Imported Disease Annotations - CTDObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Slc9a4 | Rat | Acidoses | | ISO | SLC9A4 (Homo sapiens) | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:20484819 | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Imported Disease Annotations - CTDObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Slc9a4 | Rat | Acidoses | | ISO | SLC9A4 (Homo sapiens) | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:20484819 | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| # | Reference Title | Reference Citation |
| 1. | Characterization of the rat Na+/H+ exchanger isoform NHE4 and localization in rat hippocampus. | Bookstein C, etal., Am J Physiol. 1996 Nov;271(5 Pt 1):C1629-38. doi: 10.1152/ajpcell.1996.271.5.C1629. |
| 2. | Localization and functional characterization of Na+/H+ exchanger isoform NHE4 in rat thick ascending limbs. | Chambrey R, etal., Am J Physiol Renal Physiol. 2001 Oct;281(4):F707-17. doi: 10.1152/ajprenal.2001.281.4.F707. |
| 3. | Phylogenetic-based propagation of functional annotations within the Gene Ontology consortium. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 4. | Molecular cloning of putative members of the Na/H exchanger gene family. cDNA cloning, deduced amino acid sequence, and mRNA tissue expression of the rat Na/H exchanger NHE-1 and two structurally related proteins. | Orlowski J, etal., J Biol Chem 1992 May 5;267(13):9331-9. |
| 5. | GOA pipeline | RGD automated data pipeline |
| 6. | ClinVar Automated Import and Annotation Pipeline | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 7. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| Slc9a4 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| SLC9A4 (Homo sapiens - human) |
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| Slc9a4 (Mus musculus - house mouse) |
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| Slc9a4 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| SLC9A4 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| SLC9A4 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Slc9a4 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| SLC9A4 (Sus scrofa - pig) |
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| SLC9A4 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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| Slc9a4 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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| Slc9a4 (Rattus rattus - black rat) |
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Variants in Slc9a4
465 total Variants
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| The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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| The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
| D9Rat124 |
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| D9Mco26 |
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alimentary part of gastrointestinal system
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appendage
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circulatory system
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ectoderm
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endocrine system
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endoderm
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exocrine system
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hemolymphoid system
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hepatobiliary system
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integumental system
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mesenchyme
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mesoderm
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musculoskeletal system
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nervous system
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renal system
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reproductive system
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respiratory system
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sensory system
|
visual system
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 13 | 9 | 5 | 87 | 20 | 24 | 5 | 15 | 5 | 6 | 139 | 32 | 2 | 76 | 81 | 73 | 19 | 5 | 5 |
| RefSeq Transcripts | NM_001413317 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| XM_008766991 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | CH473965 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| JAXUCZ010000009 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| M85301 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000065234 ⟹ ENSRNOP00000059258 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
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| RefSeq Acc Id: | NM_001413317 ⟹ NP_001400246 | ||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
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| Protein RefSeqs | NP_001400246 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| GenBank Protein | AAA41703 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| EDL99168 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDL99169 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000059258 | ||
| GenBank Protein | P26434 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000059258 ⟸ ENSRNOT00000065234 |
| RefSeq Acc Id: | NP_001400246 ⟸ NM_001413317 |
| - Peptide Label: | precursor |
| - UniProtKB: | G3V9T3 (UniProtKB/TrEMBL), A6INP1 (UniProtKB/TrEMBL), A6INP2 (UniProtKB/TrEMBL) |
| Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
| AF-P26434-F1-model_v2 | AlphaFold | P26434 | 1-717 | view protein structure |
| eQTL | View at Phenogen | |
| WGCNA | View at Phenogen | |
| Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
| RGD ID: | 13696633 | ||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R7158 | ||||||||
| Type: | single initiation site | ||||||||
| Name: | Slc9a4_1 | ||||||||
| Description: | solute carrier family 9 member A4 | ||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
| Position: |
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| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:3721 | AgrOrtholog |
| BioCyc Gene | G2FUF-27720 | BioCyc |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000015306 | Ensembl, ENTREZGENE |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000065234 | ENTREZGENE |
| Gene3D-CATH | 6.10.140.1330 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| 6.10.250.1040 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| 6.10.250.2020 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| InterPro | Cation/H_exchanger | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Cation/H_exchanger_CPA1 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Na/H_exchanger_2 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| NaH_exchanger | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| NHE_CaM-bd | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| NCBI Gene | 24785 | ENTREZGENE |
| PANTHER | PTHR10110 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| PTHR10110:SF103 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Pfam | Na_H_Exchanger | UniProtKB/Swiss-Prot |
| NEXCaM_BD | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| PhenoGen | Slc9a4 | PhenoGen |
| PRINTS | NAHEXCHNGR | UniProtKB/Swiss-Prot |
| NAHEXCHNGR2 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| RatGTEx | ENSRNOG00000015306 | RatGTEx |
| UniProt | A6INP1 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| A6INP2 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| G3V9T3 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| P26434 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2016-03-01 | Slc9a4 | solute carrier family 9 member A4 | Slc9a4 | solute carrier family 9 member 4 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2016-02-24 | Slc9a4 | solute carrier family 9 member 4 | Slc9a4 | solute carrier family 9, subfamily A (NHE4, cation proton antiporter 4), member 4 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2012-10-16 | Slc9a4 | solute carrier family 9, subfamily A (NHE4, cation proton antiporter 4), member 4 | Slc9a4 | solute carrier family 9 (sodium/hydrogen exchanger), member 4 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2008-02-15 | Slc9a4 | solute carrier family 9 (sodium/hydrogen exchanger), member 4 | Slc9a4 | solute carrier family 9, member 4 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2003-04-09 | Slc9a4 | solute carrier family 9, member 4 | Solute carrier family 9 (sodium/hydrogen exchanger), isoform 4 | Name updated | 629478 | APPROVED | |
| 2002-06-10 | Slc9a4 | Solute carrier family 9 (sodium/hydrogen exchanger), isoform 4 | Symbol and Name status set to approved | 70586 | APPROVED |