Imported Disease Annotations - CTDObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Tep1 | Rat | Lung Neoplasms | | ISO | TEP1 (Homo sapiens) | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:11323394 | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Imported Disease Annotations - CTDObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Tep1 | Rat | Lung Neoplasms | | ISO | TEP1 (Homo sapiens) | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:11323394 | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| # | Reference Title | Reference Citation |
| 1. | Phylogenetic-based propagation of functional annotations within the Gene Ontology consortium. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 2. | Rat ISS GO annotations from GOA human gene data--August 2006 | GOA data from the GO Consortium |
| 3. | Two genetic variants in telomerase-associated protein 1 are associated with stomach cancer risk. | Jin DH, etal., J Hum Genet. 2016 Oct;61(10):885-889. doi: 10.1038/jhg.2016.71. Epub 2016 Jun 16. |
| 4. | Prognostic impact of telomere maintenance gene polymorphisms on hepatocellular carcinoma patients with chronic hepatitis B. | Jung SW, etal., Hepatology. 2014 May;59(5):1912-20. doi: 10.1002/hep.26655. Epub 2014 Mar 27. |
| 5. | RNA location and modeling of a WD40 repeat domain within the vault. | Kong LB, etal., RNA 2000 Jun;6(6):890-900. |
| 6. | Rat ISS GO annotations from MGI mouse gene data--August 2006 | MGD data from the GO Consortium |
| 7. | TLP1: a gene encoding a protein component of mammalian telomerase is a novel member of WD repeats family. | Nakayama J, etal., Cell 1997 Mar 21;88(6):875-84. |
| 8. | In situ nucleic acid detection of human telomerase in intrahepatic cholangiocarcinoma and its preneoplastic lesion. | Ozaki S, etal., Hepatology. 1999 Oct;30(4):914-9. doi: 10.1002/hep.510300419. |
| 9. | GOA pipeline | RGD automated data pipeline |
| 10. | ClinVar Automated Import and Annotation Pipeline | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 11. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| PMID:1300486 | PMID:7876352 | PMID:9020079 | PMID:10551828 | PMID:10597287 | PMID:10810353 | PMID:11027287 | PMID:12135483 | PMID:15169895 |
| Tep1 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| TEP1 (Homo sapiens - human) |
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| Tep1 (Mus musculus - house mouse) |
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| Tep1 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| TEP1 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| TEP1 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Tep1 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| TEP1 (Sus scrofa - pig) |
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| TEP1 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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| Tep1 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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| Tep1 (Rattus rattus - black rat) |
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Variants in Tep1
3034 total Variants
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| The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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| The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
| TEP1 |
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alimentary part of gastrointestinal system
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appendage
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circulatory system
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ectoderm
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endocrine system
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endoderm
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exocrine system
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hemolymphoid system
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hepatobiliary system
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integumental system
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mesenchyme
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mesoderm
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musculoskeletal system
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nervous system
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renal system
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reproductive system
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respiratory system
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sensory system
|
visual system
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16 | 12 | 67 | 165 | 91 | 90 | 59 | 92 | 59 | 6 | 356 | 192 | 11 | 144 | 81 | 92 | 31 | 17 | 17 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000079506 ⟹ ENSRNOP00000073225 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
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| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000088981 ⟹ ENSRNOP00000068552 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
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| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000100610 ⟹ ENSRNOP00000078028 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
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| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000105915 ⟹ ENSRNOP00000077288 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
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| RefSeq Acc Id: | NM_022591 ⟹ NP_072113 | ||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | PROVISIONAL | ||||||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||||||
| Position: |
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| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_039093640 ⟹ XP_038949568 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | XM_039093641 ⟹ XP_038949569 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | XM_039093642 ⟹ XP_038949570 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
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| Protein RefSeqs | NP_072113 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| XP_038949568 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_038949569 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_038949570 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | AAB51690 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| EDL88417 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDL88418 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000073225 | ||
| GenBank Protein | O08653 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| RefSeq Acc Id: | NP_072113 ⟸ NM_022591 |
| - UniProtKB: | O08653 (UniProtKB/Swiss-Prot), A6KEB2 (UniProtKB/TrEMBL), F1LPX8 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000073225 ⟸ ENSRNOT00000079506 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000068552 ⟸ ENSRNOT00000088981 |
| RefSeq Acc Id: | XP_038949568 ⟸ XM_039093640 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| RefSeq Acc Id: | XP_038949570 ⟸ XM_039093642 |
| - Peptide Label: | isoform X3 |
| RefSeq Acc Id: | XP_038949569 ⟸ XM_039093641 |
| - Peptide Label: | isoform X2 |
| - UniProtKB: | A6KEB3 (UniProtKB/TrEMBL) |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000078028 ⟸ ENSRNOT00000100610 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000077288 ⟸ ENSRNOT00000105915 |
| Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
| AF-O08653-F1-model_v2 | AlphaFold | O08653 | 1-2629 | view protein structure |
| eQTL | View at Phenogen | |
| WGCNA | View at Phenogen | |
| Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
| RGD ID: | 13699623 | ||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R10145 | ||||||||
| Type: | initiation region | ||||||||
| Name: | Tep1_1 | ||||||||
| Description: | telomerase associated protein 1 | ||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
| Position: |
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| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:3869 | AgrOrtholog |
| BioCyc Gene | G2FUF-14056 | BioCyc |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000051706 | Ensembl, ENTREZGENE |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000079506 | ENTREZGENE |
| Gene3D-CATH | 1.25.40.370 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| 2.130.10.10 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| 3.40.50.300 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| InterPro | Beta-prop_TEP1_2nd | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Beta-prop_TEP1_C | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| DUF4062 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| DUF5920 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| NACHT_NTPase | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| P-loop_NTPase | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Telomerase_Complex_Comp | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| TEP1_N | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| TROVE_dom | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| TROVE_dom_sf | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| WD40/YVTN_repeat-like_dom_sf | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| WD40_repeat | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| WD40_repeat_dom_sf | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| KEGG Report | rno:64523 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| NCBI Gene | Tep1 | ENTREZGENE |
| PANTHER | TELOMERASE PROTEIN COMPONENT 1 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| TELOMERASE PROTEIN COMPONENT 1 TEP1 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Pfam | Beta-prop_TEP1_2nd | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Beta-prop_TEP1_C | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| DUF4062 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| DUF5920 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| NACHT | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| TEP1_N | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| TROVE | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| WD40 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| PhenoGen | Tep1 | PhenoGen |
| PROSITE | NACHT | UniProtKB/Swiss-Prot |
| TEP1_N | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| TROVE | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| WD_REPEATS_1 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| WD_REPEATS_2 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| WD_REPEATS_REGION | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| RatGTEx | ENSRNOG00000051706 | RatGTEx |
| SMART | WD40 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Superfamily-SCOP | SSF140864 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| SSF50978 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| SSF52540 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| UniProt | A0A0G2JT33_RAT | UniProtKB/TrEMBL |
| A0A8I5Y645_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| A0A8I5ZJN1_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| A6KEB2 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| A6KEB3 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| F1LPX8 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| O08653 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2003-04-09 | Tep1 | telomerase associated protein 1 | Tlp1 | Telomerase protein component 1 | Symbol and Name updated | 629477 | APPROVED |
| 2002-06-10 | Tlp1 | Telomerase protein component 1 | Symbol and Name status set to approved | 70586 | APPROVED |