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Gene Ontology Annotations
Gene Ontology AnnotationsBiological Process Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | anterior/posterior pattern specification | | ISO | RGD:1320653 | 1624291 | MGI:MGI:96190|MGI:MGI:96199|MGI:MGI:96210 | RGD | MGI:MGI:3720535 PMID:17626057 | anterior/posterior pattern specification | | ISO | RGD:1320653 | 1624291 | MGI:MGI:2150411 | RGD | MGI:MGI:78984 PMID:8625797 | anterior/posterior pattern specification | | ISO | RGD:1320653 | 1624291 | MGI:MGI:96190 | RGD | MGI:MGI:85243 PMID:9013929 | definitive hemopoiesis | | ISO | RGD:1320653 | 1624291 | MGI:MGI:96184|MGI:MGI:96185 | RGD | MGI:MGI:3761081 PMID:17761289 | embryonic forelimb morphogenesis | | ISO | RGD:1320653 | 1624291 | MGI:MGI:96210 | RGD | MGI:MGI:78984 PMID:8625797 | embryonic skeletal system development | | ISO | RGD:1320653 | 1624291 | MGI:MGI:96190|MGI:MGI:96199|MGI:MGI:96210 | RGD | MGI:MGI:3720535 PMID:17626057 | embryonic skeletal system development | | ISO | RGD:1320653 | 1624291 | MGI:MGI:2150411 | RGD | MGI:MGI:78984 PMID:8625797 | embryonic skeletal system development | | ISO | RGD:1320653 | 1624291 | MGI:MGI:96190 | RGD | MGI:MGI:85243 PMID:9013929 | endothelial cell activation | | ISO | RGD:1320652 | 1624291 | PMID:22269951 | RGD | PMID:22269951 | mammary gland development | | ISO | RGD:1320653 | 1624291 | MGI:MGI:96210|MGI:MGI:96190 | RGD | MGI:MGI:1328716 PMID:9892669 | negative regulation of myeloid cell differentiation | | ISO | RGD:1320653 | 1624291 | MGI:MGI:5447628|PMID:11438208 | RGD | MGI:MGI:5447628 PMID:11438208 | proximal/distal pattern formation | | ISO | RGD:1320653 | 1624291 | MGI:MGI:96210 | RGD | MGI:MGI:78984 PMID:8625797 | transcription, DNA-dependent | | IEA | InterPro:IPR006711 | 1600115 | GO_REF:0000002 | InterPro | GO_REF:0000002 | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene-Chemical Interaction Annotations
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Gene Ontology Annotations
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References - curated| 1. |
GOA data from the GO Consortium |
| 2. |
MGD data from the GO Consortium |
| 3. |
RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
RGD Disease Portals| Hoxa9 has been annotated in the following RGD Disease Portals. |
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Comparative Map Data| Hoxa9 (Rattus norvegicus) |
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| HOXA9 (Homo sapiens) |
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| Hoxa9 (Mus musculus) |
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Position Markers| Hoxa7 |
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| RH135228 |
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| stSG609369 |
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| Hoxa9 |
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| REN100580 |
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| REN100619 |
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| REN100620 |
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| Hoxa7 |
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| Hoxa9 |
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| Hoxa7 |
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| Hoxa9 |
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QTLs in Region (RGSC Genome Assembly v3.4)| The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
Nucleotide Sequences| Nucleotide RefSeqs | XM_001057018 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles |
| XM_003749751 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | AABR06031005 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles |
| AAHX01030192 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AC122669 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CH474011 | (Get FASTA) | Search GEO for Microarray Profiles |
| RefSeq Acc Id: | XM_001057018 | ||||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||
| Protein Acc Id: | XP_001057018 | ||||||||||
| Position: |
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| RefSeq Acc Id: | XM_002729313 | ||||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | XM_003749751 | ||||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||
| Protein Acc Id: | XP_003749799 | ||||||||||
| Position: |
|
Protein Sequences| Protein RefSeqs | XP_001057018 | (Get FASTA) |
| XP_003749799 | (Get FASTA) | |
| GenBank Protein | EDL88155 | (Get FASTA) |
Strain Sequence Variants
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External Database Links| Database | Acc Id | Source(s) |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000047484 | UniProtKB/TrEMBL |
| ENSRNOG00000048146 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOG00000050685 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000064254 | UniProtKB/TrEMBL |
| ENSRNOP00000064444 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOP00000064914 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000071668 | UniProtKB/TrEMBL |
| ENSRNOT00000072302 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000073457 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Entrez Gene | 297099 | ENTREZGENE |
| Gene3D-CATH | 0.60 | UniProtKB/TrEMBL |
| HomoloGene Group ID | 7766 | ENTREZGENE |
| InterPro | Homeobox_CS | UniProtKB/TrEMBL |
| Homeobox_Hox9 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Homeobox_metazoa | UniProtKB/TrEMBL | |
| Homeodomain | UniProtKB/TrEMBL | |
| Homeodomain-like | UniProtKB/TrEMBL | |
| Hox9_activation_N | UniProtKB/TrEMBL | |
| KEGG Report | rno:297099 | ENTREZGENE |
| Pfam | Homeobox | UniProtKB/TrEMBL |
| Hox9_act | UniProtKB/TrEMBL | |
| PIRSF | Homeobox_Hox9 | UniProtKB/TrEMBL |
| PRINTS | HOMEOBOX | UniProtKB/TrEMBL |
| PROSITE | HOMEOBOX_1 | UniProtKB/TrEMBL |
| HOMEOBOX_2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| SMART | HOX | UniProtKB/TrEMBL |
| Superfamily-SCOP | Homeodomain_like | UniProtKB/TrEMBL |
| UniProt | D3ZSU5_RAT | UniProtKB/TrEMBL |
Nomenclature History| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2012-07-17 | Hoxa9 | homeobox A9 | Hoxa9l | homeobox A9-like | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 10779 | APPROVED |
| 2008-05-14 | Hoxa9l | homeobox A9-like | Hoxa9_predicted | homeo box A9 (predicted) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 10779 | APPROVED |
| 2006-03-30 | Hoxa9_predicted | homeo box A9 (predicted) | RGD1310001_predicted | similar to Hoxa-9 (predicted) | Symbol and Name updated | 10779 | APPROVED |
| 2005-01-20 | RGD1310001_predicted | similar to Hoxa-9 (predicted) | LOC297099_predicted | Symbol and Name status set to approved | 12407 | APPROVED | |
| 2005-01-12 | LOC297099_predicted | similar to Hoxa-9 (predicted) | Symbol and Name status set to provisional | 1724 | PROVISIONAL |
| More on Hoxa9 | |
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Entrez Gene |
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Ensembl Gene |
![]() | Genome Browser |
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NCBI Map Viewer |
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Vista |
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Vista + UCSC |
| RGD Object Information | |
| RGD ID: | 1310001 |
| Created: | 2005-01-12 |
| Species: | Rattus norvegicus |
| Last Modified: | 2013-05-28 |
| Status: | ACTIVE |
© Bioinformatics Program, HMGC at the Medical College of Wisconsin
RGD is funded by grant HL64541 from the National Heart, Lung, and Blood Institute on behalf of the NIH.




