Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly Rnor_6.0
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 288,227 (bp)   Positions: 433
Conservation 
Genes ( + ) 
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
Rnor 6.0  
ACI/EurMcwi (MCW) 
.001
.023
.0
.0
.036
.0
.0
.001
.007
.007
.021
.037
.002
.003
.01
.011
.114
.536
.031
.05
.01
.003
.05
.089
.01
.004
.01
.036
.013
.002
.012
.003
.095
.39
.159
.253
.0
.011
.0
.04
.001
.004
.011
.009
.0
.001
.005
.012
.014
.0
.0
.0
.001
.073
.003
.0
.196
.001
--
--
.383
.01
.02
.027
.001
.017
.001
.003
.01
.293
.568
.0
.004
.899
.112
.0
.0
.0
.001
.172
.147
.278
.066
.08
.726
.002
.192
.036
.0
.072
.002
.0
.0
.0
.004
.001
.048
.004
.007
.018
.001
.001
.001
.001
.093
--
--
--
.0
.009
.006
.0
.004
.0
.002
.0
.01
.075
.002
.924
.0
.0
.056
.001
.005
.018
.0
.001
.0
.095
.002
.009
.007
.0
.001
.029
.004
.324
.008
.446
.011
.002
.009
.005
.14
.002
--
--
--
--
--
--
.036
.0
.091
.001
.002
.015
.001
.093
.005
.004
.0
.0
.003
.596
.009
.008
1.0
.012
.04
.0
.003
.287
.465
.02
.011
.003
.005
.004
.001
.001
.002
.0
.001
.0
.013
.034
.035
.003
.013
.029
.04
.029
.023
.0
.0
.0
.143
.112
.0
.003
.003
.158
.0
.03
.0
.01
.0
.0
--
.481
.012
.003
.51
.478
.001
.004
.006
.025
.306
.16
.001
.193
.116
.038
.343
.004
.026
.005
.001
.0
.002
.003
.009
.167
.534
.009
.004
.023
.003
.001
.02
.001
.016
.04
.033
.011
.004
.002
.002
1.0
.0
.0
.001
.673
.28
.0
.003
.007
.0
.004
.0
.0
.05
.003
.0
.004
.001
1.0
.0
.003
.013
.0
.0
.0
.0
.072
.0
.0
.0
.03
.0
.0
.006
.0
.0
.0
.011
.067
.07
.0
.0
.0
.254
.004
.021
.001
.001
.017
.002
.001
.082
.005
.016
.007
.848
.288
.288
.014
.0
.003
.0
.001
.009
.354
1.0
.005
.018
.031
.052
.025
.0
.0
.013
.005
.012
.003
.0
.001
.0
.001
.001
.012
.0
.001
.097
.461
.237
.0
.0
.005
.412
.001
.024
.0
.616
.0
.021
.002
.002
.004
.0
.143
.018
.243
.003
.0
.003
.029
.018
.0
.041
.001
.0
.0
.013
.001
.0
.0
.0
.001
.0
.0
.023
.012
.001
.001
.001
.0
.0
.005
.0
.0
.0
.002
.0
.001
.002
.0
.0
.002
.0
.001
.002
.592
.002
.0
.001
.001
.047
.0
.001
.001
.0
.004
.002
.002
.022
.0
.008
.001
.011
.011
.002
.002
.001
.0
.037
.0
.002
.001
.0
.001
.0
.001
.002
.0
.0
.425
.002
.0
.0
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
Rgs6
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
A
C
G
G
T
C
T
T
C
T
C
A
C
A
A
A
A
C
C
T
T
G
T
C
G
G
T
C
T
A
A
C
C
A
C
G
T
C
C
A
T
G
A
T
T
A
A
T
G
G
G
G
G
A
T
A
T
C
G
C
T
C
T
T
G
C
C
G
G
G
T
G
G
T
A
C
G
G
G
C
G
C
A
A
C
T
C
A
A
A
C
A
A
G
G
G
C
T
C
T
A
G
T
A
G
G
C
A
G
C
G
A
C
A
C
T
A
T
G
A
C
C
T
T
G
G
C
T
C
T
A
G
A
G
G
A
A
A
G
C
G
G
T
G
T
G
A
A
T
T
A
A
A
G
A
C
T
T
A
G
A
A
A
A
A
T
T
T
G
G
A
T
T
G
G
C
A
A
A
C
A
G
A
G
C
C
G
C
A
A
A
G
C
T
A
G
T
G
G
G
C
G
G
T
G
A
A
T
A
A
A
T
G
C
C
C
C
T
A
T
G
G
A
A
T
G
G
G
T
A
A
T
T
G
T
A
T
C
T
T
G
G
G
T
C
A
C
T
G
C
T
C
T
G
C
C
G
T
C
T
C
T
C
G
C
A
A
G
G
T
T
G
T
T
G
T
G
A
A
T
A
T
T
G
G
T
A
G
T
C
T
G
C
A
T
A
G
A
G
A
A
G
A
A
T
T
G
G
A
A
C
G
A
C
A
T
A
G
T
C
A
G
G
G
C
G
G
G
C
T
T
A
C
A
G
A
A
T
T
G
T
T
T
A
C
C
C
A
T
C
C
A
C
G
G
A
T
G
G
T
C
C
C
T
A
G
A
A
G
G
C
A
G
C
G
G
T
C
C
A
G
T
A
T
A
T
T
G
C
C
T
C
G
T
G
A
G
G
G
G
C
G
A
A
T
A
G
T
G
C
C
T
C
C
T
C
C
G
G
T
G
T
A
T
C
T
A
C
C
G
G
T
A
  106,310,816
  106,311,080
  106,311,246
  106,311,268
  106,311,358
  106,311,457
  106,312,819
  106,313,916
  106,314,715
  106,314,830
  106,315,301
  106,316,932
  106,318,067
  106,318,076
  106,319,606
  106,319,744
  106,319,795
  106,319,848
  106,319,982
  106,320,113
  106,322,425
  106,322,679
  106,322,847
  106,322,961
  106,323,074
  106,323,296
  106,323,312
  106,323,696
  106,324,531
  106,324,935
  106,325,260
  106,325,648
  106,326,217
  106,326,532
  106,330,006
  106,330,010
  106,332,315
  106,335,254
  106,335,869
  106,340,207
  106,340,995
  106,341,035
  106,341,155
  106,341,451
  106,342,985
  106,342,987
  106,343,078
  106,343,151
  106,347,437
  106,348,716
  106,348,831
  106,348,892
  106,350,517
  106,350,581
  106,350,997
  106,352,090
  106,352,282
  106,352,537
  106,357,783
  106,376,373
  106,384,671
  106,388,545
  106,388,551
  106,388,690
  106,389,358
  106,389,400
  106,389,797
  106,390,023
  106,390,144
  106,392,494
  106,392,963
  106,393,245
  106,393,476
  106,393,657
  106,393,747
  106,393,811
  106,393,854
  106,393,889
  106,393,991
  106,394,597
  106,394,603
  106,394,605
  106,394,624
  106,394,626
  106,394,647
  106,394,663
  106,394,685
  106,394,705
  106,394,712
  106,394,733
  106,394,752
  106,394,754
  106,394,756
  106,394,761
  106,394,796
  106,394,817
  106,394,819
  106,394,823
  106,394,838
  106,394,860
  106,394,936
  106,395,019
  106,395,078
  106,395,634
  106,396,819
  106,397,255
  106,397,550
  106,397,559
  106,398,132
  106,398,228
  106,398,466
  106,398,543
  106,398,557
  106,398,670
  106,398,773
  106,399,029
  106,399,661
  106,399,682
  106,399,768
  106,399,952
  106,400,886
  106,401,044
  106,401,150
  106,401,221
  106,401,581
  106,401,751
  106,401,924
  106,401,938
  106,402,002
  106,402,039
  106,402,098
  106,402,123
  106,402,522
  106,402,578
  106,402,691
  106,402,741
  106,402,791
  106,403,017
  106,403,607
  106,403,924
  106,403,995
  106,404,133
  106,404,280
  106,405,304
  106,406,476
  106,406,497
  106,408,209
  106,408,502
  106,408,518
  106,408,591
  106,408,811
  106,409,476
  106,414,993
  106,417,886
  106,420,254
  106,443,684
  106,449,827
  106,450,690
  106,451,053
  106,451,874
  106,452,000
  106,452,868
  106,453,144
  106,453,484
  106,456,365
  106,460,584
  106,460,674
  106,460,968
  106,463,242
  106,465,421
  106,466,779
  106,467,266
  106,470,631
  106,470,736
  106,471,153
  106,471,248
  106,471,503
  106,471,712
  106,471,955
  106,472,098
  106,472,149
  106,472,157
  106,472,371
  106,472,400
  106,472,546
  106,472,686
  106,473,814
  106,473,910
  106,476,121
  106,476,710
  106,476,807
  106,477,331
  106,477,353
  106,477,482
  106,477,890
  106,477,991
  106,478,028
  106,478,213
  106,478,482
  106,478,506
  106,478,642
  106,478,654
  106,478,708
  106,478,774
  106,479,279
  106,479,514
  106,480,131
  106,483,919
  106,486,845
  106,487,436
  106,491,123
  106,494,693
  106,494,857
  106,495,845
  106,497,772
  106,497,776
  106,497,935
  106,500,679
  106,500,680
  106,503,979
  106,504,269
  106,504,319
  106,505,279
  106,505,929
  106,505,938
  106,506,240
  106,506,383
  106,506,484
  106,506,648
  106,506,708
  106,507,147
  106,507,186
  106,507,342
  106,507,348
  106,507,354
  106,507,435
  106,507,885
  106,508,092
  106,508,127
  106,508,222
  106,508,259
  106,508,287
  106,508,301
  106,508,477
  106,508,631
  106,508,799
  106,508,848
  106,509,326
  106,509,332
  106,509,432
  106,509,834
  106,509,975
  106,510,040
  106,510,041
  106,510,146
  106,510,315
  106,510,339
  106,511,026
  106,511,270
  106,511,837
  106,512,236
  106,512,251
  106,512,255
  106,512,325
  106,512,360
  106,512,554
  106,512,611
  106,512,644
  106,512,657
  106,512,945
  106,513,141
  106,513,517
  106,513,597
  106,514,244
  106,514,245
  106,514,321
  106,514,327
  106,514,921
  106,515,319
  106,516,254
  106,516,755
  106,519,838
  106,520,703
  106,521,525
  106,522,449
  106,522,779
  106,524,448
  106,525,103
  106,525,205
  106,526,103
  106,526,453
  106,527,188
  106,527,920
  106,527,921
  106,528,813
  106,528,917
  106,528,956
  106,529,672
  106,531,425
  106,531,863
  106,533,686
  106,533,799
  106,534,019
  106,534,273
  106,534,364
  106,535,247
  106,535,719
  106,536,034
  106,536,741
  106,536,772
  106,537,293
  106,537,601
  106,537,801
  106,538,451
  106,538,573
  106,539,032
  106,539,135
  106,542,524
  106,542,550
  106,542,629
  106,542,728
  106,542,952
  106,543,385
  106,544,007
  106,544,218
  106,544,368
  106,544,408
  106,544,423
  106,544,532
  106,544,622
  106,544,686
  106,544,872
  106,544,914
  106,545,262
  106,545,506
  106,545,587
  106,545,707
  106,545,888
  106,545,897
  106,546,605
  106,546,609
  106,547,040
  106,547,070
  106,548,133
  106,548,389
  106,548,586
  106,549,178
  106,555,583
  106,558,282
  106,559,948
  106,559,950
  106,560,235
  106,561,489
  106,562,053
  106,562,728
  106,562,897
  106,563,007
  106,563,703
  106,564,268
  106,564,318
  106,564,915
  106,565,068
  106,565,781
  106,566,473
  106,566,549
  106,566,641
  106,567,242
  106,567,408
  106,567,658
  106,567,997
  106,567,999
  106,569,066
  106,569,253
  106,569,950
  106,570,278
  106,571,039
  106,571,834
  106,571,864
  106,571,888
  106,572,283
  106,572,401
  106,572,762
  106,573,366
  106,574,371
  106,574,529
  106,575,581
  106,576,044
  106,576,100
  106,576,616
  106,576,635
  106,576,863
  106,577,542
  106,577,818
  106,578,005
  106,578,170
  106,578,684
  106,579,570
  106,580,286
  106,580,623
  106,580,757
  106,580,832
  106,581,046
  106,581,164
  106,581,448
  106,581,507
  106,581,973
  106,582,122
  106,582,135
  106,582,288
  106,582,357
  106,582,561
  106,582,566
  106,582,707
  106,582,709
  106,582,762
  106,582,829
  106,583,172
  106,583,323
  106,583,408
  106,583,993
  106,584,430
  106,584,607
  106,584,703
  106,585,128
  106,586,097
  106,586,238
  106,587,067
  106,589,399
  106,589,538
  106,593,302
  106,596,054
  106,597,844
  106,598,290
G
T
A
A
C
T
C
C
T
A
G
A/T
A
G
G
T
G
T
T
C
C
T
A
T
A
A
C
T
C
G
G
T
T
G
C/G
G/C
C
T
T
G
C
A
G
A
G
C
C
C
A
A
T
A
A
G
C
G
C
G
A
T
T/G
T
C
C
A
T
T
A
A
C
C
A
A
C
G
T
A
C
A
T
G/A
C/A
A/G
A/C
C/A
T/C
C/T
A/T
A/G
A/C
C/T
A/G
A/C
G/A
A
A
C/A
C
C/T
C
G
A
C
G
A
A
C/T
A/G
A
T
A
G
T
G
G
C
G
C
A
G
T
A
C
C
A
T
A
C
A
C
G
A
T
A
T
G
A/G
G
A
T
A
A
C
A
C
C
G
A/C
T/G
C
G
G
G
A
G
G
C
A
G
A
G
C
G
C
G
C
C
C
C
G/A
T
C
C
A
T
T
G
T
G
A
C
C
C
A
G
T
A
T
G
G
C
A
T
G
G
A
C
C
C
A
T
A
A
C
A
G
G
G
G
G
A/C
A
T
T
G
G
A
C
G
A
G/C
A
T
G
C
A
A
T
C
G
G
C
G
A
C
G
C
T
C
C
G/A
G/A
T
A
A
G
A
C
T
T
C
T
C
A
T
C/A
G/C
C
T
A
T
C
G
A
T
C
C
G/A
A
A
C
A
C
C
A
C
A
G
G
A
G
G
C
A
A
G
G
A
G
T
C
A
T
G
C
G
A
G
A
T
T
A
G
C
A
C
A
C
C
G
T
A
G
T
G
C
G
T
G
T
T
C
A
A
T
A
A
A
A
C
G
G
G
G
A
G
T
A
A
C
G
C
C
G
A
A
C/G
G
C
C/G
C/G
G
T
T
A
G
C
A
A
C
T
T
G
C
G
A
C
G
A
A
G
G
A
T
A
A
C
A
T
G
T
G
G
A
T
C
C
A
T
G
C
T
C
C
A
G
A
C
A
A
T
A
T
C
C
C
T
C
A
T
T
G
C/G
C/G
C
C/G
T
A
A
C
A
G
G
C
T
C
G
T
A
A
A
C
C