Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly Rnor_6.0
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 182,409 (bp)   Positions: 486
Conservation 
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
Rnor 6.0  
LEW/Crl (RGD) 
.001
.003
--
--
--
--
--
.042
.006
.006
.001
.02
.817
.0
.006
.009
.016
.001
.004
.061
.002
.003
.004
.029
.012
.002
.003
.028
.004
.0
.64
.007
.056
.666
.067
.013
.049
.008
.031
.029
.006
.001
.001
.016
.009
.002
.041
.023
.001
--
.002
.004
.076
.026
.049
.094
.002
.024
.247
.038
.552
.191
.003
.08
.131
.474
.012
.073
.017
.086
.059
.007
.002
.035
.021
.017
.0
.002
.0
.026
.002
.002
.01
.009
.006
.003
.002
.0
.117
.005
.014
.007
.0
.007
.007
.0
.008
.109
.027
.021
.006
.008
.001
.114
.006
.002
.003
.007
.012
.015
.017
.012
.024
.16
.129
.001
.003
.098
.344
.913
.041
.019
.056
.002
.002
.003
.001
.004
.0
.001
.003
.0
.014
.936
.074
.005
--
.016
--
.001
.344
.666
.1
.026
.025
.007
.001
.001
.002
.0
.011
.008
.063
.056
.094
.014
.152
.003
.142
.077
.077
.005
.003
.017
.063
.067
.137
.032
.012
.124
.156
.009
.018
.004
--
--
--
--
.006
.006
.004
.005
.003
.078
.008
.005
.007
.52
.002
.003
.387
.291
--
--
--
--
--
--
.395
--
--
--
.004
.008
.037
.04
.028
.058
.001
.596
.15
.011
.007
.047
.078
.028
.005
.001
.008
.001
.022
.043
.002
.016
.013
.001
.022
.015
.001
.003
.014
.002
.002
.004
.0
.782
.105
.008
.003
.108
.04
.173
.139
.071
.073
.02
.012
.18
.006
.034
.211
.145
.073
.162
.0
.0
.004
.097
.001
.004
.001
.0
.003
.002
.001
.001
.0
.001
.0
.003
.0
.0
.105
.071
.002
.001
--
.029
.004
.002
.002
.011
.07
.0
.005
.003
.01
.029
.016
.006
.035
.062
.009
.019
.026
.215
.021
.031
.049
.023
.014
.003
.007
.022
.009
.025
.006
.0
.0
.005
.007
.011
.026
.0
.048
.001
.023
.004
.82
.0
.002
.0
.0
.001
.0
.012
.027
.026
.013
.02
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
.004
.009
.021
.0
.001
.0
.0
.446
.135
.082
--
.009
.001
.049
--
--
--
--
--
--
--
.008
.025
.006
.032
.054
.019
.046
.04
.164
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
.009
.005
.013
.007
.006
.079
.007
--
.033
.03
.004
.023
.003
.004
.011
.556
.001
.078
.002
.002
.0
.0
.889
.045
.001
.121
.0
.028
.001
.004
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
.019
.013
.071
.0
.001
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
.001
.118
.0
.002
.0
.0
.026
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
G
C
G
A
T
A
T
C
A
G
C
G
G
T
G
C
G
A
C
G
T
A
G
C
A
G
A
A
A
C
C
A
C
G
G
A
G
C
T
A
T
C
T
T
A
T
G
C
T
T
G
T
G
T
C
T
G
T
G
A
T
C
C
A
T
T
A
C
C
A
T
T
G
A
T
G
A
T
A
T
T
A
T
T
A
T
C
A
C
A
G
A
G
A
G
G
C
C
C
A
T
C
A
G
G
C
C
C
A
T
A
T
T
A
T
T
C
G
C
T
C
G
T
A
A
G
A
G
T
T
A
C
C
C
A
A
C
T
C
T
T
T
C
T
T
T
G
C
A
A
A
A
C
T
T
G
A
T
T
A
C
T
T
A
C
A
G
G
G
A
A
G
G
C
T
G
C
A
T
C
T
G
A
G
G
G
C
G
G
G
T
G
G
G
C
A
G
C
T
A
G
T
T
A
T
A
C
T
C
G
T
T
C
T
G
G
G
G
A
A
G
G
A
G
G
G
G
T
C
T
C
C
A
C
C
C
T
T
T
A
G
G
G
C
A
G
T
C
G
G
C
A
G
C
G
G
A
A
A
A
C
C
A
G
A
T
G
G
T
C
C
A
A
C
C
T
G
G
A
C
G
G
A
G
A
C
G
C
C
A
G
G
T
C
T
G
G
A
G
G
A
C
C
G
T
C
A
C
G
T
C
A
A
G
A
A
C
C
T
C
T
A
T
A
T
A
G
C
A
C
A
T
A
T
G
C
C
T
A
C
T
T
A
G
C
G
A
A
G
A
A
T
A
A
C
C
C
A
T
T
C
C
G
A
C
G
A
A
C
G
G
C
G
A
G
T
T
G
T
G
G
G
T
A
C
C
G
C
A
C
A
T
C
C
C
T
A
A
T
A
G
A
C
A
A
A
A
G
T
T
T
G
G
A
G
G
A
C
G
T
G
A
T
G
A
T
T
T
G
A
T
A
C
G
C
A
C
C
A
G
G
G
C
C
T
C
A
G
G
A
A
G
C
C
C
G
G
T
C
C
G
T
C
G
A
G
G
T
G
C
G
A
A
G
T
T
G
C
A
G
C
A
T
T
C
G
  27,790,441
  27,790,858
  27,792,040
  27,792,189
  27,793,862
  27,793,915
  27,794,188
  27,795,168
  27,795,287
  27,795,393
  27,796,951
  27,797,151
  27,797,355
  27,797,898
  27,798,064
  27,798,283
  27,798,400
  27,798,428
  27,798,435
  27,798,571
  27,798,711
  27,798,826
  27,798,850
  27,798,936
  27,799,038
  27,799,076
  27,799,336
  27,799,640
  27,799,749
  27,799,884
  27,800,156
  27,800,380
  27,802,495
  27,802,763
  27,802,831
  27,802,915
  27,803,361
  27,803,397
  27,803,415
  27,803,579
  27,803,980
  27,804,008
  27,804,147
  27,804,272
  27,804,324
  27,807,444
  27,808,607
  27,814,050
  27,815,184
  27,819,235
  27,821,615
  27,821,746
  27,822,306
  27,823,317
  27,823,542
  27,823,796
  27,823,901
  27,823,927
  27,824,128
  27,824,405
  27,824,686
  27,824,734
  27,824,942
  27,825,114
  27,825,552
  27,825,562
  27,825,776
  27,825,808
  27,826,126
  27,826,228
  27,826,276
  27,826,457
  27,826,527
  27,826,986
  27,827,458
  27,828,495
  27,828,653
  27,828,785
  27,829,032
  27,830,176
  27,830,265
  27,830,286
  27,830,371
  27,830,391
  27,830,475
  27,830,478
  27,830,534
  27,830,887
  27,831,369
  27,831,389
  27,831,458
  27,831,766
  27,832,373
  27,832,621
  27,832,679
  27,832,730
  27,832,753
  27,832,766
  27,832,820
  27,832,833
  27,832,887
  27,832,923
  27,832,957
  27,833,144
  27,833,235
  27,833,541
  27,833,578
  27,833,586
  27,833,814
  27,833,884
  27,833,886
  27,833,900
  27,833,939
  27,834,117
  27,834,122
  27,834,249
  27,834,661
  27,834,954
  27,835,090
  27,835,305
  27,835,374
  27,835,628
  27,835,767
  27,835,939
  27,836,005
  27,836,041
  27,836,336
  27,836,338
  27,836,485
  27,836,510
  27,836,623
  27,836,888
  27,837,054
  27,837,111
  27,838,520
  27,838,841
  27,839,355
  27,839,596
  27,841,329
  27,844,942
  27,845,301
  27,845,333
  27,845,621
  27,846,152
  27,846,361
  27,846,581
  27,847,087
  27,847,139
  27,847,545
  27,847,662
  27,848,012
  27,848,126
  27,848,208
  27,848,246
  27,848,298
  27,848,667
  27,848,706
  27,848,763
  27,848,825
  27,848,834
  27,848,875
  27,849,008
  27,849,044
  27,849,087
  27,849,284
  27,849,298
  27,849,309
  27,849,479
  27,849,489
  27,849,628
  27,849,640
  27,849,679
  27,849,712
  27,849,772
  27,850,056
  27,850,228
  27,850,254
  27,850,448
  27,850,592
  27,850,597
  27,850,599
  27,850,600
  27,850,649
  27,850,887
  27,851,040
  27,851,044
  27,851,049
  27,851,491
  27,851,695
  27,851,908
  27,852,574
  27,852,831
  27,853,131
  27,853,434
  27,853,492
  27,854,708
  27,854,751
  27,854,755
  27,856,103
  27,856,534
  27,858,523
  27,859,842
  27,861,729
  27,862,983
  27,863,130
  27,863,284
  27,864,704
  27,865,157
  27,865,226
  27,868,451
  27,869,007
  27,869,395
  27,869,405
  27,869,530
  27,869,544
  27,869,607
  27,869,625
  27,869,877
  27,869,880
  27,870,117
  27,870,266
  27,870,406
  27,870,455
  27,870,465
  27,870,515
  27,870,574
  27,870,637
  27,870,707
  27,870,711
  27,870,743
  27,870,815
  27,871,218
  27,871,245
  27,871,247
  27,871,370
  27,871,934
  27,872,063
  27,872,114
  27,872,221
  27,872,487
  27,872,501
  27,872,537
  27,872,727
  27,872,751
  27,872,752
  27,872,804
  27,873,139
  27,873,215
  27,873,269
  27,873,282
  27,873,292
  27,873,306
  27,873,322
  27,873,380
  27,873,594
  27,873,698
  27,873,828
  27,873,872
  27,873,977
  27,874,481
  27,874,867
  27,874,934
  27,874,954
  27,875,208
  27,875,264
  27,875,301
  27,875,305
  27,875,556
  27,875,589
  27,875,687
  27,875,800
  27,876,143
  27,876,724
  27,876,783
  27,876,830
  27,877,219
  27,877,963
  27,879,298
  27,880,021
  27,881,196
  27,881,573
  27,881,613
  27,881,684
  27,881,722
  27,881,905
  27,881,906
  27,881,949
  27,882,798
  27,882,864
  27,883,038
  27,883,134
  27,883,150
  27,883,398
  27,883,404
  27,883,421
  27,884,061
  27,884,122
  27,884,517
  27,884,649
  27,884,707
  27,885,517
  27,885,576
  27,885,674
  27,885,701
  27,885,924
  27,886,600
  27,886,881
  27,887,037
  27,887,131
  27,887,472
  27,887,531
  27,887,556
  27,887,569
  27,887,654
  27,887,928
  27,888,077
  27,888,126
  27,888,139
  27,888,309
  27,888,606
  27,888,698
  27,888,799
  27,888,890
  27,888,957
  27,889,142
  27,889,306
  27,889,339
  27,889,384
  27,889,440
  27,889,454
  27,889,840
  27,890,364
  27,890,401
  27,890,429
  27,890,439
  27,890,651
  27,890,722
  27,890,744
  27,891,158
  27,891,494
  27,891,745
  27,891,759
  27,891,925
  27,892,151
  27,892,245
  27,892,250
  27,892,438
  27,892,584
  27,892,674
  27,892,803
  27,893,595
  27,893,695
  27,894,141
  27,894,317
  27,894,496
  27,894,723
  27,894,748
  27,894,815
  27,894,882
  27,894,947
  27,895,086
  27,902,462
  27,902,883
  27,908,912
  27,909,921
  27,910,226
  27,911,235
  27,914,580
  27,914,677
  27,914,921
  27,915,120
  27,915,172
  27,916,381
  27,916,524
  27,917,268
  27,917,419
  27,917,440
  27,917,686
  27,918,151
  27,918,261
  27,918,351
  27,918,493
  27,918,906
  27,919,100
  27,919,428
  27,919,442
  27,919,661
  27,919,662
  27,919,921
  27,920,443
  27,921,690
  27,922,212
  27,924,776
  27,925,058
  27,925,742
  27,926,738
  27,926,992
  27,927,049
  27,927,129
  27,927,407
  27,927,708
  27,927,880
  27,928,523
  27,930,777
  27,931,087
  27,931,130
  27,931,490
  27,932,112
  27,932,360
  27,932,669
  27,933,253
  27,933,411
  27,933,412
  27,933,458
  27,933,626
  27,933,856
  27,935,645
  27,936,466
  27,937,456
  27,938,179
  27,938,300
  27,938,419
  27,938,420
  27,938,709
  27,939,137
  27,939,979
  27,940,113
  27,940,281
  27,940,316
  27,940,371
  27,940,501
  27,940,598
  27,940,609
  27,942,172
  27,942,240
  27,942,398
  27,942,507
  27,942,512
  27,942,589
  27,942,852
  27,942,886
  27,942,923
  27,943,065
  27,943,677
  27,943,827
  27,944,950
  27,944,951
  27,945,743
  27,947,607
  27,947,775
  27,948,978
  27,949,296
  27,949,477
  27,950,445
  27,952,285
  27,954,440
  27,954,720
  27,954,834
  27,955,033
  27,955,181
  27,955,378
  27,955,437
  27,956,009
  27,956,025
  27,956,201
  27,956,257
  27,956,272
  27,957,512
  27,957,631
  27,957,872
  27,958,294
  27,958,665
  27,958,940
  27,959,248
  27,960,063
  27,960,323
  27,961,167
  27,961,353
  27,961,599
  27,962,204
  27,962,274
  27,963,072
  27,963,249
  27,963,670
  27,963,687
  27,963,841
C
T
C
C
A
T
C
A
C
T
T
C
A
C
A
A
T
G
T
A
C
G
A
T
G
A
C
G
C
T
T
G
T
C
T
G
A
A
C
G
G
G
G
C
C
A
A
T
C
C
A
C
C
C
T
A
A
G
A
C
C
T
A
C
C
C
T
T
T
G
G
C
T
G
C
A
C
C
T
C
G
G
G
C
G
C
T
G
A
G
T
G
A
G
T
A
T
T
T
T
C
A
G
A
A
T
T
T
T
A
G
C
A
G
G
A
G
A
T
G
G
A
A
G
G
C
G
A
G
A
G
G
T
T
C
C
G
G
T
G
C
C
T
C
G
C
A
T
G
T
T
C
G
C
G
A
T
C
C
C
T
C
C
G
T
G
A
A
A
G
G
A
A
T
C
A
G
G
C
T
C
A
G
A
T
C
G
C
A
A
C
A
T
T
A
G
A
T
C
T
A
G
G
G
G
G
T
C
T
A
C
C
T
A
C
A
T
A
T
G
A
A
T
A
A
A
C
C
A
C
T
T
T
A
T
T
G
G
C
T
T
A
A
T
G
A
A
T
A
A
T
G
A
T
C
T
T
C
G
G
T
T
G
A
G
C
A
C
G
T
A
T
G
A
T
C
A
A
G
T
A
T
G
A
C
T
A
A
T
G
A
A
G
A
C
A
T
G
T
A
G
T
T
A
C
A
G
A
A
C
T
G
T
A
T
G
G
A
C
G
A
C
C
G
C
C
T
G
G
A
C
C
G
C
T
T
T
A
C
T
G
G
C
T
T
A
C
G
A
T
C
C
G
C
G
A
A
T
C
C
A
T
C
A/T
A
A
G
T
T
T
A
G
T
G
T
C
C
A
C
A
A
A
C
C
A
T
A
A
C
T
T
A
T
T
T
C
C
G
C
G
A
G
A
C
C
G
G
C
A
G
A
A
T
T
T
A
T
A
C
A
A
G
A
A
G
C
C
C
A
T
C
C
T
A
T
C
A
A
G
A
A
A
G
T
C
T
G
A
A
T
T
A
G
G
T
T
T
C
T
T
A
C
T
A
C
A
A
C
A
T
A
C
C
A
C
C
T
T
C
A
T
T
C
C
G
C