Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly Rnor_6.0
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 202,561 (bp)   Positions: 366
Conservation 
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
Rnor 6.0  
DA/OlaHsd (2019) 
1.0
1.0
.998
.001
.001
.882
.223
.0
.001
.002
.005
.296
1.0
.001
1.0
.003
.003
.04
.207
.023
.134
.0
.0
.0
.194
.002
.0
.001
.001
.057
.188
.0
.0
.0
.0
.015
.134
.356
.993
.997
.001
.003
.001
.002
.041
.001
--
--
.283
.955
.98
.0
.004
.013
.512
.986
.0
.0
.001
.001
.511
1.0
.005
.001
.0
.007
.008
.842
.003
.0
.692
1.0
.056
.03
.002
.394
.117
.086
.137
.023
.005
.003
.995
.01
1.0
.063
.777
.161
.069
.0
.014
.004
.002
.172
.167
.001
.002
.0
.51
.627
.0
.021
--
.029
.001
.01
.001
.0
.002
.0
.001
.001
.0
.054
--
--
.452
.0
.002
.0
.029
.001
.003
.034
.0
.002
.0
.956
.441
1.0
.987
.0
.001
.999
.0
.006
.0
.002
.001
.003
.004
.005
.421
.028
.002
.004
.002
.0
.698
.001
1.0
.843
.0
.0
.02
.454
.006
.001
.0
.945
.022
.941
.172
.993
1.0
.242
.988
.001
.007
.132
.0
.032
.0
.0
.615
.109
.108
.002
.0
.0
.001
.421
.005
.074
.014
.028
.0
.002
.002
.106
.001
.014
.017
.013
.0
.007
.947
.002
.002
1.0
.928
.018
.013
.569
.001
.026
.015
.002
.0
.0
.0
.043
.984
1.0
.0
1.0
.647
.011
1.0
.06
1.0
.066
.348
.068
.047
.02
.005
.003
.0
.001
.004
.005
.021
.002
.001
.002
.001
.0
.011
.044
.061
.112
.011
.14
.148
.151
.045
.015
.276
.11
.12
.0
.001
.002
.003
.0
.001
.0
.0
.044
.012
.001
.001
.003
.002
.02
.993
.011
.013
.024
.067
1.0
.025
.0
.004
.002
.008
.002
.003
.001
.0
.002
.94
.017
.0
.0
1.0
.001
.001
.009
.218
.001
.011
.006
.0
.005
.026
.044
.003
.003
.006
.043
.818
.191
.002
.987
.002
.003
.003
.987
.001
.027
.0
.166
.144
.0
.723
.987
1.0
.342
.145
.013
.088
.961
.202
.311
.003
1.0
.753
.0
.707
.984
.011
1.0
.062
.455
.0
.416
.0
.0
.005
.982
.988
.989
1.0
1.0
.998
.535
.007
.0
.004
.004
.735
.005
.001
.0
.038
.047
.035
.022
.062
.104
.017
.0
.0
.991
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
Meis2
-
T
T
G
A
C
-
G
-
C
T
C
C
A
C
3
A
2
2
G
T
T
G
A
G
7
C
G
C
-
G
G
C
A
T
A
-
2
T
T
A
C
C
G
C
G
G
G
-
2
20
A
-
G
T
C
A
G
2
T
T
G
A
-
C
A
A
T
C
T
G
A
C
-
T
2
C
C
C
A
C
-
G
T
A
A
C
A
6
A
T
C
C
T
11
C
T
A
A
T
T
A
G
T
G
2
T
A
C
G
C
C
A
G
G
-
G
T
C
G
-
T
C
T
T
C
G
A
G
A
A
C
A
C
A
G
A
T
T
A
A
-
A
T
C
T
A
-
-
C
T
C
A
T
G
C
T
A
C
A
G
-
G
C
T
C
A
C
A
A
C
-
T
A
-
G
C
C
C
C
C
T
T
G
C
G
G
C
T
T
T
C
C
A
C
T
C
G
-
G
C
T
C
T
A
G
5
T
C
C
G
A
G
G
A
A
A
-
-
A
-
G
T
-
G
T
A
2
-
G
G
T
-
G
2
T
2
2
G
-
C
A
3
2
G
2
G
G
2
-
C
G
C
2
T
2
T
T
G
A
4
T
A
C
T
T
-
C
T
A
G
C
A
A
G
C
T
G
G
G
C
A
T
G
T
C
A
C
C
T
G
C
-
C
15
T
A
T
G
G
T
A
A
C
-
A
G
A
G
C
G
T
5
-
-
-
T
C
A
C
A
T
C
-
T
-
C
G
-
G
-
G
A
G
A
2
G
-
T
T
A
-
G
G
G
T
A
A
C
A
G
-
2
-
C
-
-
-
-
-
-
G
-
C
G
-
  107,560,220
  107,560,775
  107,563,188
  107,564,726
  107,564,827
  107,566,830
  107,569,304
  107,570,869
  107,571,423
  107,571,514
  107,571,748
  107,572,675
  107,573,280
  107,575,867
  107,576,418
  107,578,016
  107,578,020
  107,578,218
  107,578,653
  107,578,833
  107,579,958
  107,583,440
  107,583,441
  107,583,457
  107,583,571
  107,585,341
  107,586,253
  107,586,834
  107,586,901
  107,587,346
  107,587,470
  107,590,133
  107,590,255
  107,590,611
  107,590,676
  107,590,967
  107,593,339
  107,593,717
  107,594,419
  107,595,381
  107,595,692
  107,595,828
  107,595,924
  107,596,021
  107,596,395
  107,596,715
  107,598,713
  107,598,717
  107,599,352
  107,602,385
  107,602,395
  107,603,018
  107,604,371
  107,606,122
  107,606,131
  107,607,761
  107,608,870
  107,610,629
  107,610,633
  107,610,872
  107,611,097
  107,611,179
  107,611,370
  107,611,929
  107,612,326
  107,612,623
  107,612,627
  107,612,849
  107,614,444
  107,615,341
  107,618,723
  107,619,596
  107,622,105
  107,622,109
  107,622,326
  107,623,722
  107,623,844
  107,623,849
  107,623,894
  107,625,638
  107,626,803
  107,626,899
  107,627,690
  107,628,050
  107,628,452
  107,628,504
  107,628,907
  107,628,964
  107,628,977
  107,630,158
  107,630,644
  107,632,464
  107,633,526
  107,633,777
  107,633,779
  107,634,253
  107,634,319
  107,635,877
  107,635,905
  107,638,373
  107,641,106
  107,642,191
  107,643,066
  107,643,210
  107,643,624
  107,644,600
  107,645,044
  107,647,394
  107,647,436
  107,647,948
  107,648,626
  107,649,818
  107,650,527
  107,651,726
  107,652,388
  107,652,400
  107,653,717
  107,654,493
  107,654,779
  107,656,303
  107,656,700
  107,656,801
  107,657,634
  107,657,781
  107,657,896
  107,658,208
  107,658,215
  107,658,463
  107,658,698
  107,658,774
  107,658,962
  107,659,772
  107,660,316
  107,660,533
  107,661,652
  107,662,218
  107,665,321
  107,665,976
  107,666,442
  107,666,443
  107,666,837
  107,666,846
  107,667,882
  107,669,030
  107,669,253
  107,669,984
  107,671,053
  107,672,392
  107,672,742
  107,672,800
  107,673,308
  107,673,362
  107,673,762
  107,674,124
  107,674,308
  107,674,761
  107,675,695
  107,676,296
  107,676,327
  107,676,409
  107,676,900
  107,677,018
  107,677,079
  107,677,598
  107,677,765
  107,677,858
  107,678,246
  107,678,933
  107,679,200
  107,679,537
  107,679,547
  107,679,874
  107,680,424
  107,680,771
  107,681,186
  107,681,210
  107,681,253
  107,681,416
  107,681,428
  107,681,456
  107,681,458
  107,681,904
  107,682,004
  107,682,345
  107,682,625
  107,683,272
  107,684,475
  107,684,526
  107,684,698
  107,684,921
  107,685,547
  107,685,783
  107,686,369
  107,686,406
  107,686,795
  107,687,815
  107,687,844
  107,689,182
  107,689,276
  107,689,886
  107,690,180
  107,690,406
  107,690,443
  107,692,028
  107,692,150
  107,692,246
  107,692,532
  107,692,703
  107,696,624
  107,696,705
  107,697,219
  107,697,263
  107,697,817
  107,697,880
  107,698,215
  107,698,379
  107,699,513
  107,699,545
  107,699,811
  107,699,867
  107,700,529
  107,700,546
  107,700,782
  107,700,788
  107,700,818
  107,700,821
  107,700,826
  107,700,830
  107,700,836
  107,700,840
  107,700,843
  107,700,844
  107,700,852
  107,700,858
  107,700,860
  107,700,885
  107,700,887
  107,700,890
  107,700,897
  107,700,899
  107,700,900
  107,700,904
  107,700,909
  107,700,916
  107,700,918
  107,700,924
  107,700,931
  107,700,954
  107,700,968
  107,700,977
  107,701,004
  107,701,027
  107,701,028
  107,701,032
  107,701,036
  107,701,041
  107,703,027
  107,703,032
  107,703,588
  107,704,464
  107,704,737
  107,705,182
  107,705,197
  107,705,505
  107,705,594
  107,706,039
  107,706,467
  107,707,172
  107,707,798
  107,707,961
  107,707,965
  107,708,075
  107,709,154
  107,709,526
  107,710,396
  107,710,415
  107,710,941
  107,711,000
  107,712,363
  107,713,035
  107,713,060
  107,713,703
  107,713,712
  107,713,778
  107,714,081
  107,714,176
  107,716,999
  107,719,435
  107,720,353
  107,720,863
  107,721,047
  107,721,977
  107,722,279
  107,722,386
  107,722,555
  107,723,051
  107,723,499
  107,723,941
  107,724,076
  107,724,109
  107,724,685
  107,724,776
  107,724,925
  107,725,220
  107,725,837
  107,725,989
  107,726,435
  107,727,072
  107,732,469
  107,733,912
  107,735,426
  107,735,473
  107,736,056
  107,736,233
  107,736,241
  107,737,191
  107,738,785
  107,740,063
  107,741,084
  107,741,860
  107,744,366
  107,744,905
  107,745,618
  107,746,534
  107,746,551
  107,746,696
  107,747,257
  107,747,356
  107,749,151
  107,749,432
  107,750,443
  107,750,447
  107,750,900
  107,751,554
  107,751,853
  107,751,873
  107,753,715
  107,754,301
  107,754,853
  107,755,314
  107,755,625
  107,755,764
  107,755,768
  107,755,772
  107,755,795
  107,755,808
  107,755,906
  107,755,915
  107,756,229
  107,757,515
  107,757,606
  107,759,150
  107,760,052
  107,761,517
  107,761,537
  107,761,542
  107,761,547
  107,761,556
  107,761,563
  107,761,567
  107,761,570
  107,761,587
  107,761,598
  107,761,604
  107,762,063
  107,762,266
T
C
-
T
G
-
2
A
2
T
C
A
T
C
G/5
-
-
-
-
A
-
C
T
C
A
-
T
C
T
11
A
A
T
G
C
G
A
-
C
C
G
T
T
A
A
A
A
A
A
-
-
G
9
A
G
T
G
A
-
A
C
A
C
T
A
G
G
C
A
A
A
G
T
T
G
-
T
-
T
-
T
3
C
C
C
G
T
G
-
C
C
A
A
-
-
T
-
G
T
A
G
G
A
C
T
-
C
G
T
A
T
T
T
T
A
A
T
C
T
A
2
G
A
C
A
T
A
G
C
G
G
G
G
-
A/-
A
C
C
A
G
G
4
G
-
T
C
G
C
A
T
C
T
G
C
T
A
C
C
G
C
A
T
A
T
C
T
G
T
C
C
G
T
C
T
25
A
A
T
G
G
G
C
-
A
T
T
A
G
C
A
C
A
T
G
A
C
G
A
3
A
T
C
T
C
G
C
-
C
T
T
A
G
-
A
C
G
G
2
2
G
A
T
-
A
-
-
-
-
2
T
T
A
T
-
-
A
-
-
T
A
T
-
-
-
C
-
-
A
-
A
-
C
A
-
-
-
A
C
A
G
-
C
G
T
C
C
T
T
C
-
T
T
G
C
A
T
C
C
A
T
T
G
-
A
C
T
G
T
G
C
A
T
G
T
-
C
T
C
C
A
C
T
G
-
A
G
T
C
A
A
-
C
-
2
2
A
A
T
C
T
T
C
T
A
-
T
T
A
T
A
C
T
G
A
G
-
C
T
G
-
A/G
T
A
-
-
-
-
-
T
T
A
G
-
G
-
G
3
G
G
A
T
-
A
A
A
2