Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly Rnor_6.0
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 531,296 (bp)   Positions: 236
Conservation 
Genes ( + ) 
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
Rnor 6.0  
SBH/Ygl (RGD) 
.0
.781
.005
.024
.001
.001
.005
.075
--
.001
.05
.017
.028
.002
.114
.014
.965
.023
--
.999
--
.138
--
.525
.859
.058
--
--
--
.899
.388
.018
.069
.085
.019
.577
--
.031
.275
.003
--
.006
.101
.002
.001
.373
.013
.21
.0
.08
--
.043
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
.09
.693
--
.033
.003
.324
.013
.03
--
--
.005
--
--
.0
.195
.212
.246
--
--
--
.951
.001
1.0
--
--
--
.028
.147
.038
--
.007
.007
.015
.012
.012
.35
.009
.656
.055
.0
.128
.0
.069
.047
.191
.003
.004
.005
.084
.001
.002
.075
.002
.006
.041
.013
--
--
.15
.232
.018
.001
.0
--
.076
.025
.986
--
.894
.992
.001
.399
.001
.001
.001
--
--
--
--
--
--
--
--
--
.158
.023
.0
.0
.258
.001
.022
.01
.002
.001
.296
.0
.582
.0
.926
.0
.0
.0
.003
.116
.003
.002
.005
.036
.236
.002
.193
.999
.002
.011
.004
.024
.01
.089
.093
.071
.218
--
.003
.77
.698
.04
--
.054
.008
.188
.188
--
--
.097
.001
.088
.001
.0
.012
.035
.019
--
.237
.748
.74
.001
.764
.004
--
--
.027
.013
.001
.336
.003
.0
.046
.002
.0
.0
.182
.029
.021
.046
--
--
--
--
.024
.033
--
.0
Gphn
Gphn
Gphn
Gphn
Gphn
Gphn
Gphn
Gphn
Gphn
Gphn
Gphn
Gphn
Gphn
Gphn
Gphn
Gphn
Gphn
Gphn
Gphn
Gphn
Gphn
Gphn
Gphn
Gphn
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
C
C
C
G
C
C
T
T
A
T
A
G
A
G
T
G
A
A
C
C
G
A
G
G
G
G
C
T
T
T
A
C
T
G
A
T
G
A
G
T
G
T
T
G
A
C
C
A
C
A
T
T
G
T
A
G
T
G
G
T
G
C
T
G
T
A
A
C
T
T
G
C
C
T
T
C
A
G
T
C
C
T
T
C
T
G
T
A
G
A
C
G
A
A
T
A
T
T
A
T
G
T
T
A
T
C
G
C
A
A
G
A
C
A
G
C
G
T
G
C
C
T
T
T
A
T
C
A
T
T
A
T
T
A
C
A
T
G
G
T
T
T
C
T
G
C
C
C
C
T
G
G
G
G
C
C
G
A
G
T
C
A
G
G
A
T
G
A
C
G
G
C
G
A
A
G
T
G
C
T
C
A
G
T
T
C
T
T
T
C
T
G
A
A
C
G
C
G
C
T
A
G
A
G
G
A
C
A
G
T
T
A
A
G
G
T
A
G
A
T
C
C
T
C
C
A
T
G
T
T
C
T
A
C
G
G
  101,328,202
  101,341,049
  101,350,701
  101,350,708
  101,350,755
  101,350,757
  101,350,758
  101,350,849
  101,351,401
  101,357,254
  101,358,996
  101,366,252
  101,367,077
  101,377,078
  101,378,832
  101,383,869
  101,385,823
  101,386,056
  101,386,787
  101,387,993
  101,388,964
  101,391,946
  101,397,472
  101,408,781
  101,409,833
  101,410,480
  101,411,853
  101,411,857
  101,413,252
  101,413,508
  101,413,570
  101,417,002
  101,417,332
  101,417,498
  101,418,146
  101,425,851
  101,428,402
  101,439,752
  101,440,021
  101,440,355
  101,441,157
  101,442,128
  101,442,337
  101,444,926
  101,444,941
  101,445,847
  101,447,001
  101,447,400
  101,448,461
  101,449,752
  101,455,950
  101,459,045
  101,465,346
  101,465,425
  101,465,426
  101,465,617
  101,465,618
  101,465,655
  101,465,877
  101,465,961
  101,465,962
  101,466,252
  101,466,253
  101,466,937
  101,473,443
  101,474,853
  101,477,196
  101,477,224
  101,483,783
  101,483,959
  101,484,093
  101,487,744
  101,492,485
  101,501,447
  101,502,923
  101,503,376
  101,504,685
  101,506,706
  101,507,025
  101,507,026
  101,507,027
  101,508,423
  101,514,918
  101,515,079
  101,515,991
  101,516,131
  101,520,712
  101,522,299
  101,527,831
  101,528,653
  101,528,928
  101,528,951
  101,528,985
  101,531,081
  101,535,341
  101,540,522
  101,540,525
  101,540,749
  101,540,750
  101,545,834
  101,546,985
  101,547,675
  101,548,207
  101,551,962
  101,554,644
  101,554,859
  101,555,026
  101,555,283
  101,555,388
  101,555,602
  101,556,847
  101,556,849
  101,556,910
  101,556,938
  101,556,939
  101,557,833
  101,560,028
  101,562,740
  101,563,380
  101,563,610
  101,564,353
  101,564,868
  101,567,314
  101,569,628
  101,569,865
  101,570,102
  101,570,193
  101,582,715
  101,586,549
  101,588,937
  101,589,192
  101,599,634
  101,603,338
  101,603,436
  101,603,771
  101,605,803
  101,607,100
  101,610,047
  101,613,592
  101,617,998
  101,629,659
  101,629,728
  101,629,949
  101,630,519
  101,630,919
  101,631,346
  101,634,036
  101,635,188
  101,640,541
  101,641,443
  101,641,886
  101,643,387
  101,644,050
  101,646,402
  101,650,459
  101,651,757
  101,652,606
  101,653,042
  101,657,531
  101,663,752
  101,664,139
  101,664,716
  101,665,237
  101,668,533
  101,671,012
  101,671,627
  101,671,764
  101,671,796
  101,671,843
  101,674,560
  101,675,463
  101,676,261
  101,676,922
  101,682,812
  101,683,792
  101,690,551
  101,691,027
  101,691,881
  101,693,155
  101,693,371
  101,694,181
  101,695,681
  101,707,410
  101,708,393
  101,710,792
  101,715,516
  101,717,781
  101,721,376
  101,722,158
  101,727,858
  101,729,478
  101,729,940
  101,731,701
  101,732,023
  101,732,149
  101,744,918
  101,745,389
  101,749,474
  101,751,494
  101,755,062
  101,755,357
  101,766,018
  101,773,668
  101,773,947
  101,774,822
  101,775,725
  101,776,762
  101,781,925
  101,782,574
  101,783,827
  101,785,271
  101,785,298
  101,789,337
  101,789,375
  101,792,543
  101,796,676
  101,796,895
  101,799,458
  101,807,493
  101,810,601
  101,829,466
  101,830,405
  101,830,677
  101,830,857
  101,834,283
  101,835,439
  101,842,112
  101,842,890
  101,844,569
  101,846,427
  101,847,095
  101,848,810
  101,850,954
  101,850,974
  101,851,679
  101,856,863
T
T
T
T
A
A
C
C
T
C
G
A
G
T
A
A
G
G
T
T
A
G
T
T
A
C
T
G
C
C
G
T
C
A
G
C
A
G
T
C
T
G
A
A
G
A
A
G
T
T
C
C
C
A
T
T
A
C
A
G
C
T
C
A
C
G
T
T
C
C
A
T
G
G
G
T
G
A
G
A
A
A
G
T
A
C
C
G
T
G
A
A
C
C
C
T
G
A
T
G
A
C
G
G
G
T
T
G
G
T
T
G
T
G
A
G
A
C
C
A
G
C
C
A
C
C
T
C
C
C
G
C
C
T
T
G
C
A
A
A
C
C
A
C
A
T
G
T
T
C
A
C
T
A
T
T
T
T
A
A
G
T
A
C
G
G
G/A
A/G
C/T
T
A
G
A
T
T
A
G
A
A
G
T
T
T
C
G
G
G
A
A
T
T/C
C
G
C
T
T
T
A
A
A
T
T
T
A
A
T
A
G
A
C
G
G
G
A
C
G
G
A
G
G
T
T
C
T
A
C
G
C
C
C
G
C
C
A
A
A