Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly Rnor_6.0
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 233,781 (bp)   Positions: 452
Conservation 
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
Rnor 6.0  
FHL/EurMcwi (MCW) 
.0
.001
--
.008
.004
.067
.001
.06
--
--
--
--
.174
.077
.005
--
--
1.0
.004
.202
.001
.0
.049
.002
.019
.01
.0
.124
.137
.143
.143
.136
.123
.005
.002
.0
.001
.0
.0
.0
.029
.004
.0
.0
.003
.0
.001
.04
.036
.003
.0
.006
.046
.001
.018
.0
.011
.002
.05
.154
.0
.0
.002
.0
.0
.002
.009
.001
.032
.021
.667
.439
.986
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
.001
--
--
.602
.011
.0
.008
.008
.014
.139
.048
.527
.095
.098
.077
.151
.043
.007
.446
.001
.028
--
--
--
--
--
.034
.0
.018
.025
.0
.059
.074
.002
.052
.042
.004
.032
.004
.043
.179
.046
.378
.271
.022
.003
.006
.16
.001
.04
.027
.121
.249
.027
.0
.0
.001
.008
.002
.0
.004
.001
.04
--
--
--
--
--
--
--
.003
.007
.004
.002
.144
.001
.001
.0
.001
.0
.0
.158
.021
.863
--
--
--
--
--
--
--
.079
.002
.0
.001
.001
.001
.0
.0
.003
.0
.014
.008
.0
.006
.137
.0
.0
.004
.001
.113
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
.009
.017
.0
.0
.004
.002
.006
.002
.034
.0
.001
.0
.016
.002
.006
.038
.0
.0
.021
.016
.144
.0
.014
.024
.507
.31
.018
.018
.821
.0
.001
.0
--
--
--
--
.018
.004
.001
.035
.022
.057
.0
.016
.003
.004
.002
.007
.001
.0
.005
.0
--
.423
.005
.0
--
--
--
.005
.004
--
--
.001
.003
.001
.016
.014
.003
--
--
--
--
--
.022
.002
.653
.0
.0
.0
.004
.001
.0
.027
.001
.0
.01
.0
.001
.006
.034
.0
.0
.001
.0
.001
.0
.073
.001
.0
.0
.001
.982
.013
.0
.0
.005
.004
.0
.0
.006
.005
.006
.0
.0
.831
.024
.023
.0
.0
.002
.011
.17
.0
.0
.007
.012
.001
.012
.155
.064
.007
.016
.078
.399
.056
.001
.058
.059
.0
.0
.011
.016
.001
.156
.0
.823
.407
.021
.298
.001
.007
.045
.003
.003
.0
.0
.823
.282
.798
1.0
.007
.0
.004
.0
.002
.001
.0
.017
.003
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
Tafa4
G
A
C
A
G
A
A
G
T
T
C
C
A
C
C
G
G
C
A
G
G
G
C
A
C
A
G
T
T
T
T
A
G
A
A
C
C
A
A
G
G
T
G
T
A
G
G
T
G
G
A
T
G
A
G
T
T
G
G
T
T
A
A
G
C
T
T
A
A
C
G
T
C
G
C
G
C
T
A
T
A
T
G
G
G
G
T
C
T
G
A
C
C
G
G
G
T
A
G
G
C
G
A
C
G
G
C
G
C
A
A
G
T
T
T
T
A
C
C
T
A
G
C
G
T
T
C
A
T
G
G
A
C
C
G
C
A
C
T
A
G
C
A
T
A
A
G
C
A
T
G
T
C
A
T
A
C
T
C
G
T
C
T
G
C
G
G
C
C
C
T
T
A
T
T
T
A
T
G
A
G
C
G
A
A
C
T
T
G
T
G
A
G
C
A
T
A
A
G
C
G
G
A
T
C
T
A
G
C
C
T
A
A
A
A
C
G
T
A
A
C
C
C
A
C
A
G
A
A
C
C
C
T
C
G
A
C
T
T
C
C
G
A
C
G
T
A
C
G
C
T
T
A
T
C
T
T
C
C
A
G
T
C
A
A
T
A
G
T
T
G
T
C
G
C
C
G
G
C
G
A
T
A
C
C
C
A
T
A
A
T
G
A
A
C
A
G
T
T
A
A
G
A
T
C
T
G
C
A
C
G
G
T
C
C
A
A
T
G
T
T
G
C
C
T
G
G
G
T
A
T
A
C
A
C
A
G
G
C
G
G
T
G
G
T
G
A
G
G
A
G
A
T
C
C
C
G
T
T
A
T
G
A
A
C
G
A
A
A
G
C
A
A
A
G
G
T
T
T
T
C
T
C
A
A
G
G
C
G
G
A
T
C
C
A
T
G
A
C
C
A
G
G
A
G
G
T
T
C
A
A
T
C
C
T
A
G
C
A
A
T
G
A
G
G
G
T
C
A
G
G
A
T
C
T
T
A
G
A
T
A
G
T
A
T
C
G
A
C
C
G
C
  129,197,284
  129,197,733
  129,200,214
  129,201,162
  129,201,166
  129,201,398
  129,202,029
  129,203,171
  129,204,004
  129,204,708
  129,205,399
  129,205,608
  129,207,892
  129,208,944
  129,208,988
  129,209,573
  129,209,642
  129,210,718
  129,211,997
  129,213,773
  129,218,315
  129,218,322
  129,218,495
  129,219,480
  129,219,641
  129,219,995
  129,220,306
  129,221,172
  129,221,178
  129,221,184
  129,221,190
  129,221,196
  129,221,202
  129,221,923
  129,222,140
  129,222,717
  129,224,667
  129,225,128
  129,225,152
  129,225,343
  129,226,589
  129,226,648
  129,226,980
  129,227,148
  129,227,161
  129,227,329
  129,227,402
  129,227,497
  129,227,499
  129,227,633
  129,227,667
  129,227,771
  129,227,798
  129,227,892
  129,227,944
  129,227,983
  129,228,201
  129,228,215
  129,228,340
  129,228,451
  129,229,211
  129,229,258
  129,229,516
  129,229,558
  129,229,616
  129,229,621
  129,230,015
  129,230,460
  129,232,470
  129,233,202
  129,233,588
  129,233,954
  129,234,022
  129,234,802
  129,235,152
  129,235,169
  129,235,200
  129,235,927
  129,236,642
  129,237,095
  129,237,159
  129,237,302
  129,237,711
  129,237,909
  129,238,875
  129,239,008
  129,239,090
  129,239,131
  129,239,148
  129,239,193
  129,239,631
  129,239,701
  129,240,125
  129,240,163
  129,240,165
  129,240,170
  129,240,214
  129,240,480
  129,240,692
  129,240,772
  129,241,104
  129,241,349
  129,241,642
  129,241,651
  129,242,173
  129,242,465
  129,242,473
  129,242,493
  129,242,542
  129,242,573
  129,242,675
  129,242,820
  129,242,847
  129,243,285
  129,243,624
  129,243,919
  129,243,922
  129,244,487
  129,245,125
  129,247,398
  129,247,447
  129,250,440
  129,250,441
  129,250,531
  129,250,617
  129,251,029
  129,251,483
  129,251,487
  129,253,276
  129,254,098
  129,254,158
  129,254,767
  129,255,342
  129,256,222
  129,258,047
  129,258,064
  129,258,204
  129,260,085
  129,260,161
  129,260,197
  129,260,262
  129,261,383
  129,261,828
  129,261,929
  129,266,277
  129,271,308
  129,278,371
  129,278,378
  129,278,396
  129,278,450
  129,283,275
  129,286,860
  129,287,045
  129,287,577
  129,295,297
  129,295,510
  129,296,136
  129,296,654
  129,297,768
  129,297,812
  129,298,081
  129,298,141
  129,298,567
  129,299,124
  129,299,589
  129,299,620
  129,300,257
  129,300,423
  129,300,873
  129,301,009
  129,301,030
  129,301,597
  129,301,667
  129,302,067
  129,302,122
  129,303,148
  129,303,222
  129,303,704
  129,304,036
  129,304,214
  129,305,324
  129,305,874
  129,306,053
  129,306,302
  129,306,376
  129,306,599
  129,306,629
  129,306,836
  129,307,555
  129,307,834
  129,307,849
  129,307,912
  129,307,978
  129,307,988
  129,308,110
  129,309,545
  129,309,879
  129,310,260
  129,310,386
  129,310,746
  129,311,219
  129,311,383
  129,312,298
  129,312,495
  129,312,589
  129,312,674
  129,312,886
  129,313,265
  129,313,570
  129,314,306
  129,314,569
  129,315,301
  129,315,405
  129,316,463
  129,316,668
  129,316,808
  129,318,374
  129,318,704
  129,318,937
  129,320,201
  129,320,313
  129,320,693
  129,320,936
  129,321,036
  129,321,304
  129,321,931
  129,322,020
  129,322,123
  129,322,140
  129,323,783
  129,323,800
  129,323,945
  129,324,350
  129,324,486
  129,324,507
  129,325,762
  129,325,864
  129,325,887
  129,325,904
  129,326,004
  129,326,013
  129,326,269
  129,326,430
  129,326,570
  129,326,631
  129,326,649
  129,326,680
  129,326,860
  129,327,176
  129,327,466
  129,328,776
  129,329,075
  129,329,290
  129,329,389
  129,329,421
  129,329,612
  129,329,838
  129,329,860
  129,329,938
  129,330,050
  129,330,301
  129,330,476
  129,330,483
  129,330,484
  129,330,623
  129,330,754
  129,331,804
  129,331,900
  129,331,927
  129,332,112
  129,332,280
  129,332,360
  129,332,379
  129,332,387
  129,332,415
  129,332,450
  129,332,520
  129,332,560
  129,332,618
  129,332,781
  129,332,795
  129,332,855
  129,333,283
  129,333,528
  129,334,188
  129,334,755
  129,335,118
  129,335,167
  129,335,263
  129,335,634
  129,336,367
  129,336,398
  129,336,925
  129,337,041
  129,337,501
  129,338,209
  129,339,509
  129,339,599
  129,339,777
  129,339,863
  129,340,058
  129,341,472
  129,341,870
  129,343,128
  129,345,545
  129,345,835
  129,346,777
  129,347,654
  129,348,269
  129,348,331
  129,350,183
  129,350,195
  129,350,692
  129,351,064
  129,352,895
  129,352,896
  129,355,370
  129,364,847
  129,366,651
  129,367,035
  129,367,132
  129,367,668
  129,368,479
  129,368,481
  129,368,645
  129,369,015
  129,369,761
  129,370,856
  129,370,927
  129,371,012
  129,371,492
  129,371,791
  129,371,928
  129,372,382
  129,375,481
  129,377,272
  129,378,119
  129,378,998
  129,379,273
  129,379,627
  129,381,514
  129,382,106
  129,382,107
  129,383,893
  129,383,983
  129,385,917
  129,386,231
  129,387,828
  129,388,942
  129,389,768
  129,389,780
  129,389,804
  129,389,903
  129,389,915
  129,389,919
  129,389,927
  129,391,122
  129,393,163
  129,394,792
  129,395,576
  129,396,689
  129,396,963
  129,398,587
  129,398,623
  129,398,708
  129,398,855
  129,399,227
  129,399,572
  129,399,770
  129,400,108
  129,400,662
  129,402,044
  129,402,125
  129,402,437
  129,403,067
  129,403,249
  129,403,362
  129,403,549
  129,404,029
  129,404,336
  129,404,497
  129,404,738
  129,404,865
  129,405,061
  129,405,401
  129,405,608
  129,405,751
  129,405,757
  129,405,837
  129,406,012
  129,406,549
  129,406,599
  129,406,609
  129,406,673
  129,406,759
  129,406,828
  129,406,863
  129,407,056
  129,407,738
  129,407,739
  129,409,764
  129,410,005
  129,410,385
  129,410,397
  129,412,022
  129,412,804
  129,413,209
  129,413,666
  129,415,645
  129,415,720
  129,415,775
  129,415,805
  129,415,929
  129,416,005
  129,416,039
  129,416,353
  129,416,559
  129,416,590
  129,416,615
  129,416,768
  129,416,821
  129,416,970
  129,417,097
  129,417,224
  129,417,229
  129,417,809
  129,417,826
  129,417,852
  129,418,281
  129,418,319
  129,418,743
  129,418,840
  129,419,191
  129,419,242
  129,419,455
  129,419,561
  129,419,600
  129,420,637
  129,420,665
  129,420,939
  129,420,950
  129,421,017
  129,421,031
  129,421,116
  129,421,728
  129,421,909
  129,421,943
  129,423,174
  129,426,141
  129,429,160
  129,429,389
  129,429,807
A
G
G
C
A
G
G
A
C
C
T
T
G
T
A
C
A
T
C
G/A
A
A
T
G
T
G
C
T/G
T/G
T/G
T/G
G
G/T
G
T
T
T
G
T
A
A
C
C
C
G
A
T
C
A
A
C
C
A
G
A
C
A
A
A
C
C
G
G
A
T
C
C
A/G
G
T
A
C
C/A
A
T
A
T
A
G
A
G
G
T
A
A
C
C
T
A
A
G
G
T
A
A
A
C
G
A
A
T
C
T
T
A
T
A
T
G
G
C
C
C
C
G
G
T
T
G
C
G
T
T
A
C
C
T
C
C
A
T
C
T
A
A
T
G
A
C
G
A
T
G
C
T
T
T
T
G
C
G/A
G
A
G
C
T
A
G
T
A
C
A
C
A
A
A
T
A
G
T
C
C
C
A
G
C
G
C
A
C
A
G
A
G
T
G
C
C
G/A
C
A
G
A
T
G
C
G
C
A
T
A
A
G
C
A
C
G
A
G
A
C
G
G
G
G
T
A
C
T
G
T
G
T
C
T
G
A
G
G
T
T
T
C
T
A
G
T
G
G
C/G
C/A
T
C
A
G/A
T/G
A/G
G
G/A
C/T
T/C
T/G
A/G
T/C
C/T
T/A
A
C/A
T
A/G
G/A
G
C/T
A/G
A/T
T/C
G
G/T
T/C
T/C
G/A
T/C
C/T
G/C
C/G
C/T
G/T
G/A
C/T
A
G
C
G
T
A
T
T
C
G
T
C
C
C
G
T
G
A
C
A
C
G
A
T
C
T
C
A
G
G
T
T
A
C
T
C/T
A/G
A/G
T/A
A
G
C
T
G
A
C
A
A
T
C
G
C
C
T
G
C/G
G
A
A
C/T
A
A
C
A
A
A
A
T
A
T
A/G
G/A
A/G
T/A
T
T
T
A
C
A
G
G
A
G
G
T
A
G
G
G
A
T
G
G
G
T
A
C
C
C
C
G
C
A
G
G
C
A
T
A
A
G
C
T
T
G
C
A
G
T
T
C
A
C
C
A
A
C
C
T
C
G
C
A
T
C
G
A
T
G
G
G
A
G
A
A
A
C
T
T
A
T
G
C
T
C
C
G
A
T
C
T
A
C
G
C
T
T
G
T
T
T
T