Imported Disease Annotations - OMIMObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Ube2a | Rat | syndromic X-linked intellectual disability Nascimento type | | ISO | UBE2A (Homo sapiens) | 7240710 | | OMIM | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Imported Disease Annotations - OMIMObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Ube2a | Rat | syndromic X-linked intellectual disability Nascimento type | | ISO | UBE2A (Homo sapiens) | 7240710 | | OMIM | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| # | Reference Title | Reference Citation |
| 1. | Phylogenetic-based propagation of functional annotations within the Gene Ontology consortium. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 2. | Localization of two human homologs, HHR6A and HHR6B, of the yeast DNA repair gene RAD6 to chromosomes Xq24-q25 and 5q23-q31. | Koken MH, etal., Genomics 1992 Mar;12(3):447-53. |
| 3. | Rat ISS GO annotations from MGI mouse gene data--August 2006 | MGD data from the GO Consortium |
| 4. | OMIM Disease Annotation Pipeline | OMIM Disease Annotation Pipeline |
| 5. | KEGG Annotation Import Pipeline | Pipeline to import KEGG annotations from KEGG into RGD |
| 6. | GOA pipeline | RGD automated data pipeline |
| 7. | ClinVar Automated Import and Annotation Pipeline | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 8. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| 9. | Comprehensive gene review and curation | RGD comprehensive gene curation |
| 10. | Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences. | Strausberg RL, etal., Proc Natl Acad Sci U S A. 2002 Dec 24;99(26):16899-903. Epub 2002 Dec 11. |
| PMID:1717990 | PMID:10908344 | PMID:11953320 | PMID:15169909 | PMID:15383616 | PMID:15657431 | PMID:16144832 | PMID:17462990 | PMID:19410543 | PMID:20061386 | PMID:25023518 | PMID:27869233 |
| Ube2a (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| UBE2A (Homo sapiens - human) |
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| Ube2a (Mus musculus - house mouse) |
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| Ube2a (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| UBE2A (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| UBE2A (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Ube2a (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| UBE2A (Sus scrofa - pig) |
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| UBE2A (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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| Ube2a (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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| Ube2a (Rattus rattus - black rat) |
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Variants in Ube2a
16 total Variants
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| The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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| The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
| AI171612 |
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alimentary part of gastrointestinal system
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appendage
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circulatory system
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ectoderm
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endocrine system
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endoderm
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exocrine system
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hemolymphoid system
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hepatobiliary system
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integumental system
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mesenchyme
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mesoderm
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musculoskeletal system
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nervous system
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renal system
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reproductive system
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respiratory system
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sensory system
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visual system
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16 | 12 | 67 | 165 | 91 | 90 | 59 | 92 | 59 | 6 | 356 | 192 | 11 | 144 | 81 | 92 | 31 | 17 | 17 |
| RefSeq Transcripts | NM_001013933 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| NM_001433955 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_006257446 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | BC079353 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| CH473991 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| JAXUCZ010000021 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000061455 ⟹ ENSRNOP00000058174 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
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| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000083861 ⟹ ENSRNOP00000074590 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000093991 ⟹ ENSRNOP00000079085 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000095689 ⟹ ENSRNOP00000083669 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000111044 ⟹ ENSRNOP00000088675 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | NM_001013933 ⟹ NP_001013955 | ||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||||||
| Position: |
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| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_006257446 ⟹ XP_006257508 | ||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||||||
| Sequence: |
| Protein RefSeqs | NP_001013955 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| NP_001420884 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_006257508 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | AAH79353 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| EDM10826 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDM10827 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDM10828 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000058174.3 | ||
| ENSRNOP00000074590.3 | |||
| ENSRNOP00000079085.2 | |||
| ENSRNOP00000083669.1 | |||
| ENSRNOP00000088675 | |||
| ENSRNOP00000088675.1 |
| RefSeq Acc Id: | NP_001013955 ⟸ NM_001013933 |
| - UniProtKB: | Q6AXR9 (UniProtKB/TrEMBL), A0A8I6A8J6 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XP_006257508 ⟸ XM_006257446 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - Sequence: |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000058174 ⟸ ENSRNOT00000061455 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000074590 ⟸ ENSRNOT00000083861 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000083669 ⟸ ENSRNOT00000095689 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000088675 ⟸ ENSRNOT00000111044 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000079085 ⟸ ENSRNOT00000093991 |
| Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
| AF-Q6AXR9-F1-model_v2 | AlphaFold | Q6AXR9 | 1-162 | view protein structure |
| eQTL | View at Phenogen | |
| WGCNA | View at Phenogen | |
| Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
| RGD ID: | 13701984 | ||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R12508 | ||||||||
| Type: | initiation region | ||||||||
| Name: | Ube2a_1 | ||||||||
| Description: | ubiquitin-conjugating enzyme E2A | ||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
| Position: |
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| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:1359534 | AgrOrtholog |
| BioCyc Gene | G2FUF-1303 | BioCyc |
| BioCyc Pathway | PWY-7511 [protein ubiquitination] | BioCyc |
| BioCyc Pathway Image | PWY-7511 | BioCyc |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000039985 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000061455.7 | UniProtKB/TrEMBL |
| ENSRNOT00000083861.4 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000093991.2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000095689.2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000111044 | ENTREZGENE | |
| ENSRNOT00000111044.2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Gene3D-CATH | 3.10.110.10 | UniProtKB/TrEMBL |
| IMAGE_CLONE | IMAGE:7108236 | IMAGE-MGC_LOAD |
| InterPro | Ub_conjugating_enzyme | UniProtKB/TrEMBL |
| UBQ-conjugat/RWD-like | UniProtKB/TrEMBL | |
| UBQ-conjugat_E2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| UBQ-conjugating_AS | UniProtKB/TrEMBL | |
| KEGG Report | rno:298317 | UniProtKB/TrEMBL |
| MGC_CLONE | MGC:94810 | IMAGE-MGC_LOAD |
| NCBI Gene | 298317 | ENTREZGENE |
| PANTHER | UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2 | UniProtKB/TrEMBL |
| Pfam | UQ_con | UniProtKB/TrEMBL |
| PhenoGen | Ube2a | PhenoGen |
| PROSITE | UBIQUITIN_CONJUGAT_1 | UniProtKB/TrEMBL |
| UBIQUITIN_CONJUGAT_2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| RatGTEx | ENSRNOG00000039985 | RatGTEx |
| SMART | UBCc | UniProtKB/TrEMBL |
| Superfamily-SCOP | UBQ-conjugat/RWD-like | UniProtKB/TrEMBL |
| UniProt | A0A0G2K8F7 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| A0A8I5ZMP8_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| A0A8I5ZX28_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| A0A8I6A8J6 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| A6JMG4 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| A6JMG5_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| A6JMG6_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| F7EWP1_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| Q6AXR9 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2011-08-01 | Ube2a | ubiquitin-conjugating enzyme E2A | Ube2a | ubiquitin-conjugating enzyme E2A (RAD6 homolog) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2010-05-05 | Ube2a | ubiquitin-conjugating enzyme E2A (RAD6 homolog) | Ube2a | ubiquitin-conjugating enzyme E2A | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2010-02-25 | Ube2a | ubiquitin-conjugating enzyme E2A | Ube2a | ubiquitin-conjugating enzyme E2A, RAD6 homolog (S. cerevisiae) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2006-03-30 | Ube2a | ubiquitin-conjugating enzyme E2A, RAD6 homolog (S. cerevisiae) | LOC298317 | similar to ubiquitin-conjugating enzyme HR6A | Symbol and Name updated | 1299863 | APPROVED |
| 2005-07-29 | LOC298317 | similar to ubiquitin-conjugating enzyme HR6A | Symbol and Name status set to provisional | 70820 | PROVISIONAL |