Imported Disease Annotations - OMIMObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Tom1 | Rat | immunodeficiency 85 | | ISO | TOM1 (Homo sapiens) | 7240710 | | OMIM | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Imported Disease Annotations - OMIMObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Tom1 | Rat | immunodeficiency 85 | | ISO | TOM1 (Homo sapiens) | 7240710 | | OMIM | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| # | Reference Title | Reference Citation |
| 1. | Phylogenetic-based propagation of functional annotations within the Gene Ontology consortium. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 2. | Rat ISS GO annotations from GOA human gene data--August 2006 | GOA data from the GO Consortium |
| 3. | GOA pipeline | RGD automated data pipeline |
| 4. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| PMID:12477932 | PMID:14613930 | PMID:16412388 | PMID:16903783 | PMID:19056867 | PMID:19198660 | PMID:23533145 |
| Tom1 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| TOM1 (Homo sapiens - human) |
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| Tom1 (Mus musculus - house mouse) |
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| Tom1 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| TOM1 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| TOM1 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Tom1 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| TOM1 (Sus scrofa - pig) |
No map positions available. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TOM1 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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| Tom1 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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| Tom1 (Rattus rattus - black rat) |
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Variants in Tom1
304 total Variants
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| The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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| The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
| RH133352 |
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alimentary part of gastrointestinal system
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appendage
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circulatory system
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ectoderm
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endocrine system
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endoderm
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exocrine system
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hemolymphoid system
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hepatobiliary system
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integumental system
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mesenchyme
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mesoderm
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musculoskeletal system
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nervous system
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renal system
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reproductive system
|
respiratory system
|
sensory system
|
visual system
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16 | 12 | 67 | 162 | 91 | 90 | 59 | 92 | 59 | 6 | 356 | 192 | 11 | 141 | 81 | 92 | 31 | 17 | 17 |
| RefSeq Transcripts | NM_001008365 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| XM_006255145 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_017601310 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_039097811 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | BC083873 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| CH474006 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| FQ213905 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| JAXUCZ010000019 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000018880 ⟹ ENSRNOP00000018880 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
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| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000108363 ⟹ ENSRNOP00000089787 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | NM_001008365 ⟹ NP_001008366 | ||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||||||
| Position: |
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||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_006255145 ⟹ XP_006255207 | ||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||||||
| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_017601310 ⟹ XP_017456799 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||
| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_039097811 ⟹ XP_038953739 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| Protein RefSeqs | NP_001008366 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| XP_006255207 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_017456799 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_038953739 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | AAH83873 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| EDL87372 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDL87373 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDL87374 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000018880.4 | ||
| ENSRNOP00000089787 | |||
| ENSRNOP00000089787.2 |
| RefSeq Acc Id: | NP_001008366 ⟸ NM_001008365 |
| - UniProtKB: | Q5XI21 (UniProtKB/TrEMBL), F7EYC4 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XP_006255207 ⟸ XM_006255145 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - UniProtKB: | F7EYC4 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XP_017456799 ⟸ XM_017601310 |
| - Peptide Label: | isoform X2 |
| - UniProtKB: | A0A8I6ACG3 (UniProtKB/TrEMBL), F7EYC4 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000018880 ⟸ ENSRNOT00000018880 |
| RefSeq Acc Id: | XP_038953739 ⟸ XM_039097811 |
| - Peptide Label: | isoform X3 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000089787 ⟸ ENSRNOT00000108363 |
| Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
| AF-Q5XI21-F1-model_v2 | AlphaFold | Q5XI21 | 1-492 | view protein structure |
| eQTL | View at Phenogen | |
| WGCNA | View at Phenogen | |
| Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
| RGD ID: | 13700959 | ||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R11483 | ||||||||
| Type: | initiation region | ||||||||
| Name: | Tom1_1 | ||||||||
| Description: | target of myb1 membrane trafficking protein | ||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
| Position: |
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| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:1308024 | AgrOrtholog |
| BioCyc Gene | G2FUF-6424 | BioCyc |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000014093 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000018880.6 | UniProtKB/TrEMBL |
| ENSRNOT00000108363 | ENTREZGENE | |
| ENSRNOT00000108363.2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Gene3D-CATH | 1.20.58.160 | UniProtKB/TrEMBL |
| 1.25.40.90 | UniProtKB/TrEMBL | |
| IMAGE_CLONE | IMAGE:7128979 | IMAGE-MGC_LOAD |
| InterPro | ENTH_VHS | UniProtKB/TrEMBL |
| GAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| GAT_sf | UniProtKB/TrEMBL | |
| TOM1 | UniProtKB/TrEMBL | |
| VHS | UniProtKB/TrEMBL | |
| KEGG Report | rno:361370 | UniProtKB/TrEMBL |
| MGC_CLONE | MGC:95142 | IMAGE-MGC_LOAD |
| NCBI Gene | 361370 | ENTREZGENE |
| PANTHER | TARGET OF MYB PROTEIN 1 | UniProtKB/TrEMBL |
| VHS DOMAIN CONTAINING PROTEIN FAMILY | UniProtKB/TrEMBL | |
| Pfam | GAT | UniProtKB/TrEMBL |
| VHS | UniProtKB/TrEMBL | |
| PhenoGen | Tom1 | PhenoGen |
| PIRSF | TOM1 | UniProtKB/TrEMBL |
| PROSITE | GAT | UniProtKB/TrEMBL |
| VHS | UniProtKB/TrEMBL | |
| RatGTEx | ENSRNOG00000014093 | RatGTEx |
| SMART | VHS | UniProtKB/TrEMBL |
| Superfamily-SCOP | ENTH_VHS | UniProtKB/TrEMBL |
| GAT-like domain | UniProtKB/TrEMBL | |
| UniProt | A0A8I6ACG3 | ENTREZGENE |
| A6JY94_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| A6JY95_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| A6JY96_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| F7EYC4 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| Q5XI21 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| UniProt Secondary | A0A8I6ACG3 | UniProtKB/TrEMBL |
| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2015-06-26 | Tom1 | target of myb1 membrane trafficking protein | Tom1 | target of myb1 (chicken) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2013-02-04 | Tom1 | target of myb1 (chicken) | Tom1 | target of myb1 homolog (chicken) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2005-12-06 | Tom1 | target of myb1 homolog (chicken) | Tom1_predicted | target of myb1 homolog (chicken) (predicted) | Symbol and Name updated | 1559027 | APPROVED |
| 2005-01-12 | Tom1_predicted | target of myb1 homolog (chicken) (predicted) | Symbol and Name status set to approved | 70820 | APPROVED |