Imported Disease Annotations - CTDObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Slc39a5 | Rat | retinitis pigmentosa 1 | | ISO | SLC39A5 (Homo sapiens) | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Imported Disease Annotations - CTDObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Slc39a5 | Rat | retinitis pigmentosa 1 | | ISO | SLC39A5 (Homo sapiens) | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| # | Reference Title | Reference Citation |
| 1. | Phylogenetic-based propagation of functional annotations within the Gene Ontology consortium. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 2. | Rat ISS GO annotations from MGI mouse gene data--August 2006 | MGD data from the GO Consortium |
| 3. | ClinVar Automated Import and Annotation Pipeline | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 4. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| Slc39a5 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| SLC39A5 (Homo sapiens - human) |
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| Slc39a5 (Mus musculus - house mouse) |
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| Slc39a5 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| SLC39A5 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| SLC39A5 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Slc39a5 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| SLC39A5 (Sus scrofa - pig) |
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| SLC39A5 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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| Slc39a5 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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| Slc39a5 (Rattus rattus - black rat) |
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Variants in Slc39a5
40 total Variants
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| The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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| The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
| RH139678 |
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| RH140104 |
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alimentary part of gastrointestinal system
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appendage
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circulatory system
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ectoderm
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endocrine system
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endoderm
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exocrine system
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hemolymphoid system
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hepatobiliary system
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integumental system
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mesenchyme
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mesoderm
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musculoskeletal system
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nervous system
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renal system
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reproductive system
|
respiratory system
|
sensory system
|
visual system
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16 | 12 | 67 | 160 | 91 | 90 | 59 | 92 | 59 | 6 | 356 | 192 | 11 | 139 | 81 | 92 | 31 | 17 | 17 |
| RefSeq Transcripts | NM_001108728 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| XM_006240760 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_006240761 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_006240762 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_006240763 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_006240764 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_006240766 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_006240767 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_008765027 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_008765028 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_039079368 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_039079369 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_039079370 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_063263700 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_063263701 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XR_005486653 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XR_005486654 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | CH474104 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| FQ220010 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| JAXUCZ010000007 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000045547 ⟹ ENSRNOP00000042922 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000151850 ⟹ ENSRNOP00000110443 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | NM_001108728 ⟹ NP_001102198 | ||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_039079368 ⟹ XP_038935296 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | XM_039079369 ⟹ XP_038935297 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | XM_039079370 ⟹ XP_038935298 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | XM_063263700 ⟹ XP_063119770 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | XM_063263701 ⟹ XP_063119771 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | XR_005486653 | ||||||||||||
| Type: | NON-CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | XR_005486654 | ||||||||||||
| Type: | NON-CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| Protein RefSeqs | NP_001102198 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| XP_038935296 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_038935297 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_038935298 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_063119770 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_063119771 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | EDL84862 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| EDL84863 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDL84864 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000042922 | ||
| ENSRNOP00000042922.4 | |||
| ENSRNOP00000110443.1 |
| RefSeq Acc Id: | NP_001102198 ⟸ NM_001108728 |
| - Peptide Label: | precursor |
| - UniProtKB: | D3ZSF7 (UniProtKB/TrEMBL), A6KSC9 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000042922 ⟸ ENSRNOT00000045547 |
| RefSeq Acc Id: | XP_038935296 ⟸ XM_039079368 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - UniProtKB: | D3ZSF7 (UniProtKB/TrEMBL), A6KSC9 (UniProtKB/TrEMBL) |
| RefSeq Acc Id: | XP_038935298 ⟸ XM_039079370 |
| - Peptide Label: | isoform X3 |
| RefSeq Acc Id: | XP_038935297 ⟸ XM_039079369 |
| - Peptide Label: | isoform X2 |
| RefSeq Acc Id: | XP_063119770 ⟸ XM_063263700 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| RefSeq Acc Id: | XP_063119771 ⟸ XM_063263701 |
| - Peptide Label: | isoform X4 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000110443 ⟸ ENSRNOT00000151850 |
| Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
| AF-D3ZSF7-F1-model_v2 | AlphaFold | D3ZSF7 | 1-533 | view protein structure |
| eQTL | View at Phenogen | |
| WGCNA | View at Phenogen | |
| Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
| RGD ID: | 13694935 | ||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R5460 | ||||||||
| Type: | single initiation site | ||||||||
| Name: | Slc39a5_1 | ||||||||
| Description: | solute carrier family 39 member 5 | ||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
| Position: |
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| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:1310322 | AgrOrtholog |
| BioCyc Gene | G2FUF-35373 | BioCyc |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000033361 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000045547 | ENTREZGENE |
| ENSRNOT00000045547.6 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000151850.1 | UniProtKB/TrEMBL | |
| InterPro | ZIP | UniProtKB/TrEMBL |
| ZIP_Transporter | UniProtKB/TrEMBL | |
| KEGG Report | rno:362812 | UniProtKB/TrEMBL |
| NCBI Gene | 362812 | ENTREZGENE |
| PANTHER | SOLUTE CARRIER FAMILY 39 | UniProtKB/TrEMBL |
| ZINC TRANSPORTER ZIP5 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Pfam | Zip | UniProtKB/TrEMBL |
| PhenoGen | Slc39a5 | PhenoGen |
| RatGTEx | ENSRNOG00000033361 | RatGTEx |
| UniProt | A0ABK0LXM8_RAT | UniProtKB/TrEMBL |
| A6KSC9 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| D3ZSF7 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2016-02-24 | Slc39a5 | solute carrier family 39 member 5 | Slc39a5 | solute carrier family 39 (zinc transporter), member 5 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2013-08-02 | Slc39a5 | solute carrier family 39 (zinc transporter), member 5 | Slc39a5 | solute carrier family 39 (metal ion transporter), member 5 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2008-04-30 | Slc39a5 | solute carrier family 39 (metal ion transporter), member 5 | Slc39a5_predicted | solute carrier family 39 (metal ion transporter), member 5 (predicted) | 'predicted' is removed | 2292626 | APPROVED |
| 2005-01-12 | Slc39a5_predicted | solute carrier family 39 (metal ion transporter), member 5 (predicted) | Symbol and Name status set to approved | 70820 | APPROVED |