Imported Disease Annotations - CTDObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Pyroxd1 | Rat | myofibrillar myopathy | | ISO | PYROXD1 (Homo sapiens) | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Imported Disease Annotations - CTDObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Pyroxd1 | Rat | myofibrillar myopathy | | ISO | PYROXD1 (Homo sapiens) | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| # | Reference Title | Reference Citation |
| 1. | GOA pipeline | RGD automated data pipeline |
| 2. | ClinVar Automated Import and Annotation Pipeline | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 3. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| 4. | Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences. | Strausberg RL, etal., Proc Natl Acad Sci U S A. 2002 Dec 24;99(26):16899-903. Epub 2002 Dec 11. |
| Pyroxd1 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| PYROXD1 (Homo sapiens - human) |
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| Pyroxd1 (Mus musculus - house mouse) |
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| Pyroxd1 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| PYROXD1 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| PYROXD1 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Pyroxd1 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| PYROXD1 (Sus scrofa - pig) |
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| PYROXD1 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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| Pyroxd1 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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| Pyroxd1 (Rattus rattus - black rat) |
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Variants in Pyroxd1
84 total Variants
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| The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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| The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
| RH130945 |
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alimentary part of gastrointestinal system
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appendage
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circulatory system
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ectoderm
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endocrine system
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endoderm
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exocrine system
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hemolymphoid system
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hepatobiliary system
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integumental system
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mesenchyme
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mesoderm
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musculoskeletal system
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nervous system
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renal system
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reproductive system
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respiratory system
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sensory system
|
visual system
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16 | 12 | 67 | 165 | 91 | 90 | 59 | 92 | 59 | 6 | 356 | 192 | 11 | 144 | 81 | 92 | 31 | 17 | 17 |
| RefSeq Transcripts | NM_001004234 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| XM_017592597 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_039107464 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_039107465 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XR_005503206 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | AC134270 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| BC079377 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CH473964 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| JAXUCZ010000004 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000016794 ⟹ ENSRNOP00000016794 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
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| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000113178 ⟹ ENSRNOP00000083610 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | NM_001004234 ⟹ NP_001004234 | ||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | PROVISIONAL | ||||||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||||||
| Position: |
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| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_017592597 ⟹ XP_017448086 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
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||||||||||||||||
| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_039107464 ⟹ XP_038963392 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
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| RefSeq Acc Id: | XM_039107465 ⟹ XP_038963393 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | XR_005503206 | ||||||||||||
| Type: | NON-CODING | ||||||||||||
| Position: |
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| Protein RefSeqs | NP_001004234 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| XP_017448086 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_038963392 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_038963393 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | AAH79377 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| EDM01504 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDM01505 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDM01506 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000016794 | ||
| ENSRNOP00000083610 | |||
| GenBank Protein | Q68FS6 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| RefSeq Acc Id: | NP_001004234 ⟸ NM_001004234 |
| - UniProtKB: | Q68FS6 (UniProtKB/Swiss-Prot), F1LR31 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XP_017448086 ⟸ XM_017592597 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - UniProtKB: | A0A8I5ZZN9 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000016794 ⟸ ENSRNOT00000016794 |
| RefSeq Acc Id: | XP_038963392 ⟸ XM_039107464 |
| - Peptide Label: | isoform X2 |
| - UniProtKB: | F1LR31 (UniProtKB/TrEMBL) |
| RefSeq Acc Id: | XP_038963393 ⟸ XM_039107465 |
| - Peptide Label: | isoform X3 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000083610 ⟸ ENSRNOT00000113178 |
| Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
| AF-Q68FS6-F1-model_v2 | AlphaFold | Q68FS6 | 1-498 | view protein structure |
| eQTL | View at Phenogen | |
| WGCNA | View at Phenogen | |
| Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
| RGD ID: | 13693485 | ||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R4009 | ||||||||
| Type: | initiation region | ||||||||
| Name: | Pyroxd1_1 | ||||||||
| Description: | pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase domain 1 | ||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
| Position: |
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| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:1303253 | AgrOrtholog |
| BioCyc Gene | G2FUF-42496 | BioCyc |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000012472 | Ensembl, ENTREZGENE |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000016794 | ENTREZGENE |
| ENSRNOT00000113178 | ENTREZGENE | |
| Gene3D-CATH | 3.30.390.30 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| 3.50.50.60 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| IMAGE_CLONE | IMAGE:7110714 | IMAGE-MGC_LOAD |
| InterPro | FAD-dep_Oxidoreductase | UniProtKB/Swiss-Prot |
| FAD/NAD-bd_sf | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| FAD/NAD-binding_dom | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| FAD/NAD-linked_Rdtase_dimer_sf | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Rubredoxin_C | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| KEGG Report | rno:297708 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| MGC_CLONE | MGC:94881 | IMAGE-MGC_LOAD |
| NCBI Gene | 297708 | ENTREZGENE |
| PANTHER | PYRIDINE NUCLEOTIDE-DISULFIDE OXIDOREDUCTASE DOMAIN-CONTAINING | UniProtKB/Swiss-Prot |
| PYRIDINE NUCLEOTIDE-DISULFIDE OXIDOREDUCTASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Pfam | Pyr_redox_2 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Rubredoxin_C | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| PhenoGen | Pyroxd1 | PhenoGen |
| PRINTS | FADPNR | UniProtKB/Swiss-Prot |
| RatGTEx | ENSRNOG00000012472 | RatGTEx |
| Superfamily-SCOP | SSF51905 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| UniProt | A0A8I5ZZN9 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| F1LR31 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| PYRD1_RAT | UniProtKB/Swiss-Prot, ENTREZGENE |
| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2008-03-06 | Pyroxd1 | pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase domain 1 | MGC94881 | similar to Recql protein | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2005-09-30 | MGC94881 | Symbol and Name status set to provisional | 70820 | PROVISIONAL |