Imported Disease Annotations - OMIMObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Vps37a | Rat | hereditary spastic paraplegia 53 | | ISO | VPS37A (Homo sapiens) | 7240710 | | OMIM | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Imported Disease Annotations - OMIMObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Vps37a | Rat | hereditary spastic paraplegia 53 | | ISO | VPS37A (Homo sapiens) | 7240710 | | OMIM | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| # | Reference Title | Reference Citation |
| 1. | Phylogenetic-based propagation of functional annotations within the Gene Ontology consortium. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 2. | OMIM Disease Annotation Pipeline | OMIM Disease Annotation Pipeline |
| 3. | KEGG Annotation Import Pipeline | Pipeline to import KEGG annotations from KEGG into RGD |
| 4. | ClinVar Automated Import and Annotation Pipeline | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 5. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| 6. | Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences. | Strausberg RL, etal., Proc Natl Acad Sci U S A. 2002 Dec 24;99(26):16899-903. Epub 2002 Dec 11. |
| Vps37a (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| VPS37A (Homo sapiens - human) |
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| Vps37a (Mus musculus - house mouse) |
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| Vps37a (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| VPS37A (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| VPS37A (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Vps37a (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| VPS37A (Sus scrofa - pig) |
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| VPS37A (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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| Vps37a (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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| Vps37a (Rattus rattus - black rat) |
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Variants in Vps37a
291 total Variants
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| The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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| The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
| D16Got55 |
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alimentary part of gastrointestinal system
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appendage
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circulatory system
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ectoderm
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endocrine system
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endoderm
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exocrine system
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hemolymphoid system
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hepatobiliary system
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integumental system
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mesenchyme
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mesoderm
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musculoskeletal system
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nervous system
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renal system
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reproductive system
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respiratory system
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sensory system
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visual system
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16 | 12 | 67 | 164 | 91 | 90 | 59 | 92 | 59 | 6 | 356 | 192 | 11 | 143 | 81 | 92 | 31 | 17 | 17 |
| RefSeq Transcripts | NM_001024867 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| XM_008771289 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_039094386 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_063275235 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_063275236 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XR_596484 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | AC111946 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| BC098069 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CH473995 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| FQ232149 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| JAXUCZ010000016 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000016321 ⟹ ENSRNOP00000016321 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
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| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000093996 ⟹ ENSRNOP00000085018 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000143726 ⟹ ENSRNOP00000103212 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | NM_001024867 ⟹ NP_001020038 | ||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | PROVISIONAL | ||||||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||||||
| Position: |
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| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_008771289 ⟹ XP_008769511 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||
| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_039094386 ⟹ XP_038950314 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | XM_063275235 ⟹ XP_063131305 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | XM_063275236 ⟹ XP_063131306 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | XR_596484 | ||||||||||||||||
| Type: | NON-CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
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||||||||||||||||
| Sequence: |
| Protein RefSeqs | NP_001020038 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| XP_008769511 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_038950314 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_063131305 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_063131306 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | AAH98069 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| EDL78816 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDL78817 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDL78818 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDL78819 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000016321 | ||
| ENSRNOP00000016321.5 | |||
| ENSRNOP00000085018 | |||
| ENSRNOP00000085018.1 | |||
| ENSRNOP00000103212.1 |
| RefSeq Acc Id: | NP_001020038 ⟸ NM_001024867 |
| - UniProtKB: | Q4V794 (UniProtKB/TrEMBL), A6JPV3 (UniProtKB/TrEMBL), F7FHB3 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XP_008769511 ⟸ XM_008771289 |
| - Peptide Label: | isoform X2 |
| - UniProtKB: | A0A8I6GCD4 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000016321 ⟸ ENSRNOT00000016321 |
| RefSeq Acc Id: | XP_038950314 ⟸ XM_039094386 |
| - Peptide Label: | isoform X3 |
| - UniProtKB: | A6JPV5 (UniProtKB/TrEMBL) |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000085018 ⟸ ENSRNOT00000093996 |
| RefSeq Acc Id: | XP_063131306 ⟸ XM_063275236 |
| - Peptide Label: | isoform X2 |
| - UniProtKB: | A0A8I6GCD4 (UniProtKB/TrEMBL) |
| RefSeq Acc Id: | XP_063131305 ⟸ XM_063275235 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - UniProtKB: | A6JPV3 (UniProtKB/TrEMBL), F7FHB3 (UniProtKB/TrEMBL), Q4V794 (UniProtKB/TrEMBL) |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000103212 ⟸ ENSRNOT00000143726 |
| Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
| AF-Q4V794-F1-model_v2 | AlphaFold | Q4V794 | 1-398 | view protein structure |
| eQTL | View at Phenogen | |
| WGCNA | View at Phenogen | |
| Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
| RGD ID: | 13700122 | ||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R10646 | ||||||||
| Type: | initiation region | ||||||||
| Name: | Vps37a_1 | ||||||||
| Description: | VPS37A, ESCRT-I subunit | ||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
| Position: |
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| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:1560016 | AgrOrtholog |
| BioCyc Gene | G2FUF-11244 | BioCyc |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000012001 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000016321 | ENTREZGENE |
| ENSRNOT00000016321.7 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000093996 | ENTREZGENE | |
| ENSRNOT00000093996.2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000143726.1 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Gene3D-CATH | 1.10.287.660 | UniProtKB/TrEMBL |
| 3.10.110.10 | UniProtKB/TrEMBL | |
| IMAGE_CLONE | IMAGE:7444656 | IMAGE-MGC_LOAD |
| InterPro | ESCRT_assembly_dom | UniProtKB/TrEMBL |
| Helix_hairpin_bin_sf | UniProtKB/TrEMBL | |
| Mod_r | UniProtKB/TrEMBL | |
| UBQ-conjugat/RWD-like | UniProtKB/TrEMBL | |
| KEGG Report | rno:290775 | UniProtKB/TrEMBL |
| MGC_CLONE | MGC:116266 | IMAGE-MGC_LOAD |
| NCBI Gene | 290775 | ENTREZGENE |
| PANTHER | VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 37 | UniProtKB/TrEMBL |
| VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 37A | UniProtKB/TrEMBL | |
| Pfam | Mod_r | UniProtKB/TrEMBL |
| PhenoGen | Vps37a | PhenoGen |
| PROSITE | VPS37_C | UniProtKB/TrEMBL |
| RatGTEx | ENSRNOG00000012001 | RatGTEx |
| Superfamily-SCOP | SSF140111 | UniProtKB/TrEMBL |
| UBQ-conjugat/RWD-like | UniProtKB/TrEMBL | |
| UniProt | A0A8I6GCD4 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| A0ABK0L2W8_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| A6JPV3 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| A6JPV5 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| F7FHB3 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| Q4V794 | ENTREZGENE | |
| UniProt Secondary | Q4V794 | UniProtKB/TrEMBL |
| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2019-04-02 | Vps37a | VPS37A subunit of ESCRT-I | Vps37a | VPS37A, ESCRT-I subunit | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2016-03-08 | Vps37a | VPS37A, ESCRT-I subunit | Vps37a | vacuolar protein sorting 37 homolog A (S. cerevisiae) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2008-03-11 | Vps37a | vacuolar protein sorting 37 homolog A (S. cerevisiae) | Vps37a | vacuolar protein sorting 37A (S. cerevisiae) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2008-03-06 | Vps37a | vacuolar protein sorting 37A (S. cerevisiae) | MGC116266 | similar to DNA segment, Chr 8, ERATO Doi 531, expressed | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2006-02-09 | MGC116266 | similar to DNA segment, Chr 8, ERATO Doi 531, expressed | Symbol and Name status set to provisional | 70820 | PROVISIONAL |