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Gene-Chemical Interaction Annotations
Gene-Chemical Interaction AnnotationsTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | (-)-epigallocatechin 3-gallate | multiple interactions | ISO | RGD:1350727 | 6480464 | [potassium chromate(VI) co-treated with epigallocatechin gallate] results in decreased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:22079256 | 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine | decreases expression | ISO | RGD:1350727 | 6480464 | Tetrachlorodibenzodioxin results in decreased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:20106945 | 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine | decreases expression | ISO | RGD:1560596 | 6480464 | Tetrachlorodibenzodioxin results in decreased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:21215274 | 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine | decreases expression | ISO | RGD:1350727 | 6480464 | Tetrachlorodibenzodioxin results in decreased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:20106945 PMID:21632981 | 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine | decreases expression | ISO | | 6480464 | Tetrachlorodibenzodioxin results in decreased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:21215274 | 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine | increases expression | EXP | | 6480464 | Tetrachlorodibenzodioxin results in increased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:19465110 | 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine | affects expression | EXP | | 6480464 | Tetrachlorodibenzodioxin affects the expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:16962184 | 2,6-dinitrotoluene | affects expression | ISO | | 6480464 | 2,6-dinitrotoluene affects the expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:21346803 | 2,6-dinitrotoluene | affects expression | ISO | RGD:1560596 | 6480464 | 2,6-dinitrotoluene affects the expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:21346803 | 3,3',4,4'-tetrachlorobiphenyl | multiple interactions | EXP | | 6480464 | 3,4,3',4'-tetrachlorobiphenyl inhibits the reaction [Dietary Fats results in increased expression of TRIM24 mRNA] | CTD | PMID:19467301 | 4,4'-diaminodiphenylmethane | decreases expression | EXP | | 6480464 | 4,4'-diaminodiphenylmethane results in decreased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:18648102 | 4-hydroxynon-2-enal | decreases expression | ISO | RGD:1350727 | 6480464 | 4-hydroxy-2-nonenal results in decreased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:12419474 | 8-bromo-3',5'-cyclic AMP | increases expression | ISO | RGD:1350727 | 6480464 | 8-Bromo Cyclic Adenosine Monophosphate results in increased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:22079614 | benzo[a]pyrene | decreases expression | ISO | RGD:1350727 | 6480464 | Benzo(a)pyrene results in decreased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:20106945 | benzo[a]pyrene | decreases expression | ISO | RGD:1350727 | 6480464 | Benzo(a)pyrene results in decreased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:20106945 more ... | benzo[a]pyrene | decreases expression | ISO | RGD:1350727 | 6480464 | Benzo(a)pyrene results in decreased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:20106945 PMID:22316170 | benzo[a]pyrene | increases expression | EXP | | 6480464 | Benzo(a)pyrene results in increased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:21569818 | benzo[a]pyrene | multiple interactions | EXP | | 6480464 | [Benzo(a)pyrene co-treated with XPA gene mutant form co-treated with TRP53 gene mutant form] results in decreased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:21715664 | bisphenol A | decreases expression | ISO | RGD:1350727 | 6480464 | bisphenol A results in decreased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:16029874 | cadmium dichloride | affects expression | ISO | RGD:1560596 | 6480464 | Cadmium Chloride affects the expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:22110744 | cadmium dichloride | affects expression | ISO | | 6480464 | Cadmium Chloride affects the expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:22110744 | calcitriol | increases expression | ISO | RGD:1350727 | 6480464 | Calcitriol results in increased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:16002434 | choline | multiple interactions | EXP | | 6480464 | [Methionine deficiency co-treated with Choline deficiency co-treated with Folic Acid deficiency] results in increased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:20938992 | cisplatin | increases phosphorylation | EXP | | 6480464 | Cisplatin results in increased phosphorylation of TRIM24 protein | CTD | PMID:22006019 | copper(2+) sulfate | decreases expression | ISO | RGD:1350727 | 6480464 | Copper Sulfate results in decreased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:19549813 | diarsenic trioxide | increases response to substance | ISO | RGD:1350727 | 6480464 | TRIM24 protein results in increased susceptibility to arsenic trioxide | CTD | PMID:20707922 | disodium selenite | increases expression | ISO | RGD:1350727 | 6480464 | Sodium Selenite results in increased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:18175754 | elemental selenium | multiple interactions | ISO | RGD:1350727 | 6480464 | [Selenium co-treated with Vitamin E] results in decreased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:19244175 | elemental selenium | decreases expression | ISO | RGD:1350727 | 6480464 | Selenium results in decreased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:19244175 | folic acid | multiple interactions | EXP | | 6480464 | [Methionine deficiency co-treated with Choline deficiency co-treated with Folic Acid deficiency] results in increased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:20938992 | L-methionine | multiple interactions | EXP | | 6480464 | [Methionine deficiency co-treated with Choline deficiency co-treated with Folic Acid deficiency] results in increased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:20938992 | methotrexate | affects expression | EXP | | 6480464 | Methotrexate affects the expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:18502557 | ochratoxin A | decreases expression | ISO | RGD:1350727 | 6480464 | ochratoxin A results in decreased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:22124623 | paracetamol | affects expression | EXP | | 6480464 | Acetaminophen affects the expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:17562736 | paracetamol | increases expression | ISO | RGD:1350727 | 6480464 | Acetaminophen results in increased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:21420995 | phenobarbital | increases expression | EXP | | 6480464 | Phenobarbital results in increased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:19482888 PMID:19270015 | phenobarbital | increases expression | EXP | | 6480464 | Phenobarbital results in increased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:19270015 PMID:19482888 | phenobarbital | multiple interactions | EXP | | 6480464 | NR1I3 protein affects the reaction [Phenobarbital results in increased expression of TRIM24 mRNA] | CTD | PMID:19482888 | pirinixic acid | multiple interactions | EXP | | 6480464 | [pirinixic acid binds to and results in increased activity of PPARA protein] which results in decreased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:19710929 | pirinixic acid | increases expression | EXP | | 6480464 | pirinixic acid results in increased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:18301758 PMID:18445702 | pirinixic acid | increases expression | EXP | | 6480464 | pirinixic acid results in increased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:18445702 PMID:18301758 | propiconazole | increases expression | EXP | | 6480464 | propiconazole results in increased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:21278054 | quercetin | decreases expression | ISO | RGD:1350727 | 6480464 | Quercetin results in decreased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:21632981 | selenium atom | multiple interactions | ISO | RGD:1350727 | 6480464 | [Selenium co-treated with Vitamin E] results in decreased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:19244175 | selenium atom | decreases expression | ISO | RGD:1350727 | 6480464 | Selenium results in decreased expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:19244175 | valproic acid | affects expression | EXP | | 6480464 | Valproic Acid affects the expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:17292431 PMID:17963808 | valproic acid | affects expression | EXP | | 6480464 | Valproic Acid affects the expression of TRIM24 mRNA | CTD | PMID:17963808 PMID:17292431 | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Ontology Annotations
Molecular Pathway Annotations| External Database Links | |
| Pathway Interaction Database | Regulation of Androgen receptor activity (PID:200121) |
Phenotype Annotations
Disease Annotations
Gene-Chemical Interaction Annotations
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Gene Ontology Annotations
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Molecular Pathway Annotations
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| External Database Links | |
| Pathway Interaction Database | Regulation of Androgen receptor activity (PID:200121) |
Phenotype Annotations
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References - curated| 1. |
RGD automated import pipeline |
| 2. |
RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| 3. |
RGD Automated Pipelines |
| 4. |
Rochette-Egly C and Germain P, Nucl Recept Signal. 2009 May 8;7:e005. |
References - uncurated| PubMed | 10022127 |
| 10318760 | |
| 10349636 | |
| 10525195 | |
| 10562550 | |
| 10610177 | |
| 11042159 | |
| 11076861 | |
| 11217851 | |
| 11331580 | |
| 11331592 | |
| 11931765 | |
| 12384511 | |
| 12466851 | |
| 12477932 | |
| 12520002 | |
| 12904583 | |
| 14610273 | |
| 15317747 | |
| 15322135 | |
| 15489334 | |
| 15618518 | |
| 16141072 | |
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| 16880268 | |
| 17412818 | |
| 17967808 | |
| 18026104 | |
| 18287084 | |
| 18287559 | |
| 19029830 | |
| 19556538 | |
| 19844164 | |
| 19909775 | |
| 20059953 | |
| 20362542 | |
| 20412781 | |
| 2052597 | |
| 21267068 | |
| 21531907 | |
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| 21731673 | |
| 21768647 | |
| 22532695 | |
| 22966202 | |
| 7744009 | |
| 8889548 | |
| 8978696 |
RGD Disease Portals| Trim24 has been annotated in the following RGD Disease Portals. |
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Comparative Map Data| Trim24 (Mus musculus) |
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| TRIM24 (Homo sapiens) |
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| Trim24 (Rattus norvegicus) |
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Position Markers| RH132996 |
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| UniSTS:235413 |
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| D10Mit157.2 |
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| Braf |
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| D6Jpk1 |
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QTLs in Region (Mouse Genome Assembly Build 37)| The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
Nucleotide Sequences| Nucleotide RefSeqs | NM_001272064 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles |
| NM_001272076 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| NM_145076 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | AAHY01052748 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles |
| AAHY01052749 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHY01052750 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHY01052751 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHY01052752 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AB221637 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AC113501 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AC153623 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AK038152 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AK042660 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AK080890 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AK084870 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AK133144 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AK166538 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| BC025482 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| BC056959 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CH466533 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| S78219 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| S78221 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles |
| RefSeq Acc Id: | NM_145076 | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | REVIEWED | |||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | |||||||||||||||||||||||||
| Protein Acc Id: | NP_659542 | |||||||||||||||||||||||||
| Position: |
|
Protein Sequences| Protein RefSeqs | NP_001258993 | (Get FASTA) |
| NP_001259005 | (Get FASTA) | |
| NP_659542 | (Get FASTA) | |
| GenBank Protein | AAB34289 | (Get FASTA) |
| AAB34290 | (Get FASTA) | |
| AAH25482 | (Get FASTA) | |
| AAH56959 | (Get FASTA) | |
| BAE21530 | (Get FASTA) | |
| BAE38840 | (Get FASTA) | |
| EDL13648 | (Get FASTA) | |
| EDL13649 | (Get FASTA) | |
| EDL13650 | (Get FASTA) | |
| Q64127 | (Get FASTA) |
Promoters| RGD ID: | 6840112 | ||||||||||
| Promoter ID: | MM_KWN:45598 | ||||||||||
| Type: | CpG-Island | ||||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||||
| Source: | MPROMDB | ||||||||||
| Tissues & Cell Lines: | 3T3L1_Day0, 3T3L1_Day1, 3T3L1_Day2, 3T3L1_Day3, 3T3L1_Day4, BoneMarrow_0Hour, BoneMarrow_2Hour, BoneMarrow_4Hour, Brain, ES_Cell, Kidney, Liver, Lung, MEF_B4, Spleen | ||||||||||
| Transcripts: | ENSMUST00000120428, OTTMUST00000075084, OTTMUST00000075088, OTTMUST00000075089, UC009BJJ.1 | ||||||||||
| Position: |
|
| RGD ID: | 6879522 | ||||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_M3212 | ||||||||||
| Type: | preliminary | ||||||||||
| Name: | Trim24_1 | ||||||||||
| Description: | tripartite motif-containing 24 | ||||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||||
| Position: |
|
| RGD ID: | 6840110 | ||||||||||
| Promoter ID: | MM_KWN:45600 | ||||||||||
| Type: | Non-CpG | ||||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||||
| Source: | MPROMDB | ||||||||||
| Tissues & Cell Lines: | Brain | ||||||||||
| Transcripts: | ENSMUST00000120238 | ||||||||||
| Position: |
|
External Database Links| Database | Acc Id | Source(s) |
| Ensembl Genes | ENSMUSG00000029833 | ENTREZGENE |
| Ensembl Protein | ENSMUSP00000031859 | ENTREZGENE |
| Ensembl Transcript | ENSMUST00000031859 | ENTREZGENE |
| Entrez Gene | 21848 | ENTREZGENE |
| Gene3D-CATH | 5.10 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Bromodomain | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Znf_RING/FYVE/PHD | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Germonline | ENSMUSG00000029833 | |
| HomoloGene Group ID | 20830 | ENTREZGENE |
| InterPro | Bbox_C | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Bromodomain | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Bromodomain_CS | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Zinc_finger_PHD-type_CS | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Znf_B-box | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Znf_FYVE_PHD | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Znf_PHD | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Znf_PHD-finger | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Znf_RING | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Znf_RING/FYVE/PHD | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Znf_RING_CS | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| KEGG Report | mmu:21848 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
| MGD | MGI:109275 | ENTREZGENE |
| Pfam | Bromodomain | UniProtKB/Swiss-Prot |
| PHD | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| zf-B_box | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| PRINTS | BROMODOMAIN | UniProtKB/Swiss-Prot |
| PROSITE | BROMODOMAIN_1 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| BROMODOMAIN_2 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| ZF_BBOX | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| ZF_PHD_1 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| ZF_PHD_2 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| ZF_RING_1 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| ZF_RING_2 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| SMART | BBC | UniProtKB/Swiss-Prot |
| BBOX | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| BROMO | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| PHD | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| RING | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Superfamily-SCOP | Bromodomain | UniProtKB/Swiss-Prot |
| FYVE_PHD_ZnF | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| UniGene | Mm.41063 | ENTREZGENE |
| UniProt | E9Q1U8_MOUSE | UniProtKB/TrEMBL |
| Q3TLF2_MOUSE | UniProtKB/TrEMBL | |
| Q3V0H4_MOUSE | UniProtKB/TrEMBL | |
| Q8R154_MOUSE | UniProtKB/TrEMBL | |
| TIF1A_MOUSE | UniProtKB/Swiss-Prot |
| More on Trim24 | |
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Vista + UCSC |
| RGD Object Information | |
| RGD ID: | 1615938 |
| Created: | 2007-04-30 |
| Species: | Mus musculus |
| Last Modified: | 2013-02-27 |
| Status: | ACTIVE |
© Bioinformatics Program, HMGC at the Medical College of Wisconsin
RGD is funded by grant HL64541 from the National Heart, Lung, and Blood Institute on behalf of the NIH.




