Imported Disease Annotations - OMIMObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Cog3 | Rat | congenital disorder of glycosylation type IIbb | | ISO | COG3 (Homo sapiens) | 7240710 | | OMIM | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Imported Disease Annotations - OMIMObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Cog3 | Rat | congenital disorder of glycosylation type IIbb | | ISO | COG3 (Homo sapiens) | 7240710 | | OMIM | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| # | Reference Title | Reference Citation |
| 1. | Phylogenetic-based propagation of functional annotations within the Gene Ontology consortium. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 2. | GOA pipeline | RGD automated data pipeline |
| 3. | ClinVar Automated Import and Annotation Pipeline | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 4. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| PMID:11292827 | PMID:11929878 | PMID:11980916 | PMID:12477932 | PMID:15047703 | PMID:16420527 | PMID:20163571 |
| Cog3 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| COG3 (Homo sapiens - human) |
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| Cog3 (Mus musculus - house mouse) |
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| Cog3 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| COG3 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| COG3 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Cog3 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| COG3 (Sus scrofa - pig) |
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| COG3 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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| Cog3 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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| Cog3 (Rattus rattus - black rat) |
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Variants in Cog3
471 total Variants
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| The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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| The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
| RH137274 |
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alimentary part of gastrointestinal system
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appendage
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circulatory system
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ectoderm
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endocrine system
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endoderm
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exocrine system
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hemolymphoid system
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hepatobiliary system
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integumental system
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mesenchyme
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mesoderm
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musculoskeletal system
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nervous system
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renal system
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reproductive system
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respiratory system
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sensory system
|
visual system
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16 | 12 | 67 | 165 | 91 | 90 | 59 | 92 | 59 | 6 | 356 | 192 | 11 | 144 | 81 | 92 | 31 | 17 | 17 |
| RefSeq Transcripts | NM_001012157 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| XM_006252323 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_063274434 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_063274435 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_063274437 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | BC083901 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| BC091298 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| JAXUCZ010000015 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000000168 ⟹ ENSRNOP00000000168 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
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| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000093907 ⟹ ENSRNOP00000090801 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
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| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000102849 ⟹ ENSRNOP00000090832 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
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| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000158343 ⟹ ENSRNOP00000103916 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
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| RefSeq Acc Id: | NM_001012157 ⟹ NP_001012157 | ||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | PROVISIONAL | ||||||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||||||
| Position: |
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| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_063274434 ⟹ XP_063130504 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | XM_063274435 ⟹ XP_063130505 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | XM_063274437 ⟹ XP_063130507 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
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| Protein RefSeqs | NP_001012157 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| XP_063130504 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_063130505 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_063130507 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | AAH83901 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| AAH91298 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000000168 | ||
| ENSRNOP00000000168.7 | |||
| ENSRNOP00000090801 | |||
| ENSRNOP00000090801.1 | |||
| ENSRNOP00000090832.1 | |||
| ENSRNOP00000103916 | |||
| ENSRNOP00000103916.1 |
| RefSeq Acc Id: | NP_001012157 ⟸ NM_001012157 |
| - UniProtKB: | Q5XHZ8 (UniProtKB/TrEMBL), F1LLY2 (UniProtKB/TrEMBL), A0A8I6ABS2 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000000168 ⟸ ENSRNOT00000000168 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000090832 ⟸ ENSRNOT00000102849 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000090801 ⟸ ENSRNOT00000093907 |
| RefSeq Acc Id: | XP_063130505 ⟸ XM_063274435 |
| - Peptide Label: | isoform X2 |
| - UniProtKB: | A0A8I6ABS2 (UniProtKB/TrEMBL) |
| RefSeq Acc Id: | XP_063130504 ⟸ XM_063274434 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - UniProtKB: | A0A8I6GJ60 (UniProtKB/TrEMBL) |
| RefSeq Acc Id: | XP_063130507 ⟸ XM_063274437 |
| - Peptide Label: | isoform X3 |
| - UniProtKB: | A6HTT4 (UniProtKB/TrEMBL) |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000103916 ⟸ ENSRNOT00000158343 |
| Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
| AF-Q5XHZ8-F1-model_v2 | AlphaFold | Q5XHZ8 | 1-828 | view protein structure |
| eQTL | View at Phenogen | |
| WGCNA | View at Phenogen | |
| Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
| RGD ID: | 13699833 | ||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R10356 | ||||||||
| Type: | initiation region | ||||||||
| Name: | Cog3_1 | ||||||||
| Description: | component of oligomeric golgi complex 3 | ||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
| Position: |
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| RGD ID: | 6849898 |
| Promoter ID: | EP15037 |
| Type: | single initiation site |
| Name: | RN_COG3 |
| Description: | Transin, Matrix metalloproteinase-3, MMP3 gene. |
| SO ACC ID: | SO:0000170 |
| Source: | EPD (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) |
| Notes: | homology_group=Homology group 173; Mammalian transin/stromelysin |
| Experiment Methods: | Sequencing of a full-length cDNA; Primer extension |
| Regulation: | (induced by or strongly expressed in) EGF, (induced by or strongly expressed in) transformation |
| Position: | No map positions available. |
| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:1304555 | AgrOrtholog |
| BioCyc Gene | G2FUF-13116 | BioCyc |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000000155 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000000168 | ENTREZGENE |
| ENSRNOT00000000168.8 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000093907 | ENTREZGENE | |
| ENSRNOT00000093907.2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000102849.2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000158343 | ENTREZGENE | |
| ENSRNOT00000158343.1 | UniProtKB/TrEMBL | |
| IMAGE_CLONE | IMAGE:7133573 | IMAGE-MGC_LOAD |
| IMAGE:7309204 | IMAGE-MGC_LOAD | |
| InterPro | COG3_C | UniProtKB/TrEMBL |
| COG3_N | UniProtKB/TrEMBL | |
| Sec34 | UniProtKB/TrEMBL | |
| KEGG Report | rno:361073 | UniProtKB/TrEMBL |
| MGC_CLONE | MGC:109229 | IMAGE-MGC_LOAD |
| MGC:95259 | IMAGE-MGC_LOAD | |
| NCBI Gene | 361073 | ENTREZGENE |
| PANTHER | CONSERVED OLIGOMERIC GOLGI COMPLEX SUBUNIT 3 | UniProtKB/TrEMBL |
| Sec34 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Pfam | COG3_C | UniProtKB/TrEMBL |
| Sec34 | UniProtKB/TrEMBL | |
| PhenoGen | Cog3 | PhenoGen |
| RatGTEx | ENSRNOG00000000155 | RatGTEx |
| UniProt | A0A8I6ABS2 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| A0A8I6GJ60 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| A0ABK0LEZ8_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| A0ABZ3NNA1_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| A6HTT4 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| F1LLY2 | ENTREZGENE | |
| Q5BJW7_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| Q5XHZ8 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| UniProt Secondary | F1LLY2 | UniProtKB/TrEMBL |
| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2005-12-06 | Cog3 | component of oligomeric golgi complex 3 | Cog3_predicted | component of oligomeric golgi complex 3 (predicted) | Symbol and Name updated | 1559027 | APPROVED |
| 2005-01-12 | Cog3_predicted | component of oligomeric golgi complex 3 (predicted) | Symbol and Name status set to approved | 70820 | APPROVED |