Imported Disease Annotations - CTDObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Alg11 | Rat | pneumoconiosis | | ISO | ALG11 (Homo sapiens) | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:35506645 | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Imported Disease Annotations - CTDObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Alg11 | Rat | pneumoconiosis | | ISO | ALG11 (Homo sapiens) | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:35506645 | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| # | Reference Title | Reference Citation |
| 1. | Phylogenetic-based propagation of functional annotations within the Gene Ontology consortium. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 2. | OMIM Disease Annotation Pipeline | OMIM Disease Annotation Pipeline |
| 3. | KEGG Annotation Import Pipeline | Pipeline to import KEGG annotations from KEGG into RGD |
| 4. | ClinVar Automated Import and Annotation Pipeline | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 5. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| Alg11 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| ALG11 (Homo sapiens - human) |
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| Alg11 (Mus musculus - house mouse) |
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| Alg11 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| ALG11 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| ALG11 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Alg11 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| ALG11 (Sus scrofa - pig) |
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| ALG11 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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| Alg11 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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| Alg11 (Rattus rattus - black rat) |
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Variants in Alg11
92 total Variants
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| The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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| The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
| RH135299 |
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alimentary part of gastrointestinal system
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appendage
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circulatory system
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ectoderm
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endocrine system
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endoderm
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exocrine system
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hemolymphoid system
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hepatobiliary system
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integumental system
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mesenchyme
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mesoderm
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musculoskeletal system
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nervous system
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renal system
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reproductive system
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respiratory system
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sensory system
|
visual system
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16 | 12 | 67 | 165 | 91 | 90 | 59 | 92 | 59 | 6 | 356 | 192 | 11 | 144 | 81 | 92 | 31 | 17 | 17 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000017164 ⟹ ENSRNOP00000017163 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000097693 ⟹ ENSRNOP00000077202 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | NM_001108401 ⟹ NP_001101871 | ||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | PROVISIONAL | ||||||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||||||
| Position: |
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||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_006253354 ⟹ XP_006253416 | ||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||||||
| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_006253355 ⟹ XP_006253417 | ||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||||||
| Sequence: |
| Protein RefSeqs | NP_001101871 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| XP_006253416 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_006253417 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | EDM08984 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| EDM08985 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000017163 | ||
| ENSRNOP00000017163.4 |
| RefSeq Acc Id: | NP_001101871 ⟸ NM_001108401 |
| - UniProtKB: | D3ZCQ2 (UniProtKB/TrEMBL), A6IW88 (UniProtKB/TrEMBL), A6IW87 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XP_006253416 ⟸ XM_006253354 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - UniProtKB: | A6IW87 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XP_006253417 ⟸ XM_006253355 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - UniProtKB: | A6IW87 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000017163 ⟸ ENSRNOT00000017164 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000077202 ⟸ ENSRNOT00000097693 |
| Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
| AF-D3ZCQ2-F1-model_v2 | AlphaFold | D3ZCQ2 | 1-430 | view protein structure |
| eQTL | View at Phenogen | |
| WGCNA | View at Phenogen | |
| Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
| RGD ID: | 13700194 | ||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R10718 | ||||||||
| Type: | single initiation site | ||||||||
| Name: | Alg11_1 | ||||||||
| Description: | ALG11, alpha-1,2-mannosyltransferase | ||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
| Position: |
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| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:1564725 | AgrOrtholog |
| BioCyc Gene | G2FUF-10859 | BioCyc |
| BioCyc Pathway | MANNOSYL-CHITO-DOLICHOL-BIOSYNTHESIS [protein N-glycosylation initial phase (eukaryotic)] | BioCyc |
| BioCyc Pathway Image | MANNOSYL-CHITO-DOLICHOL-BIOSYNTHESIS | BioCyc |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000012841 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000017164 | ENTREZGENE |
| ENSRNOT00000017164.6 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Gene3D-CATH | Glycogen Phosphorylase B | UniProtKB/TrEMBL |
| InterPro | ALG11 | UniProtKB/TrEMBL |
| ALG11_N | UniProtKB/TrEMBL | |
| Glyco_trans_1 | UniProtKB/TrEMBL | |
| KEGG Report | rno:361174 | UniProtKB/TrEMBL |
| NCBI Gene | 361174 | ENTREZGENE |
| PANTHER | GDP-MAN:MAN(3)GLCNAC(2)-PP-DOL ALPHA-1,2-MANNOSYLTRANSFERASE | UniProtKB/TrEMBL |
| PTHR45919 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Pfam | ALG11_N | UniProtKB/TrEMBL |
| Glycos_transf_1 | UniProtKB/TrEMBL | |
| PhenoGen | Alg11 | PhenoGen |
| RatGTEx | ENSRNOG00000012841 | RatGTEx |
| Superfamily-SCOP | UDP-Glycosyltransferase/glycogen phosphorylase | UniProtKB/TrEMBL |
| UniProt | A6IW87 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| A6IW88 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| D3ZCQ2 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2013-02-27 | Alg11 | ALG11, alpha-1,2-mannosyltransferase | Alg11 | asparagine-linked glycosylation 11, alpha-1,2-mannosyltransferase homolog (yeast) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2009-02-04 | Alg11 | asparagine-linked glycosylation 11, alpha-1,2-mannosyltransferase homolog (yeast) | Alg11 | asparagine-linked glycosylation 11 homolog (yeast, alpha-1,2-mannosyltransferase) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2008-07-02 | Alg11 | asparagine-linked glycosylation 11 homolog (yeast, alpha-1,2-mannosyltransferase) | Alg11 | asparagine-linked glycosylation 11 homolog (S. cerevisiae, alpha-1,2-mannosyltransferase) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2008-03-07 | Alg11 | asparagine-linked glycosylation 11 homolog (S. cerevisiae, alpha-1,2-mannosyltransferase) | RGD1564725_predicted | similar to hypothetical protein B230397C21 (predicted) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2006-03-07 | RGD1564725_predicted | similar to hypothetical protein B230397C21 (predicted) | LOC361174 | similar to hypothetical protein B230397C21 | Symbol and Name status set to approved | 1299863 | APPROVED |
| 2006-02-09 | LOC361174 | similar to hypothetical protein B230397C21 | Symbol and Name status set to provisional | 70820 | PROVISIONAL |