
G
-
C
C
C
A
A
A
A
4
G
G
T
T
A
A
C
C
G
T
G
G
C
A
C
G
A
G
G
A
A
C
A
G
C
T
A
G
A
4
C
T
C
G
C
-
A
T
G
T
T
C
A
G
A
T
C
A
T
A
A
C
6
C
C
C
T
A
C
C
G
A
G
C
C
A
-
T
-
C
T
-
C
A
A
5
G
G
T
G
G
T
-
A
C
4
A/T
G
20
-
C
T
G
-
G
G
T
C
-
C
T
T
A
G
C
G
A
A
A
T
T/GC
A
T
C
A
A
G
G
4
G
G
C
-
G
C
G
T
A
T
C
A
T
20
T
T
T
A
T
G
G
G
-
-
T
T
4
G
G
C
C
-
C
C
-
C
C
T
C
-/4
-/3
-/10
A/G
-/3
-/G
-/5
G
A
T
A
T
C
G
G
A
A
T
C
T
C
A
T
T
T
3/-
T
A
C
C
G
T
T
T
-
C
C
T
T
T
T
A
A
C
T
G
C
T
A
A
-
G
T
4
G
A
A
G
A
A
G
T
C
-
G
C
T/C
A/C
C/T
C/T
C/A
G
A
G
A
A
T
C
C
T
G
A
A
T
T
C
-
T
T
5
G
G
A
2
G
C
T
A
G
-
C
C
A
A
-
4
C
C
C
C
G
G
A
G
2
G
-
G
A
T
C
C
C
C
T
C
G
C
G
A
T
A
4
T
C
A
G
A
C
6
A
-
G
T
C
-
C
T
G
T
T
C
C
G
T
C
T
G
G
A
A
C
C
-
C
C
A
-
42/-
A
A
C
2
G
A
A/C
A
C
C
T
T
A
A
-
G
T
C
A
T
A
G
A
A
T
G
A
G
G
G
G
T
T
C
G
C
A
-/A
C
C
C
G
C
A
-
-
A
C
C
T
-
C
2
C
T
-
A
T
A
2
G
G
G
A