Imported Disease Annotations - OMIMObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Ggn | Rat | spermatogenic failure 69 | | ISO | GGN (Homo sapiens) | 7240710 | | OMIM | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
Imported Disease Annotations - OMIMObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Ggn | Rat | spermatogenic failure 69 | | ISO | GGN (Homo sapiens) | 7240710 | | OMIM | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
|
|
|
|
|
| # | Reference Title | Reference Citation |
| 1. | Phylogenetic-based propagation of functional annotations within the Gene Ontology consortium. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 2. | GOA pipeline | RGD automated data pipeline |
| 3. | ClinVar Automated Import and Annotation Pipeline | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 4. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| 5. | Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences. | Strausberg RL, etal., Proc Natl Acad Sci U S A. 2002 Dec 24;99(26):16899-903. Epub 2002 Dec 11. |
| PMID:12574169 | PMID:14982849 | PMID:15489334 | PMID:15642376 | PMID:23451117 |
| Ggn (Rattus norvegicus - Norway rat) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GGN (Homo sapiens - human) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ggn (Mus musculus - house mouse) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ggn (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GGN (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GGN (Canis lupus familiaris - dog) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ggn (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GGN (Sus scrofa - pig) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GGN (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ggn (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ggn (Rattus rattus - black rat) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
.
Variants in Ggn
47 total Variants
|
| The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
||||||||
| The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
|
alimentary part of gastrointestinal system
|
appendage
|
circulatory system
|
ectoderm
|
endocrine system
|
endoderm
|
exocrine system
|
hemolymphoid system
|
hepatobiliary system
|
integumental system
|
mesenchyme
|
mesoderm
|
musculoskeletal system
|
nervous system
|
renal system
|
reproductive system
|
respiratory system
|
sensory system
|
visual system
|
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16 | 11 | 67 | 162 | 91 | 90 | 59 | 89 | 59 | 6 | 348 | 187 | 9 | 142 | 78 | 92 | 31 | 17 | 17 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000056955 ⟹ ENSRNOP00000053791 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000107411 ⟹ ENSRNOP00000076384 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000116194 ⟹ ENSRNOP00000084496 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000144090 ⟹ ENSRNOP00000108370 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | NM_001013065 ⟹ NP_001013083 | ||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | NM_001309827 ⟹ NP_001296756 | ||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||||||
| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_006228719 ⟹ XP_006228781 | ||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||||||
| Sequence: |
| Protein RefSeqs | NP_001013083 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| NP_001296756 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_006228781 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | AAH81922 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| AAI00148 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000053791 | ||
| GenBank Protein | Q66HC8 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| RefSeq Acc Id: | NP_001013083 ⟸ NM_001013065 |
| - Peptide Label: | isoform 1 |
| - UniProtKB: | A0A8L2QQF7 (UniProtKB/TrEMBL), A0A8I5ZK25 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XP_006228781 ⟸ XM_006228719 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - UniProtKB: | Q66HC8 (UniProtKB/Swiss-Prot), A0A8I5ZK25 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | NP_001296756 ⟸ NM_001309827 |
| - Peptide Label: | isoform 2 |
| - UniProtKB: | A0A8I5ZZG9 (UniProtKB/TrEMBL), A0A8I5ZK25 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000053791 ⟸ ENSRNOT00000056955 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000076384 ⟸ ENSRNOT00000107411 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000084496 ⟸ ENSRNOT00000116194 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000108370 ⟸ ENSRNOT00000144090 |
| Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
| AF-Q66HC8-F1-model_v2 | AlphaFold | Q66HC8 | 1-658 | view protein structure |
| eQTL | View at Phenogen | |
| WGCNA | View at Phenogen | |
| Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
| RGD ID: | 13689900 | ||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R425 | ||||||||
| Type: | initiation region | ||||||||
| Name: | Ggn_1 | ||||||||
| Description: | gametogenetin | ||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
| Position: |
|
| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:1306765 | AgrOrtholog |
| BioCyc Gene | G2FUF-60191 | BioCyc |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000023931 | Ensembl, ENTREZGENE |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000056955 | ENTREZGENE |
| IMAGE_CLONE | IMAGE:7111711 | IMAGE-MGC_LOAD |
| IMAGE:7112701 | IMAGE-MGC_LOAD | |
| InterPro | GGN | UniProtKB/Swiss-Prot |
| KEGG Report | rno:292765 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| MGC_CLONE | MGC:114370 | IMAGE-MGC_LOAD |
| MGC:93898 | IMAGE-MGC_LOAD | |
| NCBI Gene | 292765 | ENTREZGENE |
| PANTHER | GAMETOGENETIN | UniProtKB/Swiss-Prot |
| PTHR47742 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Pfam | GGN | UniProtKB/Swiss-Prot |
| PhenoGen | Ggn | PhenoGen |
| RatGTEx | ENSRNOG00000023931 | RatGTEx |
| UniProt | A0A8I5ZK25 | ENTREZGENE |
| A0A8I5ZZG9 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| A0A8L2QQF7 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| A0ABK0M0C6_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| GGN_RAT | UniProtKB/Swiss-Prot, ENTREZGENE |
| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2005-12-06 | Ggn | gametogenetin | Ggn_predicted | gametogenetin (predicted) | Symbol and Name updated | 1559027 | APPROVED |
| 2005-01-12 | Ggn_predicted | gametogenetin (predicted) | Symbol and Name status set to approved | 70820 | APPROVED |