Imported Disease Annotations - OMIMObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Cadm3 | Rat | Charcot-Marie-Tooth Disease Axonal Type 2FF | | ISO | CADM3 (Homo sapiens) | 7240710 | | OMIM | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
Imported Disease Annotations - OMIMObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Cadm3 | Rat | Charcot-Marie-Tooth Disease Axonal Type 2FF | | ISO | CADM3 (Homo sapiens) | 7240710 | | OMIM | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
|
|
|
|
| # | Reference Title | Reference Citation |
| 1. | SynCAMs organize synapses through heterophilic adhesion. | Fogel AI, etal., J Neurosci. 2007 Nov 14;27(46):12516-30. |
| 2. | Phylogenetic-based propagation of functional annotations within the Gene Ontology consortium. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 3. | Rat ISS GO annotations from MGI mouse gene data--August 2006 | MGD data from the GO Consortium |
| 4. | GOA pipeline | RGD automated data pipeline |
| 5. | ClinVar Automated Import and Annotation Pipeline | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 6. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| PMID:12477932 | PMID:12826663 | PMID:15741237 | PMID:15893517 | PMID:16773244 | PMID:17724124 | PMID:18686604 | PMID:21700703 | PMID:22871113 |
| Cadm3 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CADM3 (Homo sapiens - human) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cadm3 (Mus musculus - house mouse) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cadm3 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CADM3 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CADM3 (Canis lupus familiaris - dog) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cadm3 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CADM3 (Sus scrofa - pig) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CADM3 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cadm3 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cadm3 (Rattus rattus - black rat) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
.
Variants in Cadm3
721 total Variants
|
| The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
||||||||
| The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
| RH133255 |
|
|
alimentary part of gastrointestinal system
|
appendage
|
circulatory system
|
ectoderm
|
endocrine system
|
endoderm
|
exocrine system
|
hemolymphoid system
|
hepatobiliary system
|
integumental system
|
mesenchyme
|
mesoderm
|
musculoskeletal system
|
nervous system
|
renal system
|
reproductive system
|
respiratory system
|
sensory system
|
visual system
|
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16 | 12 | 67 | 163 | 91 | 90 | 59 | 79 | 59 | 6 | 335 | 179 | 11 | 142 | 73 | 92 | 31 | 17 | 17 |
| RefSeq Transcripts | NM_001047103 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| NM_001412817 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | BC161811 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| CH473985 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| DQ272743 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| JAXUCZ010000013 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000004613 ⟹ ENSRNOP00000004613 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000079263 ⟹ ENSRNOP00000074496 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000097938 ⟹ ENSRNOP00000083207 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000099664 ⟹ ENSRNOP00000091652 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | NM_001047103 ⟹ NP_001040568 | ||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | NM_001412817 ⟹ NP_001399746 | ||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| Protein RefSeqs | NP_001040568 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| NP_001399746 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | AAI61811 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| ABB85362 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDL94742 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDL94743 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000004613 | ||
| ENSRNOP00000091652 | |||
| GenBank Protein | Q1WIM3 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| RefSeq Acc Id: | NP_001040568 ⟸ NM_001047103 |
| - Peptide Label: | isoform 2 precursor |
| - UniProtKB: | Q1WIM3 (UniProtKB/Swiss-Prot), A0A8L2UHK9 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000074496 ⟸ ENSRNOT00000079263 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000004613 ⟸ ENSRNOT00000004613 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000083207 ⟸ ENSRNOT00000097938 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000091652 ⟸ ENSRNOT00000099664 |
| RefSeq Acc Id: | NP_001399746 ⟸ NM_001412817 |
| - Peptide Label: | isoform 1 precursor |
| - UniProtKB: | A0A8I6ACH5 (UniProtKB/TrEMBL) |
| Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
| AF-Q1WIM3-F1-model_v2 | AlphaFold | Q1WIM3 | 1-396 | view protein structure |
| eQTL | View at Phenogen | |
| WGCNA | View at Phenogen | |
| Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
| RGD ID: | 13699043 | ||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R9562 | ||||||||
| Type: | multiple initiation site | ||||||||
| Name: | Cadm3_1 | ||||||||
| Description: | cell adhesion molecule 3 | ||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
| Position: |
|
| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:1307035 | AgrOrtholog |
| BioCyc Gene | G2FUF-17276 | BioCyc |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000003365 | Ensembl, ENTREZGENE |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000004613 | ENTREZGENE |
| ENSRNOT00000099664 | ENTREZGENE | |
| Gene3D-CATH | 2.60.40.10 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| IMAGE_CLONE | IMAGE:7317639 | IMAGE-MGC_LOAD |
| InterPro | CD80_C2-set | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Ig-like_dom | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Ig-like_dom_sf | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Ig-like_fold | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Ig_sub | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Ig_sub2 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Ig_V-set | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Neurexin-like | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| KEGG Report | rno:360882 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| MGC_CLONE | MGC:187244 | IMAGE-MGC_LOAD |
| NCBI Gene | 360882 | ENTREZGENE |
| PANTHER | CELL ADHESION MOLECULE 3 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| IG-LIKE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Pfam | C2-set_2 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Ig_3 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| V-set | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| PhenoGen | Cadm3 | PhenoGen |
| PROSITE | IG_LIKE | UniProtKB/Swiss-Prot |
| RatGTEx | ENSRNOG00000003365 | RatGTEx |
| SMART | 4.1m | UniProtKB/Swiss-Prot |
| IGc2 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| SM00409 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Superfamily-SCOP | SSF48726 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| UniProt | A0A0G2K872_RAT | UniProtKB/TrEMBL |
| A0A8I5ZWI1_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| A0A8I6ACH5 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| A0A8L2UHK9 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| CADM3_RAT | UniProtKB/Swiss-Prot, ENTREZGENE |
| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2008-03-04 | Cadm3 | cell adhesion molecule 3 | Igsf4b_predicted | immunoglobulin superfamily, member 4B (predicted) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2005-01-12 | Igsf4b_predicted | immunoglobulin superfamily, member 4B (predicted) | Symbol and Name status set to approved | 70820 | APPROVED |