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Gene Ontology Annotations
Gene Ontology AnnotationsBiological Process Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | multicellular organismal development | | IEA | UniProtKB-KW:KW-0217 | 1600115 | GO_REF:0000037 | UniProtKB | GO_REF:0000037 | positive regulation of transcription, DNA-dependent | | ISO | RGD:732633 | 1624291 | MGI:MGI:2384470|PMID:12139918 | RGD | MGI:MGI:2384470 PMID:12139918 | regulation of transcription, DNA-dependent | | ISO | RGD:732633 | 1624291 | MGI:MGI:3027169|PMID:14594818 | RGD | MGI:MGI:3027169 PMID:14594818 | regulation of transcription, DNA-dependent | | IEA | UniProtKB-KW:KW-0805 | 1600115 | GO_REF:0000037 | UniProtKB | GO_REF:0000037 | transcription, DNA-dependent | | IEA | UniProtKB-KW:KW-0804 | 1600115 | GO_REF:0000037 | UniProtKB | GO_REF:0000037 | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene-Chemical Interaction Annotations
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Gene Ontology Annotations
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References - curated| 1. |
GOA data from the GO Consortium |
| 2. |
MGD data from the GO Consortium |
| 3. |
NCBI rat LocusLink and RefSeq merged data July 26, 2002 |
| 4. |
RGD automated data pipeline |
| 5. |
RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| 6. |
Tsai RY and Reed RR, Mol Cell Biol 1998 Nov;18(11):6447-56. |
| 7. |
Wang MM and Reed RR, Nature 1993 Jul 8;364(6433):121-6. |
References - uncurated| PubMed | 9151733 |
Comparative Map Data| Ebf1 (Rattus norvegicus) |
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| EBF1 (Homo sapiens) |
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| Ebf1 (Mus musculus) |
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Position Markers| D10Mgh11 |
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| D10Rat253 |
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| D10Mco53 |
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| D5S412 |
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| D11Mit175 |
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| RH133481 |
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| BE107925 |
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| BF407519 |
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| D3S3187 |
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| D5S412 |
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QTLs in Region (RGSC Genome Assembly v3.4)| The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
Nucleotide Sequences| Nucleotide RefSeqs | NM_053820 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles |
| GenBank Nucleotide | AABR06063297 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles |
| AABR06063298 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AABR06063299 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AABR06063300 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AABR06063301 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AABR06063302 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AABR06063303 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AABR06063304 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AABR06063305 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AABR06063306 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01063528 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01063529 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01063530 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01063531 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01063532 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01063533 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01063534 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01063535 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CH473948 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| FQ175272 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| FQ177833 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| FQ232013 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| L24051 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles |
| RefSeq Acc Id: | NM_053820 | ||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||
| Protein Acc Id: | NP_446272 | ||||||||||||||||||||
| Position: |
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Protein Sequences| Protein RefSeqs | NP_446272 | (Get FASTA) |
| GenBank Protein | AAA41759 | (Get FASTA) |
| EDM04152 | (Get FASTA) | |
| Q63398 | (Get FASTA) |
Strain Sequence Variants
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External Database Links| Database | Acc Id | Source(s) |
| Entrez Gene | 116543 | ENTREZGENE |
| Gene3D-CATH | Ig-like_fold | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Germonline | ENSRNOG00000028845 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| HomoloGene Group ID | 7297 | ENTREZGENE |
| InterPro | HLH_DNA-bd | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Ig-like_fold | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Ig_E-set | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| IPT_TIG_rcpt | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Transcription_factor_COE | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Transcription_factor_COE_CS | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| IPI | IPI00208124 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| KEGG Report | rno:116543 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
| PANTHER | TF_COE | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Pfam | TIG | UniProtKB/Swiss-Prot |
| PROSITE | COE | UniProtKB/Swiss-Prot |
| SMART | HLH | UniProtKB/Swiss-Prot |
| IPT | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Superfamily-SCOP | Ig_E-set | UniProtKB/Swiss-Prot |
| UniGene | Rn.11257 | ENTREZGENE |
| UniProt | COE1_RAT | UniProtKB/Swiss-Prot |
Nomenclature History| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2005-01-20 | Ebf1 | early B-cell factor 1 | Ebf | early B-cell factor (olfactory neuronal transcription factor 1) | Symbol and Name updated | 10779 | APPROVED |
| 2002-08-07 | Ebf | early B-cell factor (olfactory neuronal transcription factor 1) | Symbol and Name status set to provisional | 1724 | PROVISIONAL |
RGD Curation Notes| Note Type | Note | Reference |
|---|---|---|
| gene_domains | protein contains a helix-loop-helix motif | 61626 |
| gene_expression | protein is expressed exclusively in olfactory receptor neurons/precursors | 61626 |
| gene_physical_interaction | protein appears to function as a homodimer | 61626 |
| More on Ebf1 | |
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Entrez Gene |
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Ensembl Gene |
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NCBI Map Viewer |
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Vista |
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Vista + UCSC |
| RGD Object Information | |
| RGD ID: | 620953 |
| Created: | 2002-08-06 |
| Species: | Rattus norvegicus |
| Last Modified: | 2013-04-16 |
| Status: | ACTIVE |
© Bioinformatics Program, HMGC at the Medical College of Wisconsin
RGD is funded by grant HL64541 from the National Heart, Lung, and Blood Institute on behalf of the NIH.




