Imported Disease Annotations - CTDObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Rcbtb1 | Rat | retinitis pigmentosa 1 | | ISO | RCBTB1 (Homo sapiens) | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Imported Disease Annotations - CTDObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Rcbtb1 | Rat | retinitis pigmentosa 1 | | ISO | RCBTB1 (Homo sapiens) | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| # | Reference Title | Reference Citation |
| 1. | Phylogenetic-based propagation of functional annotations within the Gene Ontology consortium. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 2. | Rat ISS GO annotations from MGI mouse gene data--August 2006 | MGD data from the GO Consortium |
| 3. | OMIM Disease Annotation Pipeline | OMIM Disease Annotation Pipeline |
| 4. | ClinVar Automated Import and Annotation Pipeline | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 5. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| Rcbtb1 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| RCBTB1 (Homo sapiens - human) |
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| Rcbtb1 (Mus musculus - house mouse) |
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| Rcbtb1 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| RCBTB1 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| RCBTB1 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Rcbtb1 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| RCBTB1 (Sus scrofa - pig) |
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| RCBTB1 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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| Rcbtb1 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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| Rcbtb1 (Rattus rattus - black rat) |
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Variants in Rcbtb1
150 total Variants
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| The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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| The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
| D15Cebr1 |
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| RH131300 |
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alimentary part of gastrointestinal system
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appendage
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circulatory system
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ectoderm
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endocrine system
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endoderm
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exocrine system
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hemolymphoid system
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hepatobiliary system
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integumental system
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mesenchyme
|
mesoderm
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musculoskeletal system
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nervous system
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renal system
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reproductive system
|
respiratory system
|
sensory system
|
visual system
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16 | 12 | 67 | 165 | 91 | 90 | 59 | 92 | 59 | 6 | 356 | 192 | 11 | 144 | 81 | 92 | 31 | 17 | 17 |
| RefSeq Transcripts | NM_001108380 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| NM_001443892 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_039093498 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_039093499 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_039093500 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XR_010057839 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | AY724518 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| CH474049 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| JAXUCZ010000015 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000037800 ⟹ ENSRNOP00000038352 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000081373 ⟹ ENSRNOP00000068998 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000120010 ⟹ ENSRNOP00000079053 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000146787 ⟹ ENSRNOP00000105754 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | NM_001108380 ⟹ NP_001101850 | ||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_039093498 ⟹ XP_038949426 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | XM_039093499 ⟹ XP_038949427 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | XM_039093500 ⟹ XP_038949428 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | XR_010057839 | ||||||||
| Type: | NON-CODING | ||||||||
| Position: |
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| Protein RefSeqs | NP_001101850 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| NP_001430821 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_038949426 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_038949427 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_038949428 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | EDM14377 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000038352.7 | ||
| ENSRNOP00000068998.2 | |||
| ENSRNOP00000079053 | |||
| ENSRNOP00000079053.1 | |||
| ENSRNOP00000105754 | |||
| ENSRNOP00000105754.1 |
| RefSeq Acc Id: | NP_001101850 ⟸ NM_001108380 |
| - UniProtKB: | A0A8I5ZM64 (UniProtKB/TrEMBL), A6KHE8 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000068998 ⟸ ENSRNOT00000081373 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000038352 ⟸ ENSRNOT00000037800 |
| RefSeq Acc Id: | XP_038949426 ⟸ XM_039093498 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - UniProtKB: | A0A8I5ZM64 (UniProtKB/TrEMBL), A6KHE8 (UniProtKB/TrEMBL) |
| RefSeq Acc Id: | XP_038949427 ⟸ XM_039093499 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - UniProtKB: | A0A8I5ZM64 (UniProtKB/TrEMBL), A6KHE8 (UniProtKB/TrEMBL) |
| RefSeq Acc Id: | XP_038949428 ⟸ XM_039093500 |
| - Peptide Label: | isoform X2 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000079053 ⟸ ENSRNOT00000120010 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000105754 ⟸ ENSRNOT00000146787 |
| Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
| AF-D4AD40-F1-model_v2 | AlphaFold | D4AD40 | 1-530 | view protein structure |
| eQTL | View at Phenogen | |
| WGCNA | View at Phenogen | |
| Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:1308467 | AgrOrtholog |
| BioCyc Gene | G2FUF-13562 | BioCyc |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000021712 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000037800.8 | UniProtKB/TrEMBL |
| ENSRNOT00000081373.3 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000120010 | ENTREZGENE | |
| ENSRNOT00000120010.2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000146787 | ENTREZGENE | |
| ENSRNOT00000146787.1 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Gene3D-CATH | 2.130.10.30 | UniProtKB/TrEMBL |
| Potassium Channel Kv1.1, Chain A | UniProtKB/TrEMBL | |
| InterPro | BTB/POZ-like | UniProtKB/TrEMBL |
| BTB/POZ_fold | UniProtKB/TrEMBL | |
| RCBTB1_BTB_POZ | UniProtKB/TrEMBL | |
| Reg_chr_condens | UniProtKB/TrEMBL | |
| Reg_csome_cond/b-lactamase_inh | UniProtKB/TrEMBL | |
| Signaling_Regulatory_Domain | UniProtKB/TrEMBL | |
| KEGG Report | rno:361050 | UniProtKB/TrEMBL |
| NCBI Gene | 361050 | ENTREZGENE |
| PANTHER | BTK-BINDING PROTEIN-RELATED | UniProtKB/TrEMBL |
| RCC1 AND BTB DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 ISOFORM X1 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Pfam | BTB | UniProtKB/TrEMBL |
| RCC1 | UniProtKB/TrEMBL | |
| WD40_RLD | UniProtKB/TrEMBL | |
| PhenoGen | Rcbtb1 | PhenoGen |
| PRINTS | RCCNDNSATION | UniProtKB/TrEMBL |
| PROSITE | BTB | UniProtKB/TrEMBL |
| RCC1_2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| RCC1_3 | UniProtKB/TrEMBL | |
| RatGTEx | ENSRNOG00000021712 | RatGTEx |
| SMART | BTB | UniProtKB/TrEMBL |
| Superfamily-SCOP | BTB/POZ_fold | UniProtKB/TrEMBL |
| RCC1/BLIP-II | UniProtKB/TrEMBL | |
| UniProt | A0A0G2JU79_RAT | UniProtKB/TrEMBL |
| A0A8I5ZM64 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| A0ABK0LJ48_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| A6KHE8 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| D4AD40_RAT | UniProtKB/TrEMBL |
| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2016-02-17 | Rcbtb1 | RCC1 and BTB domain containing protein 1 | Rcbtb1 | regulator of chromosome condensation (RCC1) and BTB (POZ) domain containing protein 1 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2005-12-06 | Rcbtb1 | regulator of chromosome condensation (RCC1) and BTB (POZ) domain containing protein 1 | Rcbtb1_predicted | regulator of chromosome condensation (RCC1) and BTB (POZ) domain containing protein 1 (predicted) | Symbol and Name updated | 1559027 | APPROVED |
| 2005-01-12 | Rcbtb1_predicted | regulator of chromosome condensation (RCC1) and BTB (POZ) domain containing protein 1 (predicted) | Symbol and Name status set to approved | 70820 | APPROVED |